Protein–RNA interactions for Protein: Q53GG5

PDLIM3, PDZ and LIM domain protein 3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 364 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PDLIM3Q53GG5 PCGF3-213ENST00000620529 1899 ntBASIC13.34□□□□□ -0.27
PDLIM3Q53GG5 RSBN1-204ENST00000612242 6592 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.34□□□□□ -0.27
PDLIM3Q53GG5 AC131009.4-201ENST00000624048 1740 ntBASIC13.34□□□□□ -0.27
PDLIM3Q53GG5 DCBLD1-202ENST00000338728 3626 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.34□□□□□ -0.27
PDLIM3Q53GG5 OSTC-201ENST00000361564 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
PDLIM3Q53GG5 SNHG5-201ENST00000369605 1032 ntTSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
PDLIM3Q53GG5 SLC2A8-201ENST00000373352 914 ntTSL 2 BASIC13.34□□□□□ -0.27
PDLIM3Q53GG5 ITM2B-201ENST00000378549 805 ntTSL 5 BASIC13.34□□□□□ -0.27
PDLIM3Q53GG5 COLEC11-207ENST00000404205 1062 ntTSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
PDLIM3Q53GG5 BASP1P1-201ENST00000430708 665 ntBASIC13.34□□□□□ -0.27
PDLIM3Q53GG5 WDR53-204ENST00000433160 887 ntTSL 5 BASIC13.34□□□□□ -0.27
PDLIM3Q53GG5 ATP5G2P4-201ENST00000442175 420 ntBASIC13.34□□□□□ -0.27
PDLIM3Q53GG5 SUMO2P17-202ENST00000508743 738 ntTSL 3 BASIC13.34□□□□□ -0.27
PDLIM3Q53GG5 AC136632.2-201ENST00000512891 861 ntBASIC13.34□□□□□ -0.27
PDLIM3Q53GG5 AC109322.1-201ENST00000524499 1264 ntBASIC13.34□□□□□ -0.27
PDLIM3Q53GG5 TMEM258-204ENST00000537328 575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
PDLIM3Q53GG5 GRIFIN-202ENST00000614228 461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.34□□□□□ -0.27
PDLIM3Q53GG5 AC010654.1-201ENST00000615722 808 ntBASIC13.34□□□□□ -0.27
PDLIM3Q53GG5 HIST1H2AK-201ENST00000618958 393 ntAPPRIS P1 BASIC13.34□□□□□ -0.27
PDLIM3Q53GG5 PRICKLE1-201ENST00000345127 5902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
PDLIM3Q53GG5 ANKRD26P3-201ENST00000454044 2748 ntBASIC13.34□□□□□ -0.27
PDLIM3Q53GG5 CXCL14-202ENST00000512158 1760 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
PDLIM3Q53GG5 YTHDF3-205ENST00000539294 5163 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
PDLIM3Q53GG5 PPFIBP2-201ENST00000299492 3557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
PDLIM3Q53GG5 ZNF574-202ENST00000359044 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
PDLIM3Q53GG5 ASPG-206ENST00000551177 4851 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
PDLIM3Q53GG5 CDIP1-207ENST00000564828 1636 ntTSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
PDLIM3Q53GG5 ARHGAP22-201ENST00000249601 2751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
PDLIM3Q53GG5 COL17A1-201ENST00000353479 5734 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
PDLIM3Q53GG5 AC090286.1-201ENST00000354432 1489 ntTSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
PDLIM3Q53GG5 MYH7-201ENST00000355349 6087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
PDLIM3Q53GG5 DNASE2-201ENST00000222219 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
PDLIM3Q53GG5 MINDY1-202ENST00000361738 1961 ntTSL 2 BASIC13.34□□□□□ -0.27
PDLIM3Q53GG5 MAP2K5-201ENST00000178640 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
PDLIM3Q53GG5 COL4A3BP-204ENST00000405807 2843 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.34□□□□□ -0.27
PDLIM3Q53GG5 SEMA5B-201ENST00000195173 4523 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.34□□□□□ -0.27
PDLIM3Q53GG5 STEAP2-201ENST00000287908 6873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
PDLIM3Q53GG5 KRT76-201ENST00000332411 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
PDLIM3Q53GG5 SLC46A2-201ENST00000374228 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
PDLIM3Q53GG5 POR-218ENST00000461988 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
PDLIM3Q53GG5 COL4A1-204ENST00000543140 2547 ntTSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
PDLIM3Q53GG5 REPIN1-202ENST00000425389 2876 ntAPPRIS P3 BASIC13.34□□□□□ -0.27
PDLIM3Q53GG5 CCDC120-203ENST00000536628 2381 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.34□□□□□ -0.27
PDLIM3Q53GG5 HLA-A-204ENST00000396634 1868 ntAPPRIS P1 BASIC13.33□□□□□ -0.27
PDLIM3Q53GG5 RNH1-204ENST00000397614 1864 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.33□□□□□ -0.27
PDLIM3Q53GG5 FAM92B-201ENST00000539556 1898 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.33□□□□□ -0.27
PDLIM3Q53GG5 CDIP1-209ENST00000567695 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.27
PDLIM3Q53GG5 KCNMA1-262ENST00000639489 4302 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.33□□□□□ -0.27
PDLIM3Q53GG5 RUSC1-205ENST00000368354 3114 ntTSL 2 BASIC13.33□□□□□ -0.27
PDLIM3Q53GG5 KRT73-201ENST00000305748 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
PDLIM3Q53GG5 LINC01270-201ENST00000371639 2281 ntTSL 2 BASIC13.33□□□□□ -0.28
PDLIM3Q53GG5 LINC00668-206ENST00000581725 1902 ntTSL 2 BASIC13.33□□□□□ -0.28
PDLIM3Q53GG5 GSG1L-203ENST00000447459 4916 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.33□□□□□ -0.28
PDLIM3Q53GG5 CCDC94-201ENST00000262962 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
PDLIM3Q53GG5 KCNK9-203ENST00000520439 1441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
PDLIM3Q53GG5 JRK-203ENST00000571961 2687 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
PDLIM3Q53GG5 MAP4K1-208ENST00000589130 2654 ntTSL 5 BASIC13.33□□□□□ -0.28
PDLIM3Q53GG5 DAP-201ENST00000230895 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
PDLIM3Q53GG5 AXIN2-202ENST00000375702 2541 ntTSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
PDLIM3Q53GG5 AC067750.1-201ENST00000608826 6545 ntBASIC13.33□□□□□ -0.28
PDLIM3Q53GG5 AC141586.1-201ENST00000399702 2748 ntTSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
PDLIM3Q53GG5 MRPL43-201ENST00000299179 747 ntTSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
PDLIM3Q53GG5 SNHG11-201ENST00000359074 1031 ntTSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
PDLIM3Q53GG5 AL512785.2-202ENST00000367932 830 ntTSL 4 BASIC13.33□□□□□ -0.28
PDLIM3Q53GG5 MEAF6-202ENST00000373073 603 ntTSL 3 BASIC13.33□□□□□ -0.28
PDLIM3Q53GG5 NFKBIB-202ENST00000392079 991 ntTSL 5 BASIC13.33□□□□□ -0.28
PDLIM3Q53GG5 ODF3B-204ENST00000405135 917 ntTSL 5 BASIC13.33□□□□□ -0.28
PDLIM3Q53GG5 LINC01786-201ENST00000434139 268 ntTSL 5 BASIC13.33□□□□□ -0.28
PDLIM3Q53GG5 AC087163.2-201ENST00000457299 853 ntBASIC13.33□□□□□ -0.28
PDLIM3Q53GG5 PARP8-218ENST00000513738 596 ntTSL 4 BASIC13.33□□□□□ -0.28
PDLIM3Q53GG5 AP005018.1-201ENST00000525475 301 ntBASIC13.33□□□□□ -0.28
PDLIM3Q53GG5 KBTBD4-203ENST00000525720 980 ntTSL 3 BASIC13.33□□□□□ -0.28
PDLIM3Q53GG5 RIC8B-209ENST00000549643 571 ntTSL 4 BASIC13.33□□□□□ -0.28
PDLIM3Q53GG5 SNHG15-207ENST00000582727 1039 ntTSL 2 BASIC13.33□□□□□ -0.28
PDLIM3Q53GG5 AC010776.2-201ENST00000588946 1081 ntTSL 2 BASIC13.33□□□□□ -0.28
PDLIM3Q53GG5 LIM2-202ENST00000596399 861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
PDLIM3Q53GG5 PGPEP1-209ENST00000604499 769 ntTSL 5 BASIC13.33□□□□□ -0.28
PDLIM3Q53GG5 LINC00628-201ENST00000628516 1289 ntBASIC13.33□□□□□ -0.28
PDLIM3Q53GG5 PDLIM3-213ENST00000629667 1016 ntTSL 5 BASIC13.33□□□□□ -0.28
PDLIM3Q53GG5 SDR16C5-201ENST00000303749 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
PDLIM3Q53GG5 LINC00599-203ENST00000519461 2922 ntTSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
PDLIM3Q53GG5 GUCD1-204ENST00000407471 3482 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.33□□□□□ -0.28
PDLIM3Q53GG5 ANKEF1-201ENST00000378380 5303 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.33□□□□□ -0.28
PDLIM3Q53GG5 DHFR-201ENST00000439211 3917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
PDLIM3Q53GG5 DBET-201ENST00000630918 3363 ntBASIC13.33□□□□□ -0.28
PDLIM3Q53GG5 NFIC-206ENST00000589123 8068 ntTSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
PDLIM3Q53GG5 HLA-B-249ENST00000412585 1547 ntAPPRIS P1 BASIC13.33□□□□□ -0.28
PDLIM3Q53GG5 TBC1D10C-203ENST00000526387 1520 ntTSL 2 BASIC13.33□□□□□ -0.28
PDLIM3Q53GG5 OTX1-201ENST00000282549 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
PDLIM3Q53GG5 OTX1-202ENST00000366671 2861 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.33□□□□□ -0.28
PDLIM3Q53GG5 GRHPR-212ENST00000607784 1704 ntTSL 5 BASIC13.33□□□□□ -0.28
PDLIM3Q53GG5 AC005906.2-217ENST00000639573 1711 ntTSL 5 BASIC13.33□□□□□ -0.28
PDLIM3Q53GG5 MGME1-202ENST00000377709 1936 ntTSL 2 BASIC13.33□□□□□ -0.28
PDLIM3Q53GG5 NIPA1-201ENST00000337435 6567 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
PDLIM3Q53GG5 ADAM15-205ENST00000360674 2732 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
PDLIM3Q53GG5 EPS8L2-201ENST00000318562 3148 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
PDLIM3Q53GG5 CCDC68-204ENST00000591504 4132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.32□□□□□ -0.28
PDLIM3Q53GG5 HPS1-202ENST00000338546 1580 ntTSL 1 (best) BASIC13.32□□□□□ -0.28
PDLIM3Q53GG5 EIPR1-202ENST00000398659 1795 ntTSL 5 BASIC13.32□□□□□ -0.28
PDLIM3Q53GG5 DDOST-206ENST00000602624 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.32□□□□□ -0.28
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