Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 SHOX2-202ENST00000425436 1513 ntTSL 5 BASIC19.66■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 CALCB-202ENST00000523376 2258 ntTSL 2 BASIC19.65■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 KCNQ2-209ENST00000625514 2925 ntTSL 5 BASIC19.65■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 CYMP-AS1-201ENST00000457402 2351 ntTSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 APH1A-204ENST00000414276 1718 ntTSL 2 BASIC19.65■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 CTSD-207ENST00000636571 1790 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.65■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 SMARCC1-201ENST00000254480 6375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 AC005833.1-201ENST00000280684 4237 ntAPPRIS P1 BASIC19.65■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 RAB15-203ENST00000533601 3515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 AC006449.5-201ENST00000610658 2098 ntBASIC19.65■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 PRKN-201ENST00000338468 1276 ntTSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 MBP-203ENST00000359645 1255 ntTSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 ATP1A1-AS1-202ENST00000369492 1011 ntTSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 MPV17-203ENST00000380044 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 IFITM3-201ENST00000399808 808 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 MPV17-208ENST00000405076 603 ntTSL 5 BASIC19.65■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 SUMF2-205ENST00000413756 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.65■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 AL450998.2-201ENST00000418525 639 ntTSL 3 BASIC19.65■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 AC022137.2-201ENST00000503482 481 ntBASIC19.65■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 AL118558.1-202ENST00000557242 451 ntTSL 3 BASIC19.65■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 AC027601.2-201ENST00000571085 805 ntTSL 5 BASIC19.65■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 TBCB-211ENST00000589996 724 ntTSL 3 BASIC19.65■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 AC133552.6-201ENST00000613406 534 ntBASIC19.65■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 AC093525.8-201ENST00000624099 1342 ntBASIC19.65■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 CTSB-219ENST00000530640 1389 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.65■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 PGPEP1-201ENST00000252813 1409 ntTSL 2 BASIC19.65■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 INTS14-209ENST00000567744 2419 ntTSL 2 BASIC19.65■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 TBC1D26-206ENST00000579428 1583 ntTSL 2 BASIC19.65■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 MSI2-206ENST00000579180 1635 ntTSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 DENND5B-201ENST00000354285 3132 ntTSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 AZIN1-201ENST00000337198 4721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 LINC00487-201ENST00000382045 2131 ntTSL 2 BASIC19.64■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 LINC02447-202ENST00000501888 2146 ntBASIC19.64■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 SCRIB-201ENST00000320476 5143 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 FES-207ENST00000444422 2266 ntTSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 UQCC3-202ENST00000531323 2288 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.64■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 TAP2-202ENST00000374899 2497 ntTSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 CBSL-201ENST00000398168 2514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.74
TRIM28Q13263 FAM120AOS-201ENST00000375412 2771 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.73
TRIM28Q13263 POU4F2-201ENST00000281321 3144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.73
TRIM28Q13263 BLVRB-201ENST00000263368 873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.73
TRIM28Q13263 NAT8-201ENST00000272425 947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.73
TRIM28Q13263 THEMIS2-204ENST00000373927 1082 ntTSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.73
TRIM28Q13263 KRTAP1-4-201ENST00000377747 408 ntAPPRIS P1 BASIC19.64■□□□□ 0.73
TRIM28Q13263 DGCR6-202ENST00000413981 1039 ntTSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.73
TRIM28Q13263 KIF9-205ENST00000432493 633 ntTSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.73
TRIM28Q13263 SNHG11-212ENST00000449351 954 ntTSL 5 BASIC19.64■□□□□ 0.73
TRIM28Q13263 AP000552.1-208ENST00000452952 576 ntTSL 4 BASIC19.64■□□□□ 0.73
TRIM28Q13263 AL121845.2-201ENST00000467211 252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.64■□□□□ 0.73
TRIM28Q13263 LINC01585-201ENST00000500496 1295 ntTSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.73
TRIM28Q13263 IL32-232ENST00000552356 623 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.64■□□□□ 0.73
TRIM28Q13263 RORA-AS1-205ENST00000559824 761 ntTSL 3 BASIC19.64■□□□□ 0.73
TRIM28Q13263 IFT20-206ENST00000578122 834 ntTSL 2 BASIC19.64■□□□□ 0.73
TRIM28Q13263 IFT20-208ENST00000578985 831 ntTSL 3 BASIC19.64■□□□□ 0.73
TRIM28Q13263 ANAPC11-216ENST00000579133 563 ntTSL 3 BASIC19.64■□□□□ 0.73
TRIM28Q13263 SEMA6B-201ENST00000586582 3986 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.73
TRIM28Q13263 FBLN7-203ENST00000409450 1394 ntTSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.73
TRIM28Q13263 ZNF890P-201ENST00000422060 1352 ntTSL 2 BASIC19.64■□□□□ 0.73
TRIM28Q13263 SSC5D-201ENST00000389623 4845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.73
TRIM28Q13263 MTX3-201ENST00000509852 1655 ntTSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.73
TRIM28Q13263 ADCY3-201ENST00000260600 5050 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.73
TRIM28Q13263 BUD13-202ENST00000375445 1793 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.73
TRIM28Q13263 AMT-202ENST00000395338 1831 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.73
TRIM28Q13263 TGFB1I1-203ENST00000394863 1898 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.73
TRIM28Q13263 MINDY1-202ENST00000361738 1961 ntTSL 2 BASIC19.64■□□□□ 0.73
TRIM28Q13263 VCAN-204ENST00000502527 2087 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.73
TRIM28Q13263 NFATC1-208ENST00000586434 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.73
TRIM28Q13263 PHGDH-223ENST00000641597 2585 ntAPPRIS P1 BASIC19.64■□□□□ 0.73
TRIM28Q13263 ZNF133-204ENST00000396026 2717 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC19.64■□□□□ 0.73
TRIM28Q13263 CCNYL1-201ENST00000295414 3767 ntTSL 5 BASIC19.64■□□□□ 0.73
TRIM28Q13263 GSKIP-207ENST00000556095 3834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.64■□□□□ 0.73
TRIM28Q13263 USP25-204ENST00000400183 5341 ntTSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.73
TRIM28Q13263 ENC1-201ENST00000302351 5520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.73
TRIM28Q13263 AL662844.4-201ENST00000606367 2838 ntBASIC19.63■□□□□ 0.73
TRIM28Q13263 IL11-201ENST00000264563 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
TRIM28Q13263 RUSC1-201ENST00000292254 2163 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
TRIM28Q13263 PRKCSH-205ENST00000587327 2189 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.63■□□□□ 0.73
TRIM28Q13263 SULT1A2-204ENST00000533150 1991 ntTSL 2 BASIC19.63■□□□□ 0.73
TRIM28Q13263 TMUB2-204ENST00000538716 1953 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.63■□□□□ 0.73
TRIM28Q13263 MSTO2P-201ENST00000314835 1709 ntBASIC19.63■□□□□ 0.73
TRIM28Q13263 PSMC5-209ENST00000580864 1552 ntTSL 5 BASIC19.63■□□□□ 0.73
TRIM28Q13263 SOWAHC-201ENST00000356454 4657 ntAPPRIS P1 BASIC19.63■□□□□ 0.73
TRIM28Q13263 CADPS-201ENST00000283269 4591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
TRIM28Q13263 DHPS-201ENST00000210060 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
TRIM28Q13263 SCGN-201ENST00000334979 704 ntTSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
TRIM28Q13263 GZMB-202ENST00000382540 816 ntTSL 5 BASIC19.63■□□□□ 0.73
TRIM28Q13263 PSORS1C3-201ENST00000412143 593 ntTSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
TRIM28Q13263 ZNF589-204ENST00000440261 917 ntTSL 2 BASIC19.63■□□□□ 0.73
TRIM28Q13263 BCRP2-202ENST00000447763 634 ntBASIC19.63■□□□□ 0.73
TRIM28Q13263 BCRP6-201ENST00000510112 632 ntBASIC19.63■□□□□ 0.73
TRIM28Q13263 BCRP7-201ENST00000511549 544 ntBASIC19.63■□□□□ 0.73
TRIM28Q13263 NAALADL1-207ENST00000526799 959 ntTSL 5 BASIC19.63■□□□□ 0.73
TRIM28Q13263 GABARAPL1-217ENST00000545887 571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.63■□□□□ 0.73
TRIM28Q13263 ATF5-205ENST00000600336 682 ntTSL 2 BASIC19.63■□□□□ 0.73
TRIM28Q13263 AC107373.2-201ENST00000607735 490 ntBASIC19.63■□□□□ 0.73
TRIM28Q13263 METTL26-214ENST00000614890 801 ntTSL 3 BASIC19.63■□□□□ 0.73
TRIM28Q13263 NELFA-216ENST00000542778 2465 ntTSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
TRIM28Q13263 EWSR1-201ENST00000331029 2267 ntTSL 5 BASIC19.63■□□□□ 0.73
TRIM28Q13263 FRMD6-AS1-201ENST00000617151 2229 ntBASIC19.63■□□□□ 0.73
TRIM28Q13263 LINC01185-202ENST00000452343 1705 ntTSL 2 BASIC19.62■□□□□ 0.73
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