Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 MAPKAPK5-207ENST00000551404 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 AL512625.1-201ENST00000305709 2541 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 EBI3-201ENST00000221847 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 MRPL13-201ENST00000306185 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 HIST2H3D-201ENST00000331491 411 ntAPPRIS P1 BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 HSD17B10-203ENST00000375304 916 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 HIST2H3PS2-201ENST00000392948 411 ntAPPRIS P1 BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 AC097493.3-201ENST00000509725 367 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 UBE2V2-201ENST00000517630 612 ntTSL 4 BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 RFPL4AP1-201ENST00000530883 850 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 PRR29-209ENST00000582540 967 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 AL450472.2-201ENST00000603663 1156 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 TEX28P1-201ENST00000613479 1221 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 TEX28P2-201ENST00000617764 1221 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 TRIM17-205ENST00000456946 1731 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 RUNX2-201ENST00000359524 5390 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 ZFPL1-201ENST00000294258 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 MPPED1-202ENST00000417669 3657 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 AL162727.3-201ENST00000635661 2787 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 AC009053.1-201ENST00000566802 2320 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 LRP11-201ENST00000239367 3260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 HMGA1-204ENST00000401473 1887 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 IL12RB2-205ENST00000541374 3849 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 RAP2C-201ENST00000342983 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 SCRIB-202ENST00000356994 5218 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 PPFIA3-201ENST00000334186 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 MIR137HG-202ENST00000424528 2639 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 AC007495.1-201ENST00000501259 2678 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 STAC-201ENST00000273183 3227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 ZNF425-201ENST00000378061 3220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 ASXL1-212ENST00000620121 5374 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 HM13-202ENST00000340852 1606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 BDKRB2-201ENST00000539359 1600 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 C1QTNF2-201ENST00000393975 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 ACSM2A-203ENST00000417235 1835 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 CDK11B-208ENST00000629289 2490 ntTSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 RAP1GAP2-209ENST00000637138 3175 ntTSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 TMEM219-201ENST00000279396 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 RBM3-202ENST00000376755 1130 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 PNMT-202ENST00000394246 821 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 ANKRD54-202ENST00000406423 954 ntTSL 3 BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 PHKG1P2-201ENST00000457537 863 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 SNX21-206ENST00000462307 1043 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 AC027369.6-201ENST00000525520 931 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 AC008750.1-201ENST00000532473 492 ntTSL 3 BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 WDR25-203ENST00000542471 1214 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 COQ7-202ENST00000544894 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 TGIF2-C20orf24-201ENST00000558530 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 MIR4313-201ENST00000580760 101 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 AC005306.1-201ENST00000587498 661 ntTSL 3 BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 SELENOH-206ENST00000622257 1291 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 TBP-202ENST00000392092 1903 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 C14orf93-207ENST00000397382 1986 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 CERNA1-202ENST00000560518 1972 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 PLXNB3-201ENST00000361971 6146 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 NUS1-201ENST00000368494 4676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 ASTN2-202ENST00000313400 4747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 ISLR-201ENST00000249842 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 SMCHD1-201ENST00000320876 8821 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 KDM6A-211ENST00000536777 5633 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 WDR81-204ENST00000419248 3315 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 NUTM2F-201ENST00000253262 2561 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 SATB2-206ENST00000457245 2656 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 CLEC18A-203ENST00000449317 1875 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 CTDSP2-201ENST00000398073 4795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 KLF11-201ENST00000305883 4030 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 PLXND1-201ENST00000324093 7094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 SMIM25-203ENST00000425497 2010 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 ANKRD20A5P-207ENST00000581935 2089 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 FLII-221ENST00000578558 2377 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 TMEM120A-203ENST00000439537 1161 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 AL139349.1-201ENST00000530479 577 ntTSL 4 BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 SUOX-214ENST00000551841 906 ntTSL 3 BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 HNRNPUP1-201ENST00000554987 333 ntBASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 CCDC85C-204ENST00000555822 930 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 AC116003.1-201ENST00000578340 536 ntTSL 3 BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 AC104985.1-201ENST00000587528 507 ntTSL 3 BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 AL390955.2-201ENST00000603032 514 ntBASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 SWI5-206ENST00000608796 906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 ATP6V0E2-201ENST00000421974 2605 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 AC141586.1-201ENST00000399702 2748 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 BCL2L2-PABPN1-203ENST00000557008 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 CACFD1-202ENST00000316948 2794 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 RIMS3-201ENST00000372683 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 PPP1R18-206ENST00000615892 1448 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 C12orf42-201ENST00000378113 1513 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 FBLIM1-206ENST00000441801 1543 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 KMT5A-202ENST00000402868 3140 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 IDH3G-203ENST00000370093 1662 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 NFIC-202ENST00000395111 1755 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 VILL-207ENST00000465644 1857 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 SHMT2-232ENST00000557487 1918 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 SYT6-201ENST00000369547 4369 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 SLC3A2-204ENST00000377891 2222 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 PI4KAP1-201ENST00000610959 2425 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 GFOD1-206ENST00000612338 2481 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 SYBU-231ENST00000533065 2645 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 ZNF382-202ENST00000423582 2657 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 ARHGEF40-201ENST00000298694 5919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 SPAG7-201ENST00000206020 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.3 ms