Protein–RNA interactions for Protein: Q07654

TFF3, Trefoil factor 3, humanhuman

Predictions only

Length 80 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TFF3Q07654 EIF4ENIF1-206ENST00000397525 3695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 RTEL1-TNFRSF6B-202ENST00000482936 4931 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC14□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 AL121758.1-201ENST00000488788 2714 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.99□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 CLCF1-201ENST00000312438 1844 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 CACNB3-203ENST00000540990 1814 ntTSL 2 BASIC13.99□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 REPS1-208ENST00000450536 4537 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 AFTPH-202ENST00000238856 4040 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 PACRGL-202ENST00000360916 2073 ntTSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 SSR4-201ENST00000320857 1671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.99□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 ASTN2-205ENST00000361209 4622 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 BMP3-201ENST00000282701 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 ABCB10-201ENST00000344517 3857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 RETN-201ENST00000221515 520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 NPY-201ENST00000242152 585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 TFF2-201ENST00000291526 737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 ZNF138-201ENST00000307355 1141 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC13.99□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 IFI27L1-201ENST00000393115 674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 ACTBP11-201ENST00000436287 1126 ntBASIC13.99□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 AL162726.2-201ENST00000438986 1017 ntBASIC13.99□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 PRSS42-202ENST00000447340 1280 ntTSL 2 BASIC13.99□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 AL353747.3-201ENST00000454185 579 ntTSL 3 BASIC13.99□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 HNRNPA1P13-201ENST00000510646 963 ntBASIC13.99□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 AC106772.2-201ENST00000515085 442 ntTSL 3 BASIC13.99□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 SLC25A47P1-201ENST00000531577 414 ntBASIC13.99□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 NDUFA4L2-206ENST00000556732 883 ntTSL 3 BASIC13.99□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 HAUS2-207ENST00000568846 709 ntTSL 3 BASIC13.99□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 AC087741.1-202ENST00000573346 801 ntTSL 3 BASIC13.99□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 MIR5189-201ENST00000577370 114 ntBASIC13.99□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 MIR4538-201ENST00000581377 78 ntBASIC13.99□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 YPEL2-205ENST00000585166 881 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.99□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 ZSCAN30-208ENST00000592278 731 ntTSL 4 BASIC13.99□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 SPIB-207ENST00000597855 564 ntTSL 4 BASIC13.99□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 SNAP25-AS1-208ENST00000605592 556 ntTSL 5 BASIC13.99□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 COQ8A-202ENST00000366778 2743 ntTSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 CASK-203ENST00000378163 4411 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.99□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 RNF157-202ENST00000319945 2937 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.99□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 LYPLAL1-202ENST00000366928 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 PDIA3P1-201ENST00000471856 1510 ntBASIC13.99□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 AL139130.1-201ENST00000451362 5586 ntTSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 ADAM11-203ENST00000535346 2529 ntTSL 2 BASIC13.99□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 ANTXR1-201ENST00000303714 5859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 PLXDC2-202ENST00000377242 2822 ntTSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 DNAAF2-202ENST00000406043 2819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 MARCO-201ENST00000327097 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 SLC26A5-202ENST00000339444 2474 ntTSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 RAC2-201ENST00000249071 1482 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 KTN1-AS1-201ENST00000335142 1465 ntTSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 ADORA1-204ENST00000367236 3407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 WT1-209ENST00000530998 2421 ntTSL 2 BASIC13.99□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 MSMO1-202ENST00000393766 1789 ntTSL 2 BASIC13.99□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 LINC02199-201ENST00000506655 2702 ntBASIC13.99□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 ARHGEF40-201ENST00000298694 5919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.99□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 FAM76B-201ENST00000358780 3952 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 KRT8P22-201ENST00000562317 1415 ntBASIC13.98□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 SNAPC4-201ENST00000298532 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 TMEM140-201ENST00000275767 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 ETFA-203ENST00000557943 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 TMEM198B-203ENST00000482378 2230 ntTSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 EIF4G3-205ENST00000400422 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 PRR5-218ENST00000624862 1900 ntTSL 5 BASIC13.98□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 AC093525.8-201ENST00000624099 1342 ntBASIC13.98□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 AL162727.3-201ENST00000635661 2787 ntBASIC13.98□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 TRPC6-202ENST00000348423 2448 ntTSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 CSK-210ENST00000567571 2443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.98□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 ETFB-201ENST00000309244 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 GBGT1-202ENST00000372038 847 ntTSL 3 BASIC13.98□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 RABL2A-203ENST00000393166 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 STX1A-203ENST00000395155 783 ntTSL 2 BASIC13.98□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 LINC01759-201ENST00000412639 985 ntTSL 3 BASIC13.98□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 AC073133.1-201ENST00000426187 432 ntTSL 3 BASIC13.98□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 ACTG1P3-201ENST00000431775 1114 ntBASIC13.98□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 CTSO-201ENST00000433477 2954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 SYNPR-202ENST00000450542 1004 ntTSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 AC009720.1-201ENST00000511867 586 ntTSL 2 BASIC13.98□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 EVX1-AS-202ENST00000519050 576 ntTSL 4 BASIC13.98□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 MTUS1-215ENST00000519066 567 ntTSL 4 BASIC13.98□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 CCKBR-202ENST00000525014 792 ntTSL 4 BASIC13.98□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 FAM8A2P-201ENST00000528813 1142 ntBASIC13.98□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 AC008750.2-202ENST00000532688 729 ntTSL 3 BASIC13.98□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 AC034102.5-201ENST00000548731 540 ntTSL 4 BASIC13.98□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 LINC01595-201ENST00000555406 639 ntTSL 3 BASIC13.98□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 BX927359.1-201ENST00000556073 543 ntTSL 2 BASIC13.98□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 GSTZ1-219ENST00000557639 873 ntTSL 2 BASIC13.98□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 SPECC1-223ENST00000584527 940 ntTSL 3 BASIC13.98□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 AC011466.1-201ENST00000595201 566 ntTSL 4 BASIC13.98□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 SLC27A6-201ENST00000262462 3219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 AFG3L2-201ENST00000269143 3247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 IL34-202ENST00000429149 1779 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.98□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 RHBG-204ENST00000537040 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 C16orf71-204ENST00000590191 2564 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.98□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 LINC01979-201ENST00000576738 5271 ntTSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 UVSSA-208ENST00000511563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.98□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 BTBD3-201ENST00000254977 4686 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC13.98□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 APH1A-203ENST00000369109 1713 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 ARHGAP35-201ENST00000404338 8889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 TUBB8-201ENST00000561967 1413 ntTSL 5 BASIC13.98□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 SSBP3-205ENST00000417664 1666 ntTSL 5 BASIC13.98□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 GGT3P-204ENST00000453783 1664 ntBASIC13.98□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 KHNYN-202ENST00000553935 3359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.17
TFF3Q07654 ESR2-209ENST00000555278 1883 ntTSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.4 ms