Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 UHMK1-202ENST00000489294 8478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 TRIM67-202ENST00000444294 9320 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 NR1H3-204ENST00000407404 1330 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 FBP1-201ENST00000375326 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 DMAC2-210ENST00000592922 1622 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 SLC5A7-201ENST00000264047 5152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 SYT5-207ENST00000590851 3619 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 ITPRIPL1-205ENST00000536814 1947 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 SYNRG-223ENST00000616179 4050 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 CNKSR1-202ENST00000374253 2538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 ATP6V1E1-201ENST00000253413 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 LINC00266-1-201ENST00000279067 928 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 RPL21-203ENST00000319826 806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 LILRB5-202ENST00000345866 1864 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 APH1A-203ENST00000369109 1713 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 NPM2-203ENST00000397940 1874 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 RPUSD3-204ENST00000424438 1005 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 PRRT3-AS1-201ENST00000431558 614 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 RBPMS2P1-201ENST00000437762 623 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 SLC22A18-206ENST00000449793 1225 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 GPAT2-204ENST00000453542 2466 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 ZNF789-211ENST00000493485 556 ntTSL 4 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 AC079140.1-201ENST00000508039 487 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 LEPROTL1-203ENST00000518001 589 ntTSL 4 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 DCUN1D5-209ENST00000531543 1030 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 CD4-210ENST00000541982 1187 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 AC140878.1-201ENST00000565277 250 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 DEF8-225ENST00000569453 1852 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 GABARAP-205ENST00000573928 476 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 SIGLEC7-205ENST00000600577 616 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 PDLIM3-213ENST00000629667 1016 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 KIAA0368-201ENST00000259335 7391 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 RBM47-202ENST00000381793 4816 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 MIEF1-202ENST00000402881 2269 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 PPM1B-204ENST00000378551 3877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 UCKL1-201ENST00000354216 1837 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 KANK2-201ENST00000586659 5162 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 IRF5-215ENST00000619830 1652 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 C19orf48-201ENST00000345523 1503 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 CLDN6-201ENST00000328796 1369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 SIRT6-214ENST00000601488 1361 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 DCP1B-202ENST00000535873 2231 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 HNRNPK-204ENST00000376263 2942 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 MPL-201ENST00000372470 1908 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 LINC00668-206ENST00000581725 1902 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 RAC2-201ENST00000249071 1482 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 SLC3A2-208ENST00000536981 1486 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 SFRP2-201ENST00000274063 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 ALPL-204ENST00000374840 2589 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 PTPRO-202ENST00000348962 5061 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 CMKLR1-206ENST00000552995 1890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 LOXL3-203ENST00000409249 2431 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 NR2C1-219ENST00000622476 1561 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 DCBLD1-202ENST00000338728 3626 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 PHKG2-204ENST00000563588 5539 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 PHRF1-203ENST00000416188 5227 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 GSPT1-202ENST00000434724 7105 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 DUOX1-201ENST00000321429 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 IL6ST-209ENST00000502326 3007 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 ANAPC11-201ENST00000344877 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 GRAP-202ENST00000395635 834 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 COLEC11-205ENST00000402922 1134 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 SPDYE7P-202ENST00000420373 878 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 SPDYE2-202ENST00000432940 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 SPDYE2B-201ENST00000436228 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 SPDYE5-201ENST00000455862 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 AC106772.1-201ENST00000506629 591 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 IGHV3-62-201ENST00000520057 340 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 CHMP4A-204ENST00000530996 967 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 AHSA1-202ENST00000535854 1173 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 AC015712.4-202ENST00000558641 1007 ntTSL 4 BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 ANAPC11-213ENST00000577747 672 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 SERF2-217ENST00000630046 862 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 CCNA1-203ENST00000625767 1699 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 ZNF114-204ENST00000595607 2478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 RSPO1-203ENST00000612451 2463 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 RCOR1-201ENST00000262241 5754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 CCDC130-204ENST00000586600 1922 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 MEAF6-201ENST00000296214 1525 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 AC023824.1-201ENST00000562945 2975 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 TJP2-212ENST00000636438 4689 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 PCBP1-201ENST00000303577 1750 ntAPPRIS P1 BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 HHIP-202ENST00000434550 1770 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 RBPJ-205ENST00000355476 5990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 TSSK3-201ENST00000373534 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 FO538757.1-201ENST00000623083 1397 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 AKAP1-202ENST00000337714 3970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
VPS4AQ9UN37 SIGLEC6-205ENST00000425629 1852 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.06
VPS4AQ9UN37 SCNN1A-221ENST00000543768 2361 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.06
VPS4AQ9UN37 TRIM13-204ENST00000420995 2607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
VPS4AQ9UN37 PLXNB1-202ENST00000358536 7308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS4AQ9UN37 RGR-202ENST00000359452 2247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS4AQ9UN37 FP565260.3-204ENST00000623795 2238 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS4AQ9UN37 ASAH1-254ENST00000637636 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS4AQ9UN37 ELP5-201ENST00000354429 1304 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS4AQ9UN37 HEY1-208ENST00000523976 1325 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS4AQ9UN37 TRIP6-209ENST00000619988 1303 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS4AQ9UN37 CES1-202ENST00000361503 1835 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS4AQ9UN37 NDRG2-211ENST00000397858 2054 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS4AQ9UN37 IQCE-204ENST00000404984 2086 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.7 ms