Protein–RNA interactions for Protein: Q13099

IFT88, Intraflagellar transport protein 88 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 833 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
IFT88Q13099 PPL-205ENST00000590782 5845 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
IFT88Q13099 PRDM6-201ENST00000407847 9267 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
IFT88Q13099 E2F6-211ENST00000542100 3450 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
IFT88Q13099 LINC01144-201ENST00000626198 1710 ntBASIC16.28■□□□□ 0.2
IFT88Q13099 B4GALNT3-201ENST00000266383 5068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
IFT88Q13099 MAP3K8-201ENST00000263056 3096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
IFT88Q13099 ATP5S-201ENST00000245448 1671 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
IFT88Q13099 CCDC181-206ENST00000491570 1652 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
IFT88Q13099 GPR37-201ENST00000303921 3021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
IFT88Q13099 TRIP10-208ENST00000596758 1920 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
IFT88Q13099 GIPC2-201ENST00000370759 3847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
IFT88Q13099 CLPTM1-202ENST00000541297 2732 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
IFT88Q13099 TAB1-201ENST00000216160 3237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
IFT88Q13099 SPIRE1-201ENST00000309836 1877 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
IFT88Q13099 DBR1-201ENST00000260803 2666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
IFT88Q13099 RBM47-203ENST00000381795 4473 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
IFT88Q13099 NFIC-210ENST00000590282 1558 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
IFT88Q13099 TRIM46-202ENST00000368382 3127 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
IFT88Q13099 RASGRF1-203ENST00000558480 6237 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
IFT88Q13099 HNRNPDL-208ENST00000621267 4139 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
IFT88Q13099 RSPH9-202ENST00000372165 2586 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
IFT88Q13099 AC010327.5-201ENST00000586923 3061 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
IFT88Q13099 INS-201ENST00000250971 503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
IFT88Q13099 PTPMT1-201ENST00000326656 928 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
IFT88Q13099 HIST2H2AB-201ENST00000331128 393 ntAPPRIS P1 BASIC16.27■□□□□ 0.2
IFT88Q13099 SLX1A-202ENST00000345535 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
IFT88Q13099 NNAT-202ENST00000346199 1209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
IFT88Q13099 SLX1B-202ENST00000351581 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
IFT88Q13099 CD1E-203ENST00000368156 861 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
IFT88Q13099 IMMP2L-207ENST00000452895 833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
IFT88Q13099 KRT18P56-201ENST00000507275 550 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
IFT88Q13099 PNMT-203ENST00000581428 677 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
IFT88Q13099 KLK6-204ENST00000594641 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
IFT88Q13099 TMEM265-201ENST00000615541 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
IFT88Q13099 SBDS-205ENST00000617799 953 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
IFT88Q13099 MCRIP2-211ENST00000629534 341 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
IFT88Q13099 CEACAM3-208ENST00000630848 1110 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
IFT88Q13099 PRKN-202ENST00000366892 1505 ntTSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
IFT88Q13099 CHD4-201ENST00000357008 6496 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
IFT88Q13099 ATXN2L-204ENST00000382686 3739 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
IFT88Q13099 GRB2-203ENST00000392562 3729 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.19
IFT88Q13099 MAPT-204ENST00000344290 6816 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
IFT88Q13099 PUS1-202ENST00000376649 4094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
IFT88Q13099 ARVCF-203ENST00000406259 2871 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.19
IFT88Q13099 SLC39A6-202ENST00000440549 1657 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
IFT88Q13099 CACNA1G-205ENST00000360761 7497 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
IFT88Q13099 CNDP2-201ENST00000324262 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
IFT88Q13099 PLEKHO2-201ENST00000323544 3720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
IFT88Q13099 CPEB3-201ENST00000265997 4851 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
IFT88Q13099 GRIK5-201ENST00000262895 3493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
IFT88Q13099 APBB1IP-202ENST00000376236 2771 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
IFT88Q13099 CAPN1-224ENST00000533129 2792 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
IFT88Q13099 MFNG-201ENST00000356998 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
IFT88Q13099 RUNDC3B-203ENST00000394654 2064 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
IFT88Q13099 AP3M2-201ENST00000174653 3661 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
IFT88Q13099 SLC26A1-201ENST00000361661 3660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
IFT88Q13099 TMEM177-201ENST00000272521 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
IFT88Q13099 SEPT9-211ENST00000585930 1387 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
IFT88Q13099 HNRNPUL1-205ENST00000593587 2725 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
IFT88Q13099 CCDC40-202ENST00000374876 2010 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
IFT88Q13099 HMBS-209ENST00000537841 1559 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
IFT88Q13099 AC006504.4-201ENST00000592118 1568 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
IFT88Q13099 HYAL1-209ENST00000618175 2225 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
IFT88Q13099 ISCU-205ENST00000535729 1330 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
IFT88Q13099 ZNF84-215ENST00000543758 3501 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
IFT88Q13099 PODN-207ENST00000618387 3065 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
IFT88Q13099 AP4S1-202ENST00000313566 839 ntTSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
IFT88Q13099 MRPS18A-201ENST00000372116 785 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
IFT88Q13099 GYG2P1-204ENST00000382966 639 ntTSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
IFT88Q13099 ELK2BP-201ENST00000415014 1224 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
IFT88Q13099 MMP24-AS1-201ENST00000424358 867 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
IFT88Q13099 ZNF337-AS1-204ENST00000428254 817 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
IFT88Q13099 CHCHD3-203ENST00000448878 1038 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
IFT88Q13099 AL137026.1-202ENST00000452578 1089 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
IFT88Q13099 AC087163.2-201ENST00000457299 853 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
IFT88Q13099 C9orf147-204ENST00000463223 863 ntTSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
IFT88Q13099 MRPL2-208ENST00000489623 570 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
IFT88Q13099 TTLL12-204ENST00000494035 888 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
IFT88Q13099 AC073648.2-201ENST00000510116 352 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
IFT88Q13099 PPP1R1B-208ENST00000580825 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
IFT88Q13099 AC022150.1-201ENST00000599222 640 ntTSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
IFT88Q13099 PLAUR-214ENST00000601723 1205 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
IFT88Q13099 SMIM22-210ENST00000615471 928 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
IFT88Q13099 HIST1H2AK-201ENST00000618958 393 ntAPPRIS P1 BASIC16.26■□□□□ 0.19
IFT88Q13099 AL805961.1-202ENST00000641562 540 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
IFT88Q13099 AC107918.4-202ENST00000641623 219 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
IFT88Q13099 PDPR-202ENST00000398122 2734 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
IFT88Q13099 TPM1-201ENST00000267996 1670 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
IFT88Q13099 GOLGA2P3Y-201ENST00000416946 1653 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
IFT88Q13099 TPM1-219ENST00000559397 1655 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
IFT88Q13099 CEP76-201ENST00000262127 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
IFT88Q13099 SLC38A9-202ENST00000396865 2927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
IFT88Q13099 RNF150-201ENST00000306799 4535 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
IFT88Q13099 ADAM15-202ENST00000355956 2877 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
IFT88Q13099 BCAT2-209ENST00000599246 1449 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
IFT88Q13099 SLC38A11-202ENST00000409058 1647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
IFT88Q13099 CEP70-213ENST00000489254 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
IFT88Q13099 CNDP1-201ENST00000358821 2215 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
IFT88Q13099 GPANK1-205ENST00000375906 2793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
IFT88Q13099 IVL-201ENST00000368764 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 64.6 ms