Protein–RNA interactions for Protein: Q9HBJ7

USP29, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 29, humanhuman

Predictions only

Length 922 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP29Q9HBJ7 NDRG2-209ENST00000397853 2079 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 RUSC1-205ENST00000368354 3114 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 LINC01273-201ENST00000411453 685 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 BASP1P1-201ENST00000430708 665 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 AC004865.2-202ENST00000444348 852 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 AL355140.1-201ENST00000457328 398 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 AC108047.1-201ENST00000457407 404 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 PRICKLE2-AS1-203ENST00000476308 623 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 AGGF1-204ENST00000506806 1142 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 VASH2-211ENST00000517399 1068 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 AC069262.1-201ENST00000539058 672 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 AC051619.7-201ENST00000568314 623 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 KF456478.1-201ENST00000585980 472 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 INO80C-206ENST00000586489 594 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 AC244153.1-203ENST00000622796 419 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 TUBB3-206ENST00000554444 1978 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 REXO1L1P-202ENST00000608646 1974 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 HNF1B-207ENST00000621123 1971 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 RRP1-207ENST00000497547 3022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 ZNF219-202ENST00000421093 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 MPL-202ENST00000413998 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 MPPE1-211ENST00000588072 4236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 TJP1-212ENST00000614355 6977 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 PTOV1-219ENST00000601638 1413 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 LMNB1-201ENST00000261366 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 AC092127.1-201ENST00000567093 3455 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 RAB31-207ENST00000578921 4055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 COBL-201ENST00000265136 5291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 CAST-224ENST00000508830 2539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 AC090616.6-203ENST00000579186 1945 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 TEAD3-204ENST00000639578 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 MASTL-203ENST00000375946 3623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 ZSWIM8-213ENST00000603114 5919 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 AP3S2-216ENST00000617003 1561 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 SLC12A9-201ENST00000354161 3273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 THEMIS2-202ENST00000373921 2687 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 METTL25-201ENST00000248306 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 UNC119B-201ENST00000344651 4404 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 MC1R-202ENST00000555147 3099 ntAPPRIS P1 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 ALOX12-AS1-201ENST00000399540 1730 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 KRT27-201ENST00000301656 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 PAQR6-204ENST00000356983 2143 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 CDK18-201ENST00000360066 3141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 FAM131B-206ENST00000443739 4382 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 SNX1-213ENST00000561026 1374 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 FLII-221ENST00000578558 2377 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 ANXA8-203ENST00000583874 1860 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 PLXNB2-214ENST00000614805 1387 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 WDR45-240ENST00000635003 1376 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 PLTP-205ENST00000477313 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 C3orf67-201ENST00000295966 2650 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 CNKSR1-214ENST00000531191 2673 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 MRPL2-201ENST00000230413 899 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 MRPL43-201ENST00000299179 747 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 CSNK1G2-AS1-201ENST00000314315 1252 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 FBXO44-205ENST00000376768 959 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 SPDYE7P-202ENST00000420373 878 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 YAE1D1-202ENST00000432096 968 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 TMEM91-205ENST00000436170 864 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 LHX6-205ENST00000464484 666 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 AHSA2-208ENST00000489653 1197 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 RPS3A-212ENST00000514682 985 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 AC004771.3-201ENST00000574260 551 ntTSL 4 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 MIR4745-201ENST00000577608 62 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 SNHG8-201ENST00000602414 672 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 SNHG8-205ENST00000602819 470 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 NNAT-201ENST00000062104 1297 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 CHRFAM7A-203ENST00000401522 1913 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 GRID2IP-201ENST00000435185 3215 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 NID1-202ENST00000366595 5412 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 RABL2B-204ENST00000395593 2341 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 CNPPD1-202ENST00000409789 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 DNAJB9-201ENST00000249356 2715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 ACE-204ENST00000428043 5120 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 PABPC4-202ENST00000372857 3048 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 ZNF662-201ENST00000328199 3186 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 TMBIM7P-203ENST00000641617 1718 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 TCTN1-202ENST00000397655 1879 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 PCGF2-206ENST00000618941 1499 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 WNK2-201ENST00000297954 7138 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 PUF60-208ENST00000526683 2412 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 TSC2-204ENST00000401874 5421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 CACNA2D3-201ENST00000288197 3671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 CACNA2D3-206ENST00000474759 3675 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 DDOST-201ENST00000375048 2079 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 NDRG2-206ENST00000397844 2096 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 C21orf33-201ENST00000291577 1674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 ANTXR1-201ENST00000303714 5859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 SF3A2-201ENST00000221494 1963 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 XRCC1-202ENST00000543982 1994 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 TMEM270-201ENST00000320531 854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 IFT20-202ENST00000357896 974 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 LY6G6C-201ENST00000375819 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 VCX3A-201ENST00000381089 995 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 HLA-H-201ENST00000383620 1096 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 FAM221A-202ENST00000409192 888 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 INPP5K-204ENST00000421807 2988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 FOLR3-201ENST00000442948 805 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 AC091053.1-201ENST00000529883 744 ntTSL 3 BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP29Q9HBJ7 SLC25A39P2-201ENST00000537614 270 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.8 ms