Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 CCDC28A-201ENST00000332797 1496 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 BTBD7P1-201ENST00000447253 1453 ntBASIC20.01■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 MEX3C-204ENST00000616921 3269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 NDUFS8-201ENST00000313468 791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 MRGPRF-202ENST00000320913 705 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 PKIG-202ENST00000372886 1180 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 LINC01273-201ENST00000411453 685 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 RASL12-203ENST00000434605 982 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 APOA1-AS-201ENST00000444200 563 ntTSL 4 BASIC20.01■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 ELP6-209ENST00000446787 894 ntTSL 3 BASIC20.01■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 SLC25A30-AS1-201ENST00000506633 701 ntTSL 3 BASIC20.01■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 AC008406.2-201ENST00000507058 532 ntTSL 3 BASIC20.01■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 DOC2GP-202ENST00000514950 1163 ntBASIC20.01■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 SDHAP3-202ENST00000515467 728 ntBASIC20.01■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 AP005018.1-201ENST00000525475 301 ntBASIC20.01■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 RAB1B-202ENST00000527397 991 ntTSL 3 BASIC20.01■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 ZNF890P-202ENST00000530367 1156 ntBASIC20.01■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 RBM7-207ENST00000544582 692 ntTSL 3 BASIC20.01■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 SPIB-207ENST00000597855 564 ntTSL 4 BASIC20.01■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 ARHGEF25-208ENST00000616622 2103 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 AC004461.2-201ENST00000629517 803 ntBASIC20.01■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 PIGP-207ENST00000464265 3437 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 SPDYE2B-203ENST00000507450 1742 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 SPDYE2-203ENST00000507918 1742 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 SYTL2-215ENST00000527523 3049 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 FKBP6-202ENST00000413573 1507 ntTSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 RASGRF1-203ENST00000558480 6237 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 HS6ST2-204ENST00000521489 2607 ntTSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 AC002310.1-201ENST00000457283 1445 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 CCNY-202ENST00000339497 4630 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 MON2-201ENST00000393629 5612 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 MYEOV-203ENST00000535407 2306 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 GATA6-201ENST00000269216 3770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 AC110813.1-201ENST00000507934 2209 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 PGR-209ENST00000617858 2816 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 TAGLN3-202ENST00000393917 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 OTUB1-202ENST00000422031 2297 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 H6PD-201ENST00000377403 9146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 ADAM6-201ENST00000606026 1843 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 OXCT1-AS1-201ENST00000508458 1731 ntTSL 3 BASIC20■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 CYP4F3-202ENST00000585846 2056 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 KRTAP6-3-201ENST00000391624 636 ntAPPRIS P1 BASIC20■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 OSM-203ENST00000403463 464 ntTSL 3 BASIC20■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 AC005034.1-201ENST00000426657 489 ntBASIC20■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 AL033519.3-201ENST00000450618 595 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 FXR1-221ENST00000491674 365 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 FAM92A-214ENST00000522324 1072 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 AP002008.1-201ENST00000530283 1155 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 FAM212B-207ENST00000534365 1217 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 IL12RB2-205ENST00000541374 3849 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 AC243562.2-201ENST00000561247 970 ntBASIC20■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 NUBP2-208ENST00000565987 1049 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 CECR7-204ENST00000609932 568 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 FOLR3-204ENST00000611028 820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 MIR155HG-201ENST00000456917 1600 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 CD276-213ENST00000561213 2690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 MMP2-201ENST00000219070 3741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 SP100-204ENST00000409341 1898 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 TNFSF8-203ENST00000618336 1523 ntTSL 3 BASIC20■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 CHSY3-201ENST00000305031 3850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 ADAMTS1-201ENST00000284984 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 PPP1R26-205ENST00000605286 4744 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 UBXN11-205ENST00000374221 1792 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 EIF2B4-212ENST00000622434 1771 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 NR2E3-204ENST00000621736 2032 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 AC006449.6-201ENST00000612330 2296 ntBASIC20■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 PLXNC1-201ENST00000258526 7346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 SNRPN-201ENST00000346403 1304 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 ZDHHC13-202ENST00000446113 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 MGME1-203ENST00000377710 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 CCT6A-201ENST00000275603 2719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 PDE1C-201ENST00000321453 2898 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 KHNYN-202ENST00000553935 3359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 SLC29A1-203ENST00000371724 2275 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 GLS2-216ENST00000610413 2296 ntTSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 PCTP-201ENST00000268896 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 IDH3G-204ENST00000427365 1526 ntTSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 AC012414.7-201ENST00000621235 1507 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 CMA1-201ENST00000206446 633 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 H1FOO-201ENST00000324382 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 ZSCAN2-203ENST00000334141 993 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 AC245100.5-201ENST00000452108 331 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 RPL10P19-202ENST00000520582 722 ntTSL 3 BASIC19.99■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 AC012645.4-201ENST00000610691 1061 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 Metazoa_SRP.112-201ENST00000613101 279 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 LILRA2-208ENST00000629481 661 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 ABHD10-201ENST00000273359 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 CTDSP2-201ENST00000398073 4795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 BORCS8-MEF2B-203ENST00000514819 1406 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 STAC3-206ENST00000554578 1580 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 DDOST-206ENST00000602624 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 BMP2K-201ENST00000335016 3804 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 HPN-201ENST00000262626 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 CLIC5-202ENST00000339561 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 LINC01301-205ENST00000531654 1347 ntTSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 ADRA1A-204ENST00000380573 2548 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 PFDN4-201ENST00000371419 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 ALDOA-226ENST00000569798 1499 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 CALU-205ENST00000535011 3210 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
CHMP3Q9Y3E7 DLX4-201ENST00000240306 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.3 ms