Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 RDM1-224ENST00000619262 1535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 ADAM8-205ENST00000485491 2441 ntTSL 2 BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 FST-201ENST00000256759 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 GRHPR-212ENST00000607784 1704 ntTSL 5 BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 TXNL4A-201ENST00000269601 3504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 EIF2B4-212ENST00000622434 1771 ntTSL 5 BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 ITM2C-201ENST00000326407 1888 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 FAM53A-201ENST00000308132 2802 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 POLL-217ENST00000628479 1953 ntTSL 5 BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 NUP62-211ENST00000597029 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 ADCY9-201ENST00000294016 7725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 LHB-201ENST00000221421 514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 CD79A-201ENST00000221972 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 RPL39L-201ENST00000296277 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 TNFAIP8L2-201ENST00000368910 1178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 MIR648-201ENST00000385046 94 ntBASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 DGUOK-AS1-202ENST00000439192 563 ntTSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 MLF1-206ENST00000471745 1266 ntTSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 HYAL3-206ENST00000513170 636 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 C1RL-212ENST00000545337 813 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 GSKIP-207ENST00000556095 3834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 MIR4741-201ENST00000579822 90 ntBASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 AC011510.1-201ENST00000598541 286 ntTSL 3 BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 HIST2H2AA4-201ENST00000607355 564 ntAPPRIS P1 BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 AC132938.4-201ENST00000623835 848 ntBASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 AHCYP2-201ENST00000430630 1300 ntBASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 TEAD4-203ENST00000397122 1396 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 NTMT1-204ENST00000372486 1487 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 CKMT2-201ENST00000254035 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 AMT-233ENST00000636522 1620 ntTSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 TCP11-206ENST00000412155 1690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 AL138799.1-201ENST00000448213 1675 ntBASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 LINC00094-204ENST00000599836 1689 ntAPPRIS P5 BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 TOM1L1-201ENST00000348161 1895 ntTSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 ACSF3-204ENST00000406948 2247 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 EIF3L-202ENST00000406934 2282 ntTSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 ZGLP1-202ENST00000403903 2303 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 ST6GALNAC6-216ENST00000622357 2396 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 WT1-203ENST00000379079 2466 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 PFKP-202ENST00000381075 2769 ntTSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.78
CCDC87Q9NVE4 EN2-201ENST00000297375 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 KLHDC3-203ENST00000332245 1494 ntTSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 SEC13-201ENST00000337354 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 NOSIP-201ENST00000339093 1000 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 MRFAP1-202ENST00000382581 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 MANSC1-201ENST00000396349 2220 ntTSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 RAC2-202ENST00000401529 569 ntTSL 4 BASIC19.89■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 AC007969.1-201ENST00000433675 447 ntBASIC19.89■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 LRRC74B-201ENST00000442047 1179 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 KRT8P35-201ENST00000483942 1338 ntBASIC19.89■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 AC012640.1-201ENST00000509915 688 ntTSL 3 BASIC19.89■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 NEU3-202ENST00000526068 431 ntTSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 SYBU-231ENST00000533065 2645 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 IL32-222ENST00000533097 814 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 MAPKAPK5-207ENST00000551404 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 AC079328.1-201ENST00000560358 952 ntBASIC19.89■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 AC007333.1-201ENST00000568286 630 ntTSL 3 BASIC19.89■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 AC129926.1-201ENST00000581944 614 ntTSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 BCAM-206ENST00000589651 2686 ntTSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 LINC00592-202ENST00000640420 768 ntTSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 IL32-201ENST00000008180 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 BCR-201ENST00000305877 7082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 ZNF280B-203ENST00000626650 5721 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 RABEP2-202ENST00000358201 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 ACTN4-201ENST00000252699 4963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 THOP1-201ENST00000307741 4804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 SGCZ-201ENST00000382080 2234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 NDRG2-211ENST00000397858 2054 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 ZNF772-202ENST00000356584 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 PLA2G12A-201ENST00000243501 5226 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 PAX6-276ENST00000640684 1557 ntTSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 CBFA2T2-201ENST00000342704 2864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 SULT2B1-202ENST00000323090 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 SNHG20-204ENST00000566583 1338 ntTSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 RAB41-201ENST00000276066 1071 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 WDR3-202ENST00000369441 1035 ntTSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 RAB41-202ENST00000374473 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 BLCAP-204ENST00000397135 685 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 AL591846.1-201ENST00000451736 433 ntBASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 AL590640.2-201ENST00000457038 527 ntBASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 FHIT-208ENST00000492590 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 AC120498.1-201ENST00000563593 476 ntTSL 4 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 HIRIP3-204ENST00000564026 988 ntTSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 THAP4-206ENST00000612200 969 ntTSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 RTCA-203ENST00000370128 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 SPAG1-201ENST00000251809 3748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 F7-201ENST00000346342 2409 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 FAM69B-201ENST00000371691 2410 ntTSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 SKOR1-203ENST00000554054 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 MOV10L1-201ENST00000262794 3960 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 FAM181B-201ENST00000329203 3924 ntAPPRIS P1 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 UGT3A2-204ENST00000513300 1924 ntTSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 AC011477.6-201ENST00000604980 1927 ntBASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 TMEM131-201ENST00000186436 6640 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 CRKL-201ENST00000354336 5325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 ST7L-207ENST00000369669 1743 ntTSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 FADS2-210ENST00000522056 1689 ntTSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 GABARAP-201ENST00000302386 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 HPS1-202ENST00000338546 1580 ntTSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC87Q9NVE4 DNM2-201ENST00000355667 3541 ntTSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 65.4 ms