Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 AP000350.4-201ENST00000433835 788 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.52■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 ZMYND10-AS1-201ENST00000440013 250 ntTSL 3 BASIC17.52■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 MTX1P1-201ENST00000440904 838 ntBASIC17.52■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 AC100810.1-201ENST00000518822 978 ntTSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 TNNT1-203ENST00000536926 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.52■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 AL355102.5-201ENST00000554769 572 ntTSL 4 BASIC17.52■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 LGALS3BP-202ENST00000585407 936 ntTSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 AC138951.2-201ENST00000623455 1161 ntBASIC17.52■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 BANP-227ENST00000626016 2144 ntTSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 AC138627.1-207ENST00000641560 1006 ntBASIC17.52■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 GJB3-201ENST00000373362 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
COL6A1P12109 DHX33-202ENST00000433302 2225 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 GAPDH-201ENST00000229239 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 KLHL31-201ENST00000370905 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 TEKT4-201ENST00000295201 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 MMP9-201ENST00000372330 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 NFASC-205ENST00000403080 2462 ntTSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 IDH3G-203ENST00000370093 1662 ntTSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 IGHM-202ENST00000637539 1683 ntAPPRIS P5 BASIC17.52■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 LRRN4CL-201ENST00000317449 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 TRAF3-204ENST00000539721 1786 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 ZSCAN10-202ENST00000538082 2350 ntTSL 4 BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 ERBB2-205ENST00000578199 2526 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 FARP1-242ENST00000627049 5103 ntTSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 KBTBD11-201ENST00000320248 6710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 DMAC2-202ENST00000301183 1134 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 CGB5-201ENST00000301408 841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 PTTG1IP-201ENST00000330938 2760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 CSH2-201ENST00000336844 1173 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 UBE3B-201ENST00000340074 1448 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 CSH2-202ENST00000345366 598 ntTSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 RGS10-202ENST00000369103 804 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 PRPF38B-202ENST00000370022 1591 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 PML-206ENST00000395135 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 CAMKMT-203ENST00000403853 1114 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 ZDHHC8P1-204ENST00000433168 2309 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 AC244250.1-201ENST00000438185 451 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 AC253536.4-201ENST00000440539 267 ntBASIC17.51■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 HOMER2P2-201ENST00000451621 847 ntBASIC17.51■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 AC245100.5-201ENST00000452108 331 ntBASIC17.51■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 DUSP13-205ENST00000464872 684 ntTSL 3 BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 POU5F1P6-201ENST00000466990 990 ntBASIC17.51■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 BNIP3P1-202ENST00000550043 1585 ntBASIC17.51■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 AC012645.3-203ENST00000567153 520 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 GPX4-206ENST00000588919 803 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 TUBB6-210ENST00000590967 430 ntTSL 3 BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 AL445288.1-201ENST00000610846 654 ntTSL 4 BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 SIRT1-201ENST00000212015 4094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 RIMS4-201ENST00000372851 5203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 CCDC110-209ENST00000510617 2592 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 AC011474.1-201ENST00000582581 2582 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 ZNF500-202ENST00000545009 2440 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 SPATS2L-202ENST00000360760 2119 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 PDE3B-201ENST00000282096 6076 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 TMEM138-201ENST00000278826 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 TCP11-206ENST00000412155 1690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 CKMT2-201ENST00000254035 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 SAMD3-202ENST00000368134 2377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 SARDH-205ENST00000422262 2367 ntTSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 TDRP-201ENST00000324079 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 FADS3-207ENST00000527697 1640 ntTSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 SIGLEC7-201ENST00000305628 1469 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 LSMEM2-201ENST00000316436 1494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 DAG1-222ENST00000545947 5829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 PAX4-202ENST00000341640 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 PCSK5-201ENST00000376752 5756 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 SPDEF-201ENST00000374037 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 DMRTA2-201ENST00000404795 3137 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 CDK11A-203ENST00000357760 2446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 CDK11A-204ENST00000358779 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 CDK11A-206ENST00000378638 2429 ntTSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 CDK11A-208ENST00000404249 2449 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 FBXL22-202ENST00000534939 2443 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.5■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 NPTN-202ENST00000351217 2817 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 SMPD4-202ENST00000409031 4896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 BCAR1-201ENST00000162330 3221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 LINC00336-201ENST00000477984 2107 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 TMEM53-204ENST00000372243 1579 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 SPIDR-227ENST00000541342 3311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 RHCE-202ENST00000340849 1087 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 HIST3H3-201ENST00000366696 481 ntAPPRIS P1 BASIC17.5■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 DUSP23-202ENST00000368108 694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 PPIE-203ENST00000372830 1198 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 C9orf24-203ENST00000379126 496 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 IGHV3-21-201ENST00000390607 430 ntAPPRIS P1 BASIC17.5■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 DSCR3-204ENST00000399001 821 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 AC083949.1-201ENST00000422013 657 ntTSL 3 BASIC17.5■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 AL157902.1-202ENST00000425010 763 ntTSL 3 BASIC17.5■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 APOA2-204ENST00000464492 530 ntTSL 3 BASIC17.5■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 FADS2-212ENST00000522639 360 ntTSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 AC104241.2-201ENST00000532748 789 ntTSL 3 BASIC17.5■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 AC110285.1-205ENST00000572301 559 ntTSL 3 BASIC17.5■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 FADS2-215ENST00000574708 385 ntTSL 3 BASIC17.5■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 ANAPC11-216ENST00000579133 563 ntTSL 3 BASIC17.5■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 EEF1DP1-201ENST00000585891 896 ntBASIC17.5■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 AC008736.2-201ENST00000587554 516 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 YIF1B-215ENST00000592246 936 ntTSL 3 BASIC17.5■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 CFLAR-214ENST00000443227 1679 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 AC018735.1-201ENST00000437208 1502 ntBASIC17.5■□□□□ 0.39
COL6A1P12109 AC015818.8-201ENST00000587907 1519 ntBASIC17.5■□□□□ 0.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.9 ms