Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 SAMD4A-208ENST00000555192 1337 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 CNTNAP3B-201ENST00000276974 3240 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 PRAG1-202ENST00000622241 4639 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 FGFR4-203ENST00000393648 2733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 CHAT-201ENST00000337653 2458 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 FADS1-216ENST00000542506 1725 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 EWSAT1-206ENST00000558922 1725 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 ABCF3-203ENST00000429586 2624 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 VEGFA-205ENST00000372067 3535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 FDPS-201ENST00000356657 1478 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 SCAF8-201ENST00000367178 5057 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 CLDN15-202ENST00000401528 2131 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 GAL3ST1-203ENST00000402321 1908 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 PRDM5-203ENST00000428209 2338 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 TTC13-202ENST00000366662 3112 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 RDH10-201ENST00000240285 3949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 NUDT1-205ENST00000397048 783 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 MDM2-215ENST00000428863 1037 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 ACTG1P3-201ENST00000431775 1114 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 HIST3H2BA-201ENST00000436555 524 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 AL355994.3-201ENST00000437156 466 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 BCRP2-202ENST00000447763 634 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 AC093904.1-201ENST00000474561 455 ntTSL 3 BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 BCRP6-201ENST00000510112 632 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 BCRP7-201ENST00000511549 544 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 RNA5SP412-201ENST00000516234 123 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 CCKBR-202ENST00000525014 792 ntTSL 4 BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 ACRV1-202ENST00000527795 782 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 AURKB-202ENST00000534871 1167 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 GNAL-204ENST00000535121 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 IGHV3OR16-13-201ENST00000562905 353 ntAPPRIS P1 BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 CMTM3-212ENST00000566121 572 ntTSL 3 BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 TBC1D16-205ENST00000572862 1141 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 AC011489.1-202ENST00000586556 618 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 AC005746.1-201ENST00000589244 672 ntTSL 3 BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 C11orf53-203ENST00000637637 1049 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 CNTNAP3-205ENST00000377659 2649 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 MAEA-202ENST00000303400 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 GRB7-201ENST00000309156 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 RUNX1-201ENST00000300305 6222 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 MANSC1-202ENST00000535902 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 STAT3-201ENST00000264657 5047 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 ETV4-211ENST00000591713 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 CDC25B-204ENST00000379598 2990 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 MDGA1-203ENST00000434837 10736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 IGHA1-202ENST00000641837 1310 ntAPPRIS P5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 CD300LG-206ENST00000588884 1459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 INPP5J-213ENST00000620191 2306 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 CD244-203ENST00000368034 2463 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 SPIDR-227ENST00000541342 3311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 LGALS12-205ENST00000425950 1789 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 RAB35-201ENST00000229340 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 ZBP1-202ENST00000395822 2073 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 NHEG1-202ENST00000432330 1357 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 QRFP-202ENST00000623824 1658 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.66■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 C1orf115-201ENST00000294889 3413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 ASPH-211ENST00000518068 2744 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 FAM184B-201ENST00000265018 6622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 RNLS-201ENST00000331772 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 PODNL1-202ENST00000339560 2165 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 MUTYH-201ENST00000354383 1744 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 MGST3-203ENST00000367885 680 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 PLAC9-201ENST00000372263 785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 TSPAN32-204ENST00000381121 999 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 ARL13B-203ENST00000394222 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 SPEG-202ENST00000396686 1086 ntTSL 3 BASIC16.66■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 SMAGP-202ENST00000398453 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 SELENOM-202ENST00000402395 1054 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 P3H2-AS1-201ENST00000412203 730 ntTSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 FAM21FP-201ENST00000426241 1131 ntBASIC16.66■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 HIST2H2BA-202ENST00000430394 752 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 KCNQ1-AS1-201ENST00000440887 1084 ntTSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 AL391256.1-201ENST00000443260 1855 ntBASIC16.66■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 TPI1-206ENST00000488464 791 ntTSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 AC108725.1-201ENST00000495472 409 ntBASIC16.66■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 SLC30A5-203ENST00000502979 681 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 TLE3-205ENST00000539550 2464 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 LINC01595-201ENST00000555406 639 ntTSL 3 BASIC16.66■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 BNIP2-212ENST00000607373 1851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 OR2T27-203ENST00000641652 1285 ntAPPRIS P1 BASIC16.66■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 JMY-201ENST00000396137 9042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 ZNF786-201ENST00000316286 3144 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 THEM4-201ENST00000368814 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 ASIC3-203ENST00000357922 2232 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 AL512625.3-203ENST00000445604 1602 ntTSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 SLAIN2-201ENST00000264313 6299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 PRPS2-203ENST00000398491 1348 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 PNO1-201ENST00000263657 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 ACOX3-203ENST00000503233 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 PDE4DIP-230ENST00000530472 1690 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 DKFZP434K028-202ENST00000536405 2466 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 NELFA-216ENST00000542778 2465 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 HNF1A-216ENST00000617366 2473 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 STOX1-204ENST00000399169 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 PTHLH-209ENST00000545234 1544 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 FAM172A-204ENST00000505869 1387 ntTSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 PPM1D-201ENST00000305921 4778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 MPP1-202ENST00000369534 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 GPS1-208ENST00000578552 1874 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
LIMD1Q9UGP4 HEYL-201ENST00000372852 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.7 ms