Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 ILDR1-202ENST00000344209 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
LIG1P18858 MED15-202ENST00000292733 3252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
LIG1P18858 PLPP3-201ENST00000371250 3292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
LIG1P18858 NXN-210ENST00000575801 2681 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
LIG1P18858 UCP2-201ENST00000310473 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
LIG1P18858 CA10-203ENST00000451037 3189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
LIG1P18858 METTL25-201ENST00000248306 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
LIG1P18858 ACSL3-201ENST00000357430 5679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
LIG1P18858 ITPKB-201ENST00000272117 5822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
LIG1P18858 CBLC-202ENST00000341505 1441 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
LIG1P18858 KRT71-201ENST00000267119 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
LIG1P18858 SNX14-215ENST00000513865 2259 ntTSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.53
LIG1P18858 UBAP1-201ENST00000297661 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
LIG1P18858 SLC52A3-201ENST00000217254 2654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.53
LIG1P18858 FAM156A-206ENST00000612915 2233 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.53
LIG1P18858 H6PD-201ENST00000377403 9146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
LIG1P18858 LINC00937-207ENST00000544461 3033 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
LIG1P18858 NDUFA4L2-201ENST00000393825 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
LIG1P18858 TFAMP1-201ENST00000412727 736 ntBASIC18.33■□□□□ 0.52
LIG1P18858 HRAS-204ENST00000417302 1233 ntTSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.52
LIG1P18858 LINC00899-202ENST00000444890 493 ntTSL 3 BASIC18.33■□□□□ 0.52
LIG1P18858 HRAS-205ENST00000451590 1151 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
LIG1P18858 LINC01640-201ENST00000452505 550 ntTSL 4 BASIC18.33■□□□□ 0.52
LIG1P18858 KRT18P34-201ENST00000488218 1270 ntBASIC18.33■□□□□ 0.52
LIG1P18858 LINC02055-207ENST00000524346 706 ntTSL 3 BASIC18.33■□□□□ 0.52
LIG1P18858 ATP6V0D1-203ENST00000540149 1262 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
LIG1P18858 AL135744.1-201ENST00000565098 629 ntBASIC18.33■□□□□ 0.52
LIG1P18858 RARRES2P8-201ENST00000566335 367 ntBASIC18.33■□□□□ 0.52
LIG1P18858 PMF1-BGLAP-204ENST00000567140 655 ntTSL 3 BASIC18.33■□□□□ 0.52
LIG1P18858 AC024592.3-202ENST00000586349 506 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
LIG1P18858 IGFLR1-205ENST00000588992 730 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
LIG1P18858 MIR4321-201ENST00000592276 80 ntBASIC18.33■□□□□ 0.52
LIG1P18858 SIGLEC7-205ENST00000600577 616 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
LIG1P18858 AL365330.1-201ENST00000607459 531 ntBASIC18.33■□□□□ 0.52
LIG1P18858 AC026120.1-201ENST00000611536 926 ntBASIC18.33■□□□□ 0.52
LIG1P18858 AL161645.1-201ENST00000622716 1255 ntBASIC18.33■□□□□ 0.52
LIG1P18858 COL2A1-202ENST00000380518 5071 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
LIG1P18858 MAPKAP1-201ENST00000265960 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
LIG1P18858 DFNA5-202ENST00000409775 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
LIG1P18858 PTPRH-201ENST00000263434 3343 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
LIG1P18858 PI16-203ENST00000611814 2083 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.52
LIG1P18858 AC018892.3-201ENST00000623986 2499 ntBASIC18.33■□□□□ 0.52
LIG1P18858 ZFP41-203ENST00000520584 3284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
LIG1P18858 CPSF7-202ENST00000394888 3650 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
LIG1P18858 SLC36A1-207ENST00000520701 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.52
LIG1P18858 EPHX2-209ENST00000521780 2038 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
LIG1P18858 MMP25-201ENST00000336577 3554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
LIG1P18858 KIAA0895-207ENST00000436884 1952 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
LIG1P18858 POLL-217ENST00000628479 1953 ntTSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.52
LIG1P18858 RFX1-201ENST00000254325 4332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
LIG1P18858 LEKR1-209ENST00000491763 1940 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
LIG1P18858 EIF2B3-210ENST00000620860 1923 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
LIG1P18858 ACE-202ENST00000290866 4959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
LIG1P18858 HTR3A-203ENST00000375498 2235 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
LIG1P18858 TBK1-201ENST00000331710 3256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
LIG1P18858 SERPINE2-202ENST00000409304 2161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
LIG1P18858 PTGES3L-AARSD1-201ENST00000360221 1790 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
LIG1P18858 TRAF3-204ENST00000539721 1786 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
LIG1P18858 SCAMP2-201ENST00000268099 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
LIG1P18858 MBD1-205ENST00000353909 2820 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
LIG1P18858 SLC25A33-201ENST00000302692 3854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
LIG1P18858 TCAF2P1-201ENST00000291129 2421 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
LIG1P18858 ICAM4-203ENST00000393717 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
LIG1P18858 RPS23-201ENST00000296674 3437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
LIG1P18858 NLRX1-202ENST00000409109 4092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
LIG1P18858 ELP5-201ENST00000354429 1304 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
LIG1P18858 BEX4-202ENST00000372695 1328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
LIG1P18858 OPCML-202ENST00000374778 1302 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
LIG1P18858 GPSM1-205ENST00000440944 3633 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
LIG1P18858 B3GLCT-201ENST00000343307 4254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
LIG1P18858 PWP2-201ENST00000291576 3297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
LIG1P18858 HELZ2-202ENST00000427522 7827 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
LIG1P18858 SETD7-204ENST00000506866 1602 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
LIG1P18858 USP43-201ENST00000285199 4169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
LIG1P18858 RPS27A-201ENST00000272317 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
LIG1P18858 BLZF1-202ENST00000367807 1295 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
LIG1P18858 FAM24B-201ENST00000368896 704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
LIG1P18858 C9orf116-202ENST00000371789 1278 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
LIG1P18858 SAPCD1-209ENST00000425424 820 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
LIG1P18858 AP006288.1-201ENST00000446065 395 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
LIG1P18858 AC018730.1-201ENST00000454183 327 ntTSL 3 BASIC18.32■□□□□ 0.52
LIG1P18858 HILS1-201ENST00000504307 1219 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
LIG1P18858 NDUFS7-216ENST00000546283 1060 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
LIG1P18858 AC013565.3-201ENST00000565547 450 ntTSL 3 BASIC18.32■□□□□ 0.52
LIG1P18858 TMEM88-202ENST00000574668 510 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
LIG1P18858 PRELID3A-208ENST00000590956 777 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
LIG1P18858 GPR42-202ENST00000597214 1182 ntAPPRIS P1 BASIC18.32■□□□□ 0.52
LIG1P18858 AC010615.2-202ENST00000597444 832 ntTSL 3 BASIC18.32■□□□□ 0.52
LIG1P18858 SLC9A3-AS1-205ENST00000606319 477 ntTSL 3 BASIC18.32■□□□□ 0.52
LIG1P18858 TBX18-206ENST00000606784 1230 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
LIG1P18858 MTX1-207ENST00000609421 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
LIG1P18858 IRF1-211ENST00000613424 821 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
LIG1P18858 RAB9A-203ENST00000618931 737 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
LIG1P18858 TBRG4-201ENST00000258770 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
LIG1P18858 AC053503.2-201ENST00000420563 1598 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
LIG1P18858 NR4A2-210ENST00000429376 1571 ntTSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
LIG1P18858 DIDO1-207ENST00000395343 8477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
LIG1P18858 PGBD5-201ENST00000391860 10961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
LIG1P18858 SLC35C2-202ENST00000317734 2175 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
LIG1P18858 CBLN4-201ENST00000064571 3024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.5 ms