Protein–RNA interactions for Protein: P78406

RAE1, mRNA export factor, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 368 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RAE1P78406 NDRG4-247ENST00000568640 1281 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
RAE1P78406 MIR4453-201ENST00000584019 89 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
RAE1P78406 DM1-AS-201ENST00000586251 483 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
RAE1P78406 SMIM22-203ENST00000588500 525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
RAE1P78406 HEXIM2-206ENST00000591576 1176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
RAE1P78406 SPIB-207ENST00000597855 564 ntTSL 4 BASIC15.1■□□□□ 0.01
RAE1P78406 FOXRED1-201ENST00000263578 1970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
RAE1P78406 GATA4-201ENST00000335135 3414 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
RAE1P78406 WAC-203ENST00000354911 3042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
RAE1P78406 KCNC2-207ENST00000548513 3026 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
RAE1P78406 GIT2-202ENST00000354574 5387 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
RAE1P78406 STK33-217ENST00000534493 1895 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
RAE1P78406 GOLGA6L17P-202ENST00000614358 1398 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
RAE1P78406 SLC9A2-201ENST00000233969 5410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
RAE1P78406 GCLC-213ENST00000616923 3694 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
RAE1P78406 KIAA1147-202ENST00000536163 7296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
RAE1P78406 AC010642.2-201ENST00000634676 2413 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
RAE1P78406 FLAD1-201ENST00000292180 2160 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
RAE1P78406 FUT3-209ENST00000589918 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
RAE1P78406 SGK2-206ENST00000423407 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
RAE1P78406 CDCP2-201ENST00000371330 2723 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
RAE1P78406 PABPC4-202ENST00000372857 3048 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
RAE1P78406 JPH4-202ENST00000397118 4386 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
RAE1P78406 TAOK2-202ENST00000308893 5169 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
RAE1P78406 NIPAL3-204ENST00000374399 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
RAE1P78406 TRIM17-205ENST00000456946 1731 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
RAE1P78406 ANKRD2-203ENST00000370655 1451 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
RAE1P78406 ALDH3A1-202ENST00000395555 1495 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
RAE1P78406 PCGF2-206ENST00000618941 1499 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
RAE1P78406 TMEM40-202ENST00000314124 2308 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
RAE1P78406 DMTN-204ENST00000415253 2394 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
RAE1P78406 SALL3-202ENST00000537592 6555 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
RAE1P78406 ZFAND6-201ENST00000261749 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
RAE1P78406 PDE8B-204ENST00000342343 2677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
RAE1P78406 AC138904.3-201ENST00000635780 2681 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
RAE1P78406 SMAD6-201ENST00000288840 3835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
RAE1P78406 CTRB2-201ENST00000303037 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
RAE1P78406 STOML1-203ENST00000359750 984 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
RAE1P78406 RPL30-202ENST00000396070 440 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
RAE1P78406 SCRN1-203ENST00000409570 535 ntTSL 4 BASIC15.09■□□□□ 0.01
RAE1P78406 AL109613.1-202ENST00000427243 639 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
RAE1P78406 RANGRF-203ENST00000439238 1140 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
RAE1P78406 TMEM44-AS1-203ENST00000453671 1119 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
RAE1P78406 AC026191.1-201ENST00000491930 829 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
RAE1P78406 AC069503.2-201ENST00000546333 576 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
RAE1P78406 LINC00668-203ENST00000579012 605 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
RAE1P78406 AL157832.3-201ENST00000635764 1005 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
RAE1P78406 CACNA1I-201ENST00000401624 6740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
RAE1P78406 SOX30-202ENST00000311371 2716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
RAE1P78406 DUS2-202ENST00000432752 1864 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
RAE1P78406 CRTC2-202ENST00000368630 1635 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
RAE1P78406 ICAM3-201ENST00000160262 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
RAE1P78406 TSC22D3-201ENST00000315660 2213 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
RAE1P78406 COBL-201ENST00000265136 5291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
RAE1P78406 MCF2L-232ENST00000535094 3752 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
RAE1P78406 WRAP73-202ENST00000378322 1998 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
RAE1P78406 GFOD2-203ENST00000602377 1991 ntTSL 4 BASIC15.09■□□□□ 0.01
RAE1P78406 SUFU-202ENST00000369902 5001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
RAE1P78406 CHRD-201ENST00000204604 3521 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
RAE1P78406 RTN4RL1-201ENST00000331238 3625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
RAE1P78406 NECAP2-201ENST00000337132 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
RAE1P78406 ACTL6A-203ENST00000450518 1750 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
RAE1P78406 KRT8-205ENST00000546897 1755 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0.01
RAE1P78406 SYNRG-222ENST00000614941 3406 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
RAE1P78406 RASA4B-207ENST00000541662 2794 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0.01
RAE1P78406 CDK11B-209ENST00000629312 2496 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0.01
RAE1P78406 MIEF2-203ENST00000395704 2879 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0.01
RAE1P78406 CLCNKB-204ENST00000619181 1544 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0.01
RAE1P78406 HERPUD1-201ENST00000300302 1862 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
RAE1P78406 HMGA1-204ENST00000401473 1887 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
RAE1P78406 ARHGAP39-202ENST00000377307 4673 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
RAE1P78406 ANKRD24-206ENST00000600132 4026 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
RAE1P78406 VARS2-212ENST00000542001 4064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
RAE1P78406 MRI1-202ENST00000319545 3027 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
RAE1P78406 MAST3-201ENST00000262811 5896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
RAE1P78406 LFNG-202ENST00000338732 1968 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
RAE1P78406 TMUB2-209ENST00000587989 1969 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
RAE1P78406 MSI2-206ENST00000579180 1635 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
RAE1P78406 TMEM147-AS1-203ENST00000589137 1627 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
RAE1P78406 SBNO2-202ENST00000438103 4537 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
RAE1P78406 ROPN1L-201ENST00000274134 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
RAE1P78406 CRLF2-202ENST00000381567 1013 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
RAE1P78406 AC254562.1-201ENST00000417586 456 ntBASIC15.08■□□□□ 0
RAE1P78406 AL122058.1-202ENST00000426580 252 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
RAE1P78406 AL513327.2-201ENST00000432703 490 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
RAE1P78406 USP30-AS1-201ENST00000478808 656 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
RAE1P78406 C3orf67-212ENST00000491845 832 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
RAE1P78406 NT5C3B-215ENST00000521789 993 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
RAE1P78406 COX5A-203ENST00000564811 568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
RAE1P78406 AC005759.1-201ENST00000594805 855 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
RAE1P78406 AC027612.4-201ENST00000605371 583 ntBASIC15.08■□□□□ 0
RAE1P78406 AP001059.3-201ENST00000619053 235 ntBASIC15.08■□□□□ 0
RAE1P78406 PLPPR4-202ENST00000370185 5369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
RAE1P78406 EIF4E1B-203ENST00000504597 1676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
RAE1P78406 EIF4G1-204ENST00000352767 5484 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
RAE1P78406 GLUL-201ENST00000311223 4719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
RAE1P78406 SYBU-205ENST00000422135 3226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
RAE1P78406 NFATC4-213ENST00000554591 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
RAE1P78406 ORMDL3-204ENST00000579695 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
RAE1P78406 AP3D1-201ENST00000345016 4870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.7 ms