Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 RNPS1-220ENST00000566458 2037 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 TMEM53-203ENST00000372242 1846 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 HNRNPDL-208ENST00000621267 4139 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 C9orf139-202ENST00000623196 4990 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 COL11A2-203ENST00000374708 6209 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 CYP1B1-205ENST00000610745 5250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 PLAGL1-206ENST00000416623 3237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 UBR5-201ENST00000220959 9418 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 FKBP8-201ENST00000222308 1710 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 TRPC6-206ENST00000532133 2648 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 DYSF-201ENST00000258104 6796 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 DYSF-204ENST00000409582 6790 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 DYSF-210ENST00000413539 6769 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 BRSK2-204ENST00000526678 2091 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 TRIP10-210ENST00000600428 2249 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 UVSSA-206ENST00000507531 2597 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 TRIP6-209ENST00000619988 1303 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 EIF1B-AS1-206ENST00000631175 1303 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 FURIN-207ENST00000618099 4345 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 DFNA5-202ENST00000409775 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 C15orf62-201ENST00000344320 2370 ntAPPRIS P1 BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 PARP16-201ENST00000261888 2731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 TFAP2C-201ENST00000201031 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 FAM218A-201ENST00000513876 2175 ntAPPRIS P1 BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 AP002414.2-201ENST00000591780 3365 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 NF2-205ENST00000361452 5884 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 MUC1-204ENST00000343256 648 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 ITGB2-204ENST00000397846 422 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 ZGLP1-201ENST00000403352 1028 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 EPB41L4A-AS1-201ENST00000413221 2969 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 AL355306.1-201ENST00000415580 579 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 ZNF655-216ENST00000449244 544 ntTSL 4 BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 AP000777.2-201ENST00000539897 501 ntTSL 4 BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 AC243562.2-201ENST00000561247 970 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 AL138781.1-202ENST00000563018 775 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 AL135744.1-201ENST00000565098 629 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 AC012173.1-201ENST00000567942 430 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 PAM16-215ENST00000577031 548 ntTSL 4 BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 AC010618.3-201ENST00000596643 775 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 AC091812.2-201ENST00000619081 385 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 PEPD-202ENST00000397032 1754 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 MYLK3-202ENST00000536476 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 LMX1B-201ENST00000355497 5809 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 CDC42-203ENST00000400259 2274 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 SYAP1-201ENST00000380155 6129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 AL691432.1-201ENST00000596308 1422 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 ANKRD33-201ENST00000301190 1935 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 MBD1-222ENST00000590208 2913 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 METTL25-201ENST00000248306 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 NDRG2-206ENST00000397844 2096 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 NDRG2-209ENST00000397853 2079 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 RASGEF1C-206ENST00000522500 2055 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 MAMLD1-203ENST00000370401 4854 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 FADS1-201ENST00000350997 4525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 ALOX12-AS1-201ENST00000399540 1730 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 FAM192A-201ENST00000309137 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 TANK-202ENST00000392749 2171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 AC023824.1-201ENST00000562945 2975 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 RASA1-201ENST00000274376 3752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 SLC18A1-207ENST00000519026 1980 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 AP000866.1-201ENST00000499143 2886 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 AC090616.6-203ENST00000579186 1945 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 JAKMIP1-204ENST00000409831 2371 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 RUFY2-204ENST00000399200 2685 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 ANOS1-201ENST00000262648 6314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 ATG9A-205ENST00000409618 4025 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 HSPB1-201ENST00000248553 909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 SPACA4-201ENST00000321762 972 ntAPPRIS P1 BASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 RNLS-201ENST00000331772 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 DUSP18-201ENST00000334679 2479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 ELMO3-201ENST00000360833 2480 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 AMACR-204ENST00000382085 1195 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 GRM5-203ENST00000393294 1268 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 AK4-202ENST00000395334 6998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 TMEM210-201ENST00000413619 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 API5-202ENST00000420461 2009 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 AL359915.2-201ENST00000425884 745 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 AC142381.1-201ENST00000426099 345 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 AL671277.1-201ENST00000429656 993 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 SLC47A1-203ENST00000436810 1719 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 AL049569.1-201ENST00000446261 636 ntTSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 AC136759.1-203ENST00000527477 2196 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 EEF1D-223ENST00000528610 923 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 LIMS2-217ENST00000545738 1730 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 DYNLL1-204ENST00000548214 616 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 MIF4GD-205ENST00000578305 569 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 AC024592.3-202ENST00000586349 506 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 AC027307.2-201ENST00000591252 911 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 NR2E3-204ENST00000621736 2032 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 AC018892.3-201ENST00000623986 2499 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 AC008267.7-201ENST00000624570 1194 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 SDK1-210ENST00000615806 10258 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 ING1-203ENST00000375774 2870 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 ACOX3-203ENST00000503233 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 RASD2-201ENST00000216127 3412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 FBLIM1-201ENST00000332305 1530 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 KLK10-202ENST00000358789 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 FHL2-205ENST00000393353 1531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 ZBTB45P2-201ENST00000452245 1531 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
VPS39Q96JC1 SLC6A11-201ENST00000254488 4296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.7 ms