Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 LRRFIP1P1-201ENST00000498774 2246 ntBASIC13.69□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 SNAPC1-201ENST00000216294 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 LINC00884-202ENST00000448892 2680 ntTSL 5 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 SLC26A5-202ENST00000339444 2474 ntTSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 MBD4-203ENST00000429544 2478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 AADAT-201ENST00000337664 2261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 BORCS8-MEF2B-203ENST00000514819 1406 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 BTN3A1-204ENST00000425234 1882 ntTSL 2 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 ZFAND5-205ENST00000376962 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 SEPT11-203ENST00000502584 2615 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 NINL-201ENST00000278886 4969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 NCAN-201ENST00000252575 6387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 ATP5J-205ENST00000400094 589 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 RCAN3-204ENST00000425530 997 ntTSL 5 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 STOM-203ENST00000538954 1257 ntTSL 5 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 KLK3-204ENST00000593997 1035 ntTSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 NDUFS7-218ENST00000618074 688 ntTSL 5 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 NDUFS7-219ENST00000620479 754 ntTSL 5 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 RASA4B-202ENST00000465829 2931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 FLNA-207ENST00000422373 8486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 NUAK1-201ENST00000261402 6828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 BCL9L-201ENST00000334801 10005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 PABPC4-202ENST00000372857 3048 ntTSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 VPS16-203ENST00000380469 2318 ntTSL 2 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 CYP4B1-203ENST00000371923 2110 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
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CHD3Q12873 SYT5-207ENST00000590851 3619 ntTSL 2 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 CLSTN1-202ENST00000377298 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 CXorf40A-209ENST00000441248 2411 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 AL354813.1-201ENST00000526566 2437 ntTSL 5 BASIC13.68□□□□□ -0.22
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CHD3Q12873 MAP7D1-203ENST00000373150 3238 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 CDH23-205ENST00000398809 4533 ntTSL 5 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 AC005064.1-201ENST00000422488 2725 ntTSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 C14orf93-202ENST00000341470 2221 ntTSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 ZNF7-207ENST00000528372 2905 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 SAP130-202ENST00000259235 4065 ntTSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 SYNRG-223ENST00000616179 4050 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 TRIM45-201ENST00000256649 3515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.22
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CHD3Q12873 LCE5A-201ENST00000334269 819 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.68□□□□□ -0.22
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CHD3Q12873 HRCT1-201ENST00000354323 950 ntAPPRIS P1 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 ACTA1-201ENST00000366683 1122 ntTSL 5 BASIC13.68□□□□□ -0.22
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CHD3Q12873 Z94721.1-201ENST00000444102 385 ntTSL 5 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 AC008969.1-205ENST00000553254 876 ntTSL 2 BASIC13.68□□□□□ -0.22
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CHD3Q12873 AC087392.4-201ENST00000574560 486 ntTSL 3 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 ARMC7-205ENST00000584947 445 ntTSL 3 BASIC13.68□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 APOC4-201ENST00000591600 348 ntTSL 3 BASIC13.68□□□□□ -0.22
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CHD3Q12873 EIF1B-AS1-206ENST00000631175 1303 ntTSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
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CHD3Q12873 HSPA12B-201ENST00000254963 3151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
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CHD3Q12873 C12orf65-201ENST00000253233 2073 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 MYOC-201ENST00000037502 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
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CHD3Q12873 C1orf68-201ENST00000368775 949 ntAPPRIS P1 BASIC13.67□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 RPL37AP1-201ENST00000412502 279 ntBASIC13.67□□□□□ -0.22
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CHD3Q12873 AC243964.2-202ENST00000591312 752 ntTSL 2 BASIC13.67□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 HAUS2-211ENST00000639412 375 ntTSL 2 BASIC13.67□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 PCTP-201ENST00000268896 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 KRT35-202ENST00000393989 1670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.67□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 TAF1D-203ENST00000448108 2082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.67□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 NEO1-201ENST00000261908 7088 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 TACR2-203ENST00000619173 1713 ntTSL 5 BASIC13.67□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 UEVLD-203ENST00000379387 1848 ntTSL 2 BASIC13.67□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 HSD17B7P2-202ENST00000494540 1401 ntTSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 TSPAN12-202ENST00000415871 1495 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.67□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 BTBD7P1-201ENST00000447253 1453 ntBASIC13.67□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 KLK10-202ENST00000358789 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 FHL2-205ENST00000393353 1531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 VIPR1-204ENST00000438259 2427 ntTSL 2 BASIC13.67□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 MTHFD1L-203ENST00000367321 3604 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 MPP3-201ENST00000398389 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 ARFGAP1-210ENST00000519273 3176 ntTSL 2 BASIC13.66□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 MINDY2-202ENST00000450403 4820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
CHD3Q12873 DKKL1-201ENST00000221498 1222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
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