Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 SMAP1-202ENST00000370452 2491 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 SELENOM-202ENST00000402395 1054 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 CYTH4-203ENST00000405206 636 ntTSL 4 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 ZFAND2B-212ENST00000444522 1199 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 NDUFB2-209ENST00000472695 503 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 RNA5SP419-201ENST00000515908 135 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 DDIAS-202ENST00000524921 607 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 DCUN1D5-209ENST00000531543 1030 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 AC006116.8-201ENST00000587004 987 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 IRF5-214ENST00000613821 595 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 HMGN3-203ENST00000620514 1010 ntTSL 3 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 KRT77-201ENST00000341809 3305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 DCUN1D4-203ENST00000451288 4269 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 FBXL19-204ENST00000471231 3641 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 PCBP4-205ENST00000461554 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 TRIM17-205ENST00000456946 1731 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 ST14-201ENST00000278742 3539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 CELP-203ENST00000624767 2414 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 REM2-202ENST00000536884 1331 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 ZSCAN10-209ENST00000576985 2739 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 STIP1-201ENST00000305218 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 ITPKB-201ENST00000272117 5822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 KLHL26-201ENST00000300976 4407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 RAP1GAP2-209ENST00000637138 3175 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 NUTM2D-202ENST00000412718 5543 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 HTR3A-203ENST00000375498 2235 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 KCNT1-211ENST00000491806 3678 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 SYT13-201ENST00000020926 5144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 AKAP9-205ENST00000394564 1356 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 AZI2-205ENST00000420543 1366 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 MBD1-205ENST00000353909 2820 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 FOXB1-201ENST00000396057 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 FHL2-205ENST00000393353 1531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 REXO1L1P-202ENST00000608646 1974 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 KRT71-201ENST00000267119 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 RIMS1-216ENST00000521978 5079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 MTFMT-201ENST00000220058 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 PTPRH-201ENST00000263434 3343 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 MAPKAP1-201ENST00000265960 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 RBFA-202ENST00000306735 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 THAP3-202ENST00000307896 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 RNF151-201ENST00000321392 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 RNLS-201ENST00000331772 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 FYN-205ENST00000368682 3234 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 TNNT3-203ENST00000381557 1019 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 ELOB-202ENST00000409477 997 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 BARX1-AS1-202ENST00000454594 307 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 C8orf46-205ENST00000480005 865 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 PITPNM2-AS1-201ENST00000506255 2191 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 MAL2-202ENST00000531508 892 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 LGMN-211ENST00000555699 1728 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 CARHSP1-205ENST00000562843 843 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 AC018845.2-201ENST00000568326 409 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 RNF151-203ENST00000569714 796 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 MIR4313-201ENST00000580760 101 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 C19orf70-206ENST00000590389 769 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 AC005523.1-201ENST00000598782 418 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 LSS-202ENST00000397728 4936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 GTPBP8-202ENST00000383677 1787 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 KAT7-210ENST00000509773 1774 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 TTC22-202ENST00000371276 3345 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 ARAP2-201ENST00000303965 7514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 ZRSR2-201ENST00000307771 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 CICP24-201ENST00000605464 2705 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 ANO1-201ENST00000316296 2118 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 CAMSAP3-202ENST00000446248 4179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 FABP1-202ENST00000393750 1839 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 RPS23-201ENST00000296674 3437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 TOB2-201ENST00000327492 4561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 OSR2-209ENST00000522510 1528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 CCDC28A-202ENST00000611852 1505 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 NOX4-215ENST00000534731 2156 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 ENDOV-204ENST00000518137 2815 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 TATDN3-214ENST00000532324 1381 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 AL035460.1-201ENST00000380593 1866 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 YPEL1-201ENST00000339468 4329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 PARN-202ENST00000420015 2360 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 SEMA5B-201ENST00000195173 4523 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 AIFM2-201ENST00000307864 3243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 HPSE-206ENST00000512196 1571 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 CFLAR-204ENST00000341582 2056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 C14orf180-203ENST00000557649 2551 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 LHX5-201ENST00000261731 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 FLJ42969-201ENST00000514926 1948 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 ZFPM2-206ENST00000520492 3960 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 PPP1R27-201ENST00000330261 782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 CRADD-201ENST00000332896 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 GSTO1-202ENST00000369713 972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 MRPL3P1-201ENST00000400109 1033 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 UBE2C-206ENST00000405520 641 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 PRAP1-202ENST00000463201 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 FLJ20021-201ENST00000527564 790 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 ICAM2-205ENST00000578379 1064 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 ICAM2-206ENST00000578892 1056 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 AC061975.2-201ENST00000581722 295 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 AC073389.1-201ENST00000595595 795 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 OR5AH1P-202ENST00000597822 431 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 SPTSSB-204ENST00000617024 1292 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 UBE2C-208ENST00000617055 705 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 FADS1-201ENST00000350997 4525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.1 ms