Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 TAF15-205ENST00000603777 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 PIEZO1-201ENST00000301015 8072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 ZC3H7B-201ENST00000352645 5909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 DDHD1-202ENST00000357758 5603 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 MON2-213ENST00000552738 5543 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 PCDHA3-201ENST00000522353 5260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 ATP6V0A1-204ENST00000537728 2774 ntTSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 SPRY1-207ENST00000610581 2608 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.87■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 FOXH1-201ENST00000377317 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 DMTN-204ENST00000415253 2394 ntTSL 5 BASIC18.86■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 AL162457.1-201ENST00000317652 2000 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00996-201ENST00000477392 2043 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 TCTN1-202ENST00000397655 1879 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 C6orf223-201ENST00000336600 3581 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 SNRPD3-201ENST00000215829 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 PLCB1-201ENST00000338037 7092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 IRF3-217ENST00000597198 1741 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 GATA4-201ENST00000335135 3414 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.86■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 TK2-201ENST00000299697 5114 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 KRT27-201ENST00000301656 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 ABHD11-201ENST00000222800 1483 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 MBD1-222ENST00000590208 2913 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 LRRC47-201ENST00000378251 4310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 AC138035.3-201ENST00000622706 2791 ntBASIC18.86■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 BUB3-201ENST00000368858 1361 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 CNOT8-202ENST00000403027 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 TCEAL2-201ENST00000329035 1080 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.86■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 NDUFA4L2-201ENST00000393825 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 AL158071.2-201ENST00000423380 815 ntTSL 3 BASIC18.86■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 AC091729.1-201ENST00000449721 869 ntTSL 3 BASIC18.86■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 NMU-202ENST00000505262 693 ntTSL 3 BASIC18.86■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 KRT8P48-201ENST00000515599 1220 ntBASIC18.86■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM41B-203ENST00000527813 803 ntTSL 5 BASIC18.86■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 NDUFAB1-205ENST00000570319 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF773-202ENST00000593916 548 ntTSL 3 BASIC18.86■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 AC004832.1-201ENST00000610936 1005 ntTSL 5 BASIC18.86■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 AC026120.1-201ENST00000611536 926 ntBASIC18.86■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 LILRA2-208ENST00000629481 661 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 ABCB7-201ENST00000253577 2377 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 PAQR6-204ENST00000356983 2143 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 GLB1L2-201ENST00000339772 3152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.86■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 ARHGEF28-201ENST00000296794 5246 ntTSL 5 BASIC18.86■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 MIEF2-203ENST00000395704 2879 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 DUS2-202ENST00000432752 1864 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 KRT82-201ENST00000257974 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 MAGEA8-201ENST00000286482 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 GPX3-210ENST00000622181 1757 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.86■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 LRRFIP1-201ENST00000244815 4370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 DGKZ-205ENST00000456247 3482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 TNIP1-217ENST00000523200 1743 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 AC023024.1-201ENST00000558838 2590 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 CBARP-204ENST00000590083 4261 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 TOR4A-201ENST00000357503 4148 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 PSMD5-203ENST00000373904 1538 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 DYNC1LI2-203ENST00000443351 1502 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 AC087289.2-201ENST00000587267 1419 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 PTOV1-219ENST00000601638 1413 ntTSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 KLK5-203ENST00000593428 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 YAP1-211ENST00000629586 1365 ntTSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 SLC5A7-202ENST00000409059 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 MLPH-203ENST00000409373 2031 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 TEAD3-204ENST00000639578 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 TSNARE1-201ENST00000307180 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 CCNL1-201ENST00000295925 549 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 PRSS55-201ENST00000328655 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 MCCD1P2-201ENST00000423228 335 ntBASIC18.85■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 AC006042.2-201ENST00000428660 568 ntTSL 4 BASIC18.85■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 SPDYE11-202ENST00000450699 704 ntBASIC18.85■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 AC139887.2-202ENST00000507446 534 ntTSL 4 BASIC18.85■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 RNF34-208ENST00000555076 593 ntTSL 3 BASIC18.85■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 COQ9-214ENST00000567933 882 ntTSL 3 BASIC18.85■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 SPDYE9P-201ENST00000570642 692 ntBASIC18.85■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 CROCCP3-203ENST00000589964 255 ntTSL 3 BASIC18.85■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 SPDYE10P-202ENST00000612005 668 ntBASIC18.85■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 SPDYE8P-202ENST00000612377 668 ntBASIC18.85■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 CITED2-204ENST00000618718 901 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 STEAP3-202ENST00000393107 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 DUOX1-202ENST00000389037 5483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 AC023824.1-201ENST00000562945 2975 ntBASIC18.85■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 AFTPH-201ENST00000238855 4113 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 MGME1-203ENST00000377710 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 M6PR-202ENST00000536844 2305 ntTSL 3 BASIC18.85■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 HSP90B1-201ENST00000299767 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM143-203ENST00000435956 2272 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 AC009090.5-201ENST00000624886 2285 ntBASIC18.85■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 MGEA5-203ENST00000370094 3314 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 CDCP2-201ENST00000371330 2723 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 KIAA0391-202ENST00000321130 1589 ntTSL 3 BASIC18.85■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 ZXDA-201ENST00000358697 4113 ntAPPRIS P1 BASIC18.85■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 NF2-202ENST00000338641 6025 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 PAXBP1-202ENST00000331923 3995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 EPB41L4A-AS1-201ENST00000413221 2969 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 NUP88-207ENST00000573584 2916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 MPL-202ENST00000413998 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 MYLK2-201ENST00000375985 2787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 CNN1-210ENST00000592923 1848 ntTSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 SELENOF-208ENST00000616787 1835 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 PRKAG3-206ENST00000529249 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 FAM215B-201ENST00000458392 2183 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
LIMCH1Q9UPQ0 KIAA0319L-201ENST00000325722 4789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 76.7 ms