Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 TMEM127-201ENST00000258439 6266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 JKAMP-202ENST00000356057 2524 ntTSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 PRSS55-201ENST00000328655 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 TSPAN4-201ENST00000346501 882 ntTSL 3 BASIC19.93■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 C10orf35-201ENST00000373279 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 LINC01121-201ENST00000378479 1095 ntTSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 IDH3B-202ENST00000380851 1230 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 BLCAP-202ENST00000397131 633 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.93■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 BLCAP-203ENST00000397134 566 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC19.93■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 STMN1-204ENST00000426559 948 ntTSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 AL451067.1-201ENST00000453111 394 ntTSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 SLC35B4-204ENST00000470969 1033 ntTSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 CD81-207ENST00000481687 890 ntTSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 AL161781.2-201ENST00000509911 739 ntTSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 IL32-234ENST00000552936 713 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.93■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 ZNF586-205ENST00000598885 578 ntTSL 4 BASIC19.93■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 5S_rRNA.22-201ENST00000614916 106 ntBASIC19.93■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 PDLIM3-213ENST00000629667 1016 ntTSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 ATP6AP2-215ENST00000636409 1962 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 NCAPH2-202ENST00000395698 1388 ntTSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 IQCE-212ENST00000476665 2400 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 TPCN1-201ENST00000335509 5274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 PRPF31-201ENST00000321030 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 ACTL9-201ENST00000324436 1426 ntAPPRIS P1 BASIC19.93■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 GRAMD1A-202ENST00000411896 2523 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 SLC6A9-204ENST00000372307 2162 ntTSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 ATP6V0E2-AS1-201ENST00000461019 2973 ntTSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 SH2B1-203ENST00000359285 3033 ntTSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 ZBTB45P2-201ENST00000452245 1531 ntBASIC19.92■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 CPEB2-209ENST00000538197 6878 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 OSGIN1-203ENST00000393306 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 AL121758.1-201ENST00000488788 2714 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 USP42-201ENST00000306177 5155 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 CERK-201ENST00000216264 4450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 EPHA8-201ENST00000166244 4943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 BCAR1-206ENST00000535626 2894 ntTSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 NDUFA2-201ENST00000252102 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 VCX2-201ENST00000317103 815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 ACTA1-201ENST00000366683 1122 ntTSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 RTN4RL2-202ENST00000395120 582 ntTSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 AL353779.1-201ENST00000434793 351 ntBASIC19.92■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 AL161908.2-201ENST00000457964 394 ntTSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 YEATS4-202ENST00000548020 1100 ntTSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 RIC8B-209ENST00000549643 571 ntTSL 4 BASIC19.92■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 SUOX-214ENST00000551841 906 ntTSL 3 BASIC19.92■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 ARL16-202ENST00000570561 768 ntTSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 AC140912.1-201ENST00000577171 1054 ntBASIC19.92■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 INTS4P1-202ENST00000587624 2985 ntTSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 FAM66A-202ENST00000602658 546 ntTSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 AC074044.1-201ENST00000609673 707 ntBASIC19.92■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 VCX-203ENST00000620630 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 FHL1-207ENST00000394155 2706 ntTSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 ASAH1-223ENST00000636171 2283 ntTSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 FAM174A-201ENST00000312637 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 PCDHGC5-202ENST00000610789 2763 ntAPPRIS ALT2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 ITM2C-201ENST00000326407 1888 ntTSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 LRRC59-201ENST00000225972 2910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 TOMM40-207ENST00000592434 3415 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 TNFRSF13C-201ENST00000291232 3944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 CLMAT3-201ENST00000510576 1973 ntTSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 TMUB2-204ENST00000538716 1953 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 CELF3-201ENST00000290583 3246 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 PHF8-203ENST00000338946 4651 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.91■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 GLG1-202ENST00000422840 4748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 PCBP1-201ENST00000303577 1750 ntAPPRIS P1 BASIC19.91■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 DNAAF1-201ENST00000378553 2379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 C9orf172-201ENST00000436881 4387 ntAPPRIS P1 BASIC19.91■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 PDAP1-201ENST00000350498 2546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 NNAT-202ENST00000346199 1209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 SLC18B1-202ENST00000367918 472 ntTSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 DFFBP1-201ENST00000433250 979 ntBASIC19.91■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 RPSAP31-202ENST00000445165 716 ntTSL 2 BASIC19.91■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 BMP7-AS1-201ENST00000445956 436 ntTSL 2 BASIC19.91■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 AC091133.3-201ENST00000504865 432 ntTSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 CCDC25-209ENST00000522915 785 ntTSL 3 BASIC19.91■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 SLC8B1-206ENST00000549069 1058 ntTSL 2 BASIC19.91■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 AL096870.1-201ENST00000555591 930 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC19.91■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 AC023310.3-201ENST00000557027 670 ntBASIC19.91■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 AC243562.3-201ENST00000559866 1212 ntTSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 AC100756.1-201ENST00000562736 682 ntBASIC19.91■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 AL596325.1-201ENST00000563991 1082 ntBASIC19.91■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 AC138749.3-201ENST00000567691 622 ntBASIC19.91■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 TP53TG3HP-202ENST00000569755 579 ntBASIC19.91■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 MRPS23-202ENST00000578444 580 ntTSL 2 BASIC19.91■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 AC010326.2-201ENST00000602124 1020 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.91■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 CHCHD2P3-201ENST00000603038 451 ntBASIC19.91■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 AC116165.1-201ENST00000611806 668 ntBASIC19.91■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 FKBP4-208ENST00000630279 156 ntTSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 ARHGEF28-201ENST00000296794 5246 ntTSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 SLC22A16-202ENST00000368919 1987 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 NFIA-205ENST00000371189 1989 ntTSL 2 BASIC19.91■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 COQ8B-201ENST00000243583 2041 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 SLITRK4-201ENST00000338017 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 ATP6AP2-201ENST00000378438 2022 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 ZBP1-202ENST00000395822 2073 ntTSL 2 BASIC19.91■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 ING5-213ENST00000636051 4199 ntTSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 ARHGAP26-202ENST00000378004 9200 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 VASH1-203ENST00000554237 1462 ntTSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 FUK-207ENST00000571514 3054 ntTSL 2 BASIC19.91■□□□□ 0.78
CHMP3Q9Y3E7 STOML1-204ENST00000541638 6336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.7 ms