Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 PPP2R5D-206ENST00000472118 2963 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.74□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 TBX5-203ENST00000405440 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 LRRC20-206ENST00000395011 2903 ntTSL 4 BASIC13.74□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 AC144831.1-201ENST00000573312 2656 ntBASIC13.74□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 ALOX15-205ENST00000574640 2422 ntTSL 2 BASIC13.74□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 GABRA5-202ENST00000355395 2183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.74□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 ACY3-201ENST00000255082 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 BANP-201ENST00000286122 2368 ntTSL 5 BASIC13.74□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 AP4B1-204ENST00000369569 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 CLN3-201ENST00000333496 1608 ntTSL 5 BASIC13.74□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 MED19-201ENST00000337672 1637 ntTSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 CIDEA-201ENST00000320477 828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 PPP1R27-201ENST00000330261 782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 AC008443.3-201ENST00000412295 549 ntTSL 4 BASIC13.74□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 TMEM176B-202ENST00000429904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.74□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 SPTLC1P1-201ENST00000447199 261 ntBASIC13.74□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 FKBP11-203ENST00000453172 959 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.74□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 AL161781.2-201ENST00000509911 739 ntTSL 2 BASIC13.74□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 MTUS1-215ENST00000519066 567 ntTSL 4 BASIC13.74□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 OBP2A-206ENST00000539850 914 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.74□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 LINC01220-201ENST00000558575 715 ntTSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 ZNF226-211ENST00000588742 447 ntTSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 Six3os1_5.1-201ENST00000611000 271 ntBASIC13.74□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 AL355974.2-201ENST00000614099 556 ntTSL 4 BASIC13.74□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 AL355974.2-202ENST00000617298 936 ntTSL 3 BASIC13.74□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 ZNF418-208ENST00000599852 2501 ntTSL 2 BASIC13.74□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 SP100-205ENST00000409824 1802 ntTSL 5 BASIC13.74□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 SYT12-203ENST00000525457 1678 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.74□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 SATB2-206ENST00000457245 2656 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.74□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 FOXO3-201ENST00000343882 7308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 MAP7D1-204ENST00000373151 3324 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 CDC14A-202ENST00000361544 2417 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 GPR161-202ENST00000367835 2400 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 UGT8-201ENST00000310836 4084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 TUBB8-201ENST00000561967 1413 ntTSL 5 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 APBB1-202ENST00000311051 2619 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 LTA-214ENST00000454783 1507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 EI24-214ENST00000620753 1718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 TMPO-203ENST00000343315 2465 ntTSL 5 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 MOV10L1-201ENST00000262794 3960 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 SBSN-201ENST00000452271 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 MAP4K3-201ENST00000263881 4362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 CACNA1A-238ENST00000637276 7135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 DGCR5-201ENST00000399539 862 ntBASIC13.73□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 ITPR1-AS1-201ENST00000412804 858 ntTSL 2 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 COPS6-202ENST00000418625 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 AC093459.1-202ENST00000438963 768 ntTSL 3 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 AC092691.1-201ENST00000484092 554 ntTSL 4 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 ZNF890P-202ENST00000530367 1156 ntBASIC13.73□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 BRK1-201ENST00000530758 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 FOLR3-204ENST00000611028 820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 AL033527.4-201ENST00000641026 673 ntBASIC13.73□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 MFSD1-203ENST00000415822 2423 ntTSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 RAC2-201ENST00000249071 1482 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 USP27X-201ENST00000621775 2618 ntAPPRIS P1 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 AC022188.1-201ENST00000620960 1664 ntBASIC13.73□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 HHATL-205ENST00000441594 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 FGFR1-206ENST00000397091 5702 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 SEC14L4-201ENST00000255858 2499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 ZNFX1-203ENST00000371754 5235 ntTSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 POM121C-206ENST00000607367 3690 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 RAD51C-215ENST00000583539 1319 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 IDH3G-212ENST00000619865 1339 ntTSL 5 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 AL589702.1-201ENST00000641229 1509 ntBASIC13.73□□□□□ -0.21
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CHD3Q12873 TFRC-202ENST00000392396 5032 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 TRIM27-202ENST00000377199 2967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
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CHD3Q12873 ASB7-202ENST00000343276 1694 ntTSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
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CHD3Q12873 AC012615.6-204ENST00000587741 477 ntTSL 3 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 RN7SL828P-201ENST00000607615 303 ntBASIC13.73□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 AC008738.7-201ENST00000609744 511 ntBASIC13.73□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 COQ4-205ENST00000609948 956 ntTSL 2 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 REPS2-201ENST00000303843 7771 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 ADORA1-203ENST00000367235 2219 ntTSL 2 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 GSAP-201ENST00000257626 3251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 PRMT5-203ENST00000397440 1907 ntTSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 IL1RN-202ENST00000354115 1747 ntTSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 APH1A-203ENST00000369109 1713 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 HM13-202ENST00000340852 1606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 TMC7-201ENST00000304381 3640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 PTOV1-219ENST00000601638 1413 ntTSL 5 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 PLAGL1-206ENST00000416623 3237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 LTBR-201ENST00000228918 2260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 DBET-201ENST00000630918 3363 ntBASIC13.72□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 ERICH5-201ENST00000318528 1761 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 AL138694.1-201ENST00000637731 1689 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 HELZ2-202ENST00000427522 7827 ntTSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 ZBTB33-201ENST00000326624 5211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 TPD52L2-201ENST00000217121 2362 ntTSL 2 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 CLCN6-207ENST00000376497 814 ntTSL 3 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 LINC01273-201ENST00000411453 685 ntTSL 2 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 RNF183-202ENST00000416588 849 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CHD3Q12873 LINC01160-201ENST00000441004 768 ntTSL 3 BASIC13.72□□□□□ -0.21
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