Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 DNAJB6-209ENST00000443280 1159 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 AL121753.1-201ENST00000444717 529 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 ST7-OT4-203ENST00000466018 894 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 ZIC4-214ENST00000491672 925 ntTSL 4 BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 AC067863.1-201ENST00000494933 530 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 AC020659.2-201ENST00000510176 585 ntTSL 4 BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 AC069120.2-201ENST00000524091 540 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 AC140878.1-201ENST00000565277 250 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 AC138207.8-201ENST00000579692 739 ntTSL 3 BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 LINC01775-201ENST00000587826 371 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 AC093512.1-201ENST00000617969 520 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 SLC34A1-204ENST00000512593 1912 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 HYMAI-201ENST00000635591 3347 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 SNRPD3-201ENST00000215829 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 ASAH1-240ENST00000636997 1774 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 TMTC2-203ENST00000548305 2682 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 FAM151A-201ENST00000302250 2005 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 C1orf43-202ENST00000362076 1551 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 KRT8P12-202ENST00000472924 1397 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 FO538757.1-201ENST00000623083 1397 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 WARS-232ENST00000556645 2508 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 CLPTM1-203ENST00000546079 2342 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 NFATC4-208ENST00000553708 5367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 GMPPB-201ENST00000308375 3217 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 S100A14-204ENST00000368702 1218 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 LINC01121-201ENST00000378479 1095 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 AC124057.1-201ENST00000433035 404 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 IQCF3-201ENST00000437810 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 S100A14-206ENST00000476873 1025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 C3orf67-212ENST00000491845 832 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 TMEM120B-206ENST00000540377 962 ntTSL 3 BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 AC090607.3-202ENST00000558971 383 ntTSL 3 BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 FSTL3-202ENST00000588773 746 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 SPIB-207ENST00000597855 564 ntTSL 4 BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 UGDH-202ENST00000501493 2826 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 KIAA1147-202ENST00000536163 7296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 EXD3-203ENST00000465160 1585 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 ETV2-204ENST00000403402 1335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 AL139130.1-201ENST00000451362 5586 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 FGD4-212ENST00000534526 2977 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 CRLF2-203ENST00000400841 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 FAM218A-201ENST00000513876 2175 ntAPPRIS P1 BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 AC005064.1-201ENST00000422488 2725 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 ARID1A-205ENST00000457599 6268 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 AKAP9-205ENST00000394564 1356 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 ACP2-201ENST00000256997 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 MTHFD1L-203ENST00000367321 3604 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 RAB5C-201ENST00000346213 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 PRMT1-217ENST00000532489 1686 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 GRAMD4P3-201ENST00000621665 1669 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 ANKK1-201ENST00000303941 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 AXIN2-202ENST00000375702 2541 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 FRS2-206ENST00000549921 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 JRK-211ENST00000615982 2823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 SMARCA4-201ENST00000344626 5392 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 OXCT1-AS1-201ENST00000508458 1731 ntTSL 3 BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 DNM1-208ENST00000486160 3181 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 HLA-DQB2-231ENST00000435145 2026 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 TAF15-205ENST00000603777 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 PRKD2-214ENST00000600194 2923 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 SLC3A2-208ENST00000536981 1486 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 ABHD3-201ENST00000289119 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 NDRG2-209ENST00000397853 2079 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 ZBTB9-201ENST00000395064 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 EIF4G1-204ENST00000352767 5484 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 MFSD4A-207ENST00000536357 1841 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 RBFOX3-212ENST00000584778 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 CICP13-201ENST00000422015 2789 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 PAM16-201ENST00000318059 587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 MIR943-201ENST00000401286 94 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 ARHGAP11B-201ENST00000428041 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 HLA-V-204ENST00000476601 1289 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 FXR1-221ENST00000491674 365 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 AL162231.3-201ENST00000556278 902 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 FAM92A-219ENST00000620645 1014 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 AC073592.8-201ENST00000624126 511 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 RGS7-203ENST00000366564 2295 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 FLJ31104-201ENST00000500093 2289 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 PPP1R3G-201ENST00000405617 4907 ntAPPRIS P1 BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 VIPR1-217ENST00000543411 2681 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 DKC1-213ENST00000620277 3079 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 SNX1-213ENST00000561026 1374 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 GLMP-213ENST00000612353 1365 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 GLMP-215ENST00000622703 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 IL11RA-202ENST00000441545 1700 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 PCDH1-203ENST00000394536 3827 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 PCBP4-205ENST00000461554 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 BRD3-201ENST00000303407 5652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 ADGRA1-AS1-201ENST00000366099 3236 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 GLS2-217ENST00000623608 2518 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 FAM215B-201ENST00000458392 2183 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 MYB-209ENST00000442647 3304 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 MBD1-202ENST00000269471 2980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 ATP6AP2-226ENST00000637526 1862 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 ABCA1-203ENST00000423487 1540 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 PDGFB-201ENST00000331163 3497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 AC026412.1-203ENST00000507841 2338 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 TMUB2-209ENST00000587989 1969 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 RFPL2-203ENST00000400237 2407 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 PCDHA1-203ENST00000504120 5263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.2 ms