Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

Predictions only

Length 2,897 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 AC061992.1-201ENST00000592569 777 ntTSL 3 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 UNC5D-202ENST00000404895 3252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 TRIM11-202ENST00000366699 2511 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 VASN-201ENST00000304735 2806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 AGBL5-202ENST00000360131 3177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 CES4A-203ENST00000535696 1472 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 RASSF6-202ENST00000335049 1360 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 TLE3-205ENST00000539550 2464 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 TTC8-216ENST00000614125 2377 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 HMGN3-201ENST00000275036 831 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 HMGN3-202ENST00000344726 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 HIST3H3-201ENST00000366696 481 ntAPPRIS P1 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 IDI2-AS1-201ENST00000420381 672 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 IQCF3-203ENST00000444293 450 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 SZRD1-203ENST00000471507 892 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 RCE1-204ENST00000525356 1270 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 PRSS30P-206ENST00000641773 873 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 ZNF232-201ENST00000250076 2179 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 KCNA2-201ENST00000316361 2827 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 RAPSN-202ENST00000352508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 SEMA3B-204ENST00000433753 2755 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 GFAP-233ENST00000639277 1783 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 AC105760.2-201ENST00000418430 2341 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 PRPF39-201ENST00000355765 2868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 NSUN5-202ENST00000310326 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 GYPC-201ENST00000259254 1246 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 ERCC1-203ENST00000340192 949 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 RNU1-114P-201ENST00000365297 166 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 KLK8-204ENST00000391806 1051 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 AC243961.1-201ENST00000432559 384 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 HCST-202ENST00000437550 445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 AC245056.1-201ENST00000437631 384 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 IGHV4-4-201ENST00000455737 417 ntAPPRIS P1 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 HHIP-AS1-201ENST00000503066 897 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 SAP25-201ENST00000538735 837 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 ZNF385A-213ENST00000551771 1111 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 SELENOW-204ENST00000595615 535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 SELENOW-216ENST00000612212 875 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 ETV2-208ENST00000621247 941 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 AC011491.1-203ENST00000637688 543 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 EML3-212ENST00000494176 2901 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 EML3-216ENST00000529309 2909 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 SNHG1-213ENST00000540725 1374 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 SNRNP27-202ENST00000409116 1339 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 Z98749.3-201ENST00000400206 1770 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 ZSCAN18-208ENST00000595944 1768 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 SACS-AS1-201ENST00000443092 2234 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 KDSR-201ENST00000326575 1024 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 CCDC107-204ENST00000378409 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 AC093151.3-202ENST00000445073 709 ntTSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 PRSS30P-204ENST00000489864 650 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 NCK2-206ENST00000522586 490 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 TRAPPC2L-206ENST00000564365 1060 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 AC011498.6-201ENST00000592034 510 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 TMEM205-216ENST00000593256 792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 LINC01669-205ENST00000624561 713 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 GNE-201ENST00000377902 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 SART1-201ENST00000312397 3293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 ZFAND6-211ENST00000559157 1559 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 MEG3-206ENST00000423456 1771 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 GTPBP3-201ENST00000324894 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 MPP2-208ENST00000520305 2111 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 CRYAA-203ENST00000398133 600 ntTSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 RGS5-214ENST00000429865 754 ntTSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 RPL35A-205ENST00000448864 549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 GLYCTK-204ENST00000471180 992 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 TMEM208-207ENST00000563953 887 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 MIR3147-201ENST00000577811 66 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 PPY2P-201ENST00000582808 702 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 PPY2P-202ENST00000583761 657 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 CENPX-208ENST00000584347 799 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 EBAG9-209ENST00000614147 1179 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 AP005019.2-201ENST00000615104 511 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 FP236240.1-202ENST00000624019 601 ntTSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 LILRA2-208ENST00000629481 661 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 DOLPP1-202ENST00000372546 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 AC009292.1-201ENST00000502156 1986 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 NFIC-202ENST00000395111 1755 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 MEN1-202ENST00000315422 3148 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 LRRN4CL-201ENST00000317449 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 PACS2-202ENST00000430725 2944 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 KRT8P35-201ENST00000483942 1338 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 UCKL1-201ENST00000354216 1837 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 GABARAPL2-201ENST00000037243 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 KRT18P25-201ENST00000508931 1278 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 DACH1-203ENST00000619232 2986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 AL353726.2-201ENST00000623259 884 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 AC100757.4-201ENST00000626934 759 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 MRPS7-201ENST00000245539 1406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 LINC00599-203ENST00000519461 2922 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 BAIAP2-219ENST00000575245 2229 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 AL354989.2-201ENST00000435838 1540 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 CLEC18B-206ENST00000620745 1847 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 SLC5A10-202ENST00000395643 1982 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 PLPPR2-208ENST00000591608 2552 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 RGR-201ENST00000358110 1349 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 C1orf43-201ENST00000350592 1610 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 SQOR-208ENST00000568606 1792 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 SYCE2-201ENST00000293695 1231 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.9 ms