Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 EVPL-202ENST00000586740 6223 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 PPIF-201ENST00000225174 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 BPIFB4-201ENST00000375483 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 C12orf73-207ENST00000549478 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 CNNM3-201ENST00000305510 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 MAP4K4-202ENST00000324219 7526 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 MOGS-205ENST00000452063 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 MAPKAPK3-208ENST00000621469 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 LARP4-219ENST00000614335 1949 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 APMAP-201ENST00000217456 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 C19orf54-203ENST00000470681 2521 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 TRIM8-201ENST00000302424 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 CACNG5-201ENST00000307139 926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 MB-205ENST00000406324 582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 AL445430.1-201ENST00000419796 699 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 TMEM243-202ENST00000423734 601 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 TMEM107-203ENST00000431792 455 ntTSL 3 BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 FGF13-204ENST00000436198 1165 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 LINC00642-202ENST00000442515 670 ntTSL 3 BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 AL161719.1-201ENST00000442716 385 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 TMEM198B-204ENST00000484016 896 ntBASIC17.47■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 FHIT-208ENST00000492590 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 CYB561A3-219ENST00000544118 1136 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 AC106738.2-201ENST00000559802 557 ntTSL 4 BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 LRRC37A6P-204ENST00000575554 573 ntTSL 3 BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 AC128714.1-201ENST00000637035 887 ntBASIC17.47■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 ALDH1A3-201ENST00000329841 3924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 DMTN-209ENST00000517600 1569 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 FGFR1-206ENST00000397091 5702 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 ZBTB32-201ENST00000262630 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 ARID3A-201ENST00000263620 5941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 SLC22A16-202ENST00000368919 1987 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 OBSL1-201ENST00000289656 2274 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 ZYG11A-203ENST00000612017 3682 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 OR6D1P-202ENST00000641007 5290 ntBASIC17.47■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 EPN2-203ENST00000395618 2216 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 AC005498.3-201ENST00000596587 2045 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 VEPH1-218ENST00000494677 1714 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 C1orf43-201ENST00000350592 1610 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 TRIM13-201ENST00000356017 1637 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 ELP6-201ENST00000296149 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 FZD10-201ENST00000229030 3281 ntAPPRIS P1 BASIC17.46■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 ADCY9-201ENST00000294016 7725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 GIT1-203ENST00000394869 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 KRT86-201ENST00000293525 2091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 ADGRG2-208ENST00000379873 4698 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 C2orf48-201ENST00000381786 1897 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 AP005717.1-201ENST00000500705 1899 ntTSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 PPEF2-207ENST00000621010 1797 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 MXRA8-209ENST00000477278 2728 ntTSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 METTL21A-203ENST00000411432 4805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 KATNA1-201ENST00000335643 1564 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 HSFX2-201ENST00000598963 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 MRPL34-201ENST00000252602 968 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 TSPO-201ENST00000329563 955 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.46■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 AC091046.1-201ENST00000331871 207 ntBASIC17.46■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 RAB1A-201ENST00000398529 1198 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 AC136604.1-201ENST00000418535 575 ntBASIC17.46■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 AL451065.1-201ENST00000428958 238 ntTSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 LINC01762-204ENST00000434879 436 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 AL691459.1-201ENST00000438589 407 ntTSL 3 BASIC17.46■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 SSTR5-AS1-201ENST00000565992 575 ntTSL 4 BASIC17.46■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 CYGB-203ENST00000589145 788 ntTSL 3 BASIC17.46■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 RBCK1-215ENST00000640614 2599 ntTSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 CELF4-221ENST00000601019 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 NPY4R-202ENST00000612632 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 NPY4R2-202ENST00000613306 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 TNIP1-211ENST00000521591 2274 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 AADAT-208ENST00000515480 2193 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 SHOX2-202ENST00000425436 1513 ntTSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 FBXO8-202ENST00000503293 1546 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 TYRO3-201ENST00000263798 8207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 ANXA8L1-208ENST00000622769 1861 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 AC105020.1-201ENST00000435356 2205 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 KCNA7-201ENST00000221444 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 SPSB4-201ENST00000310546 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 RBBP7-204ENST00000404022 1904 ntTSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 SKIDA1-202ENST00000449193 6598 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 OPRD1-201ENST00000234961 9345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 LCORL-203ENST00000382226 5009 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 AL645608.8-201ENST00000606034 2086 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 ERLEC1-201ENST00000185150 2433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 TMEM256-201ENST00000302422 486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 CSNK2B-201ENST00000375865 908 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 MIR1202-201ENST00000408529 83 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 KRTAP19-9P-201ENST00000421795 191 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 IMP3P2-201ENST00000489760 475 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 AC012640.1-201ENST00000509915 688 ntTSL 3 BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 AC007861.2-201ENST00000573819 571 ntTSL 4 BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 TSPO-206ENST00000583777 636 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 FBXL12-212ENST00000592067 879 ntTSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 GRIA3-205ENST00000611689 936 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 AP005019.2-201ENST00000615104 511 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 AC145423.3-201ENST00000615987 467 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 AC006453.4-201ENST00000636949 1252 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 C8orf33-201ENST00000331434 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 VASH1-201ENST00000167106 5728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 CDPF1-204ENST00000404744 1541 ntTSL 3 BASIC17.45■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 AL121723.1-201ENST00000445194 1519 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
COL6A1P12109 ING5-201ENST00000313552 5196 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 73.6 ms