Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 CYMP-AS1-201ENST00000457402 2351 ntTSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 HELZ2-202ENST00000427522 7827 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 ONECUT1-201ENST00000305901 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 PDZRN3-201ENST00000263666 4248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 FOXN1-203ENST00000579795 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 SLC27A6-201ENST00000262462 3219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 KL-201ENST00000380099 5006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 FIBP-201ENST00000338369 1261 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 NDUFB8-202ENST00000370320 684 ntTSL 3 BASIC19.9■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 AC092910.3-201ENST00000484076 969 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 AC093004.1-201ENST00000508850 424 ntBASIC19.9■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 TIMM17BP1-201ENST00000545713 516 ntBASIC19.9■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 AC087612.1-201ENST00000560238 658 ntTSL 5 BASIC19.9■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 AP001033.1-201ENST00000584509 466 ntTSL 3 BASIC19.9■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 AC008494.3-201ENST00000606615 944 ntBASIC19.9■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 AC007431.3-201ENST00000623221 587 ntBASIC19.9■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 AFAP1L2-202ENST00000369271 3964 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 KLK8-211ENST00000600767 1324 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 CD1B-201ENST00000368168 1395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 DNAJA4-206ENST00000446172 1399 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 HFE2-205ENST00000497365 1419 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 STAC-201ENST00000273183 3227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 RELT-201ENST00000064780 3535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 TUBGCP2-203ENST00000368563 4218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 DCST1-201ENST00000295542 2279 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 DYRK3-201ENST00000367106 2329 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 KIAA0368-201ENST00000259335 7391 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 STKLD1-201ENST00000371957 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 INA-201ENST00000369849 3231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 RGL2-247ENST00000497454 3278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 SOX14-201ENST00000306087 2055 ntAPPRIS P1 BASIC19.89■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 TVP23B-201ENST00000307767 2064 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 MRPL55-202ENST00000336300 722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 MRPL55-206ENST00000366732 722 ntTSL 3 BASIC19.89■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 CLDN19-202ENST00000372539 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 IL18BP-204ENST00000393703 1788 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC19.89■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 TRIM74-202ENST00000395244 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 TSPEAR-202ENST00000397916 2114 ntTSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 MRPS6-201ENST00000399312 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 SP100-205ENST00000409824 1802 ntTSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 WBP2-203ENST00000433525 928 ntTSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 AC093459.1-202ENST00000438963 768 ntTSL 3 BASIC19.89■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 TRIM73-204ENST00000447409 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 GNG4-205ENST00000484517 684 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 SERF1B-208ENST00000515588 792 ntTSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 MPP2-208ENST00000520305 2111 ntTSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 EEF1D-207ENST00000524624 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 NEIL2-207ENST00000528323 998 ntTSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 SCN4B-204ENST00000529878 566 ntTSL 4 BASIC19.89■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 AP000943.3-201ENST00000536540 954 ntTSL 3 BASIC19.89■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 AL163636.2-201ENST00000553909 1498 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 ESR2-209ENST00000555278 1883 ntTSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 C1QTNF1-212ENST00000583904 1129 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC19.89■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 AP005482.2-201ENST00000587889 310 ntTSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 GRN-214ENST00000589265 1632 ntTSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 LINC01115-203ENST00000606068 577 ntBASIC19.89■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 ATP6V0E2-212ENST00000611515 2565 ntTSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 NR4A3-204ENST00000618101 5706 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 ASAH1-254ENST00000637636 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 ST3GAL5-229ENST00000638986 2331 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 AL358472.5-202ENST00000641448 1267 ntBASIC19.89■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 ZNF213-206ENST00000574902 3208 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 PRDM5-202ENST00000394435 2492 ntTSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 C20orf166-AS1-201ENST00000412495 2302 ntTSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 SEPT9-237ENST00000591198 2160 ntTSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 TTLL3-213ENST00000430793 2097 ntTSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 ELMSAN1-202ENST00000394071 7721 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 SLC44A3-206ENST00000527077 1943 ntTSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 Z98749.3-201ENST00000400206 1770 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 SHANK1-204ENST00000391814 6622 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 DUSP14-204ENST00000613659 1559 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 AP001282.1-201ENST00000531301 1499 ntBASIC19.88■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 CBWD5-204ENST00000377392 2863 ntTSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 PBX1-215ENST00000559240 2866 ntTSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 ARHGAP22-201ENST00000249601 2751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 MECR-201ENST00000263702 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 IDH3G-212ENST00000619865 1339 ntTSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 KCNT1-214ENST00000631073 3948 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 FTH1-201ENST00000273550 1229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 LINC01116-202ENST00000339037 838 ntTSL 3 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 HRAS-202ENST00000397594 1099 ntTSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 RAB34-206ENST00000415040 1293 ntTSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 AC100810.1-201ENST00000518822 978 ntTSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 AC009902.2-201ENST00000518880 620 ntTSL 4 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 LACTB2-203ENST00000522447 1034 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 FTH1-202ENST00000526640 786 ntTSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 IFITM2-204ENST00000533141 588 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 AP001107.3-201ENST00000534065 544 ntTSL 4 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 COQ6-210ENST00000554920 649 ntTSL 3 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 WASH4P-201ENST00000564273 1246 ntBASIC19.88■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 YPEL2-205ENST00000585166 881 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 AC027575.2-201ENST00000585258 1295 ntTSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 AL157392.3-207ENST00000601758 744 ntTSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 SRP9-204ENST00000619790 377 ntTSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 PTPN13-204ENST00000436978 8573 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 ZAP70-201ENST00000264972 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 AC005329.1-201ENST00000501448 3571 ntTSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 RGS11-202ENST00000316163 2376 ntTSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 IGSF8-202ENST00000368086 2366 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
CHMP3Q9Y3E7 LZTR1-201ENST00000215739 4572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.7 ms