Protein–RNA interactions for Protein: Q9C037

TRIM4, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM4, humanhuman

Predictions only

Length 500 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM4Q9C037 ALG12-201ENST00000330817 5350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 CACNA2D3-202ENST00000415676 3661 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 CABP5-201ENST00000293255 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 GPX7-201ENST00000361314 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 DUSP12-201ENST00000367943 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 VCX3A-201ENST00000381089 995 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 AP1S3-203ENST00000396654 830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 ELK2BP-201ENST00000415014 1224 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 AL109613.1-202ENST00000427243 639 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 AC016999.1-201ENST00000447880 452 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 HCG4B-203ENST00000450128 991 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 HOXB-AS4-202ENST00000480386 566 ntTSL 4 BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 SEC24B-AS1-201ENST00000499359 957 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 SEC24B-AS1-204ENST00000510971 554 ntTSL 4 BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 AC109322.1-201ENST00000524499 1264 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 POLD4-211ENST00000539074 714 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 AC093520.2-201ENST00000561830 333 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 AC025678.2-201ENST00000562061 970 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 GIPC1-213ENST00000591349 1068 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 AC004835.2-201ENST00000603762 682 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 ZEB1-AS1-206ENST00000606250 573 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 AJ011932.1-201ENST00000621707 465 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 OPCML-202ENST00000374778 1302 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 PIK3R1-211ENST00000521381 7011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 ANXA4-202ENST00000409920 1414 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 AC087289.2-201ENST00000587267 1419 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 KIF25-202ENST00000354419 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 DDX19B-204ENST00000451014 1608 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 TMEM37-201ENST00000306406 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 COTL1-203ENST00000564057 1677 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 ZFAND6-201ENST00000261749 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 LRRC71-201ENST00000337428 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 NEK11-210ENST00000510769 2149 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 AIFM3-207ENST00000440238 2368 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 ZNF418-208ENST00000599852 2501 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 LY6K-205ENST00000522591 2724 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 ZNF574-202ENST00000359044 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 DBN1-202ENST00000309007 2995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 KCNJ14-201ENST00000342291 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 ZDHHC3-201ENST00000296127 3101 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 MARK3-205ENST00000429436 3371 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 TGIF2-202ENST00000373874 3432 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 NFATC3-222ENST00000575270 3824 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 MOV10L1-201ENST00000262794 3960 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 SYNM-201ENST00000328642 3960 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 DIS3-202ENST00000377780 5232 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 CARMIL3-201ENST00000342740 4597 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 HOXA3-202ENST00000396352 3263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 EP400-203ENST00000333577 3092 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 TTLL13P-202ENST00000438251 2738 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 CAST-224ENST00000508830 2539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 NR2C1-201ENST00000330677 2014 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 ADAMTS4-201ENST00000367995 1961 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 HOXB6-203ENST00000484302 1960 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 GFAP-233ENST00000639277 1783 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 TFAP2D-201ENST00000008391 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 CANT1-211ENST00000591773 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 ZMYM3-202ENST00000373978 1511 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 DESI2-202ENST00000302550 4208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 TUBA4B-203ENST00000490341 1380 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 ESM1-201ENST00000381403 1326 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 CTRB2-201ENST00000303037 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 VMO1-202ENST00000354194 651 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 AC236430.1-201ENST00000402231 743 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 AC082651.1-201ENST00000478468 832 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 NDUFS7-216ENST00000546283 1060 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 AC008127.1-201ENST00000548424 499 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 COX5A-202ENST00000562233 441 ntTSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 PDPK2P-202ENST00000562415 1191 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 OR5AH1P-202ENST00000597822 431 ntTSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 AC011491.2-201ENST00000599584 447 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 SLC9A3-AS1-205ENST00000606319 477 ntTSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 AC110491.3-201ENST00000631985 460 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 RASGRF1-203ENST00000558480 6237 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 ZFP41-203ENST00000520584 3284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 SEMA3G-201ENST00000231721 4899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 FAM84A-201ENST00000295092 6355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 AC004922.1-201ENST00000638617 2430 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 SCNN1A-221ENST00000543768 2361 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 DGAT2-202ENST00000376262 2324 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 SHISA5-208ENST00000442747 2250 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 AC013268.4-201ENST00000637413 2228 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 ANKRD23-203ENST00000418232 2156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 MLLT10-201ENST00000307729 5032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 HLA-DQB2-231ENST00000435145 2026 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 KCNC3-202ENST00000474951 3347 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 PTPN20-203ENST00000374342 1929 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 CYB561-203ENST00000392976 3151 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 ING5-213ENST00000636051 4199 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 MEG3-206ENST00000423456 1771 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 MUTYH-201ENST00000354383 1744 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 PCMTD1-206ENST00000521344 1712 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 GGT6-203ENST00000573591 1730 ntTSL 4 BASIC16.05■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 STRN3-201ENST00000355683 3970 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 MAPK4-201ENST00000400384 4770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 DMTN-203ENST00000381470 2601 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 LINC00894-202ENST00000425602 1597 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 UBAC2-202ENST00000376440 2525 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 TMED9-201ENST00000332598 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
TRIM4Q9C037 STEAP2-202ENST00000394621 7033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 68 ms