Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 AC007388.1-210ENST00000415640 458 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 YAE1D1-202ENST00000432096 968 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 SNHG11-207ENST00000434729 1058 ntTSL 4 BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 APBB2-208ENST00000504305 1274 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 EHF-205ENST00000527935 557 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 COQ4-205ENST00000609948 956 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 GRIFIN-202ENST00000614228 461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 AC073263.1-201ENST00000616370 494 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 SPDYE12P-201ENST00000618416 771 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 AQP12B-206ENST00000621682 1080 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 RPS9-207ENST00000441429 1600 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 GLIPR2-205ENST00000619700 1645 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 XRCC1-202ENST00000543982 1994 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 SYNM-201ENST00000328642 3960 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 CRY1-201ENST00000008527 3267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 TLE2-203ENST00000443826 2238 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 SLC4A3-204ENST00000373760 4134 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 LGR6-205ENST00000439764 2487 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 PPP4R3A-205ENST00000554684 4108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 SERTM1-201ENST00000315190 3207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 CNKSR1-202ENST00000374253 2538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 IGF2-204ENST00000381406 5179 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 SATB1-201ENST00000338745 7810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 MAPT-205ENST00000351559 5811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 C7orf31-201ENST00000283905 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 TPD52L2-204ENST00000351424 2302 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 TUBB4A-201ENST00000264071 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 UNC119B-201ENST00000344651 4404 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 SERPINF2-203ENST00000450523 1462 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 NFATC1-207ENST00000545796 3558 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 SLC22A16-202ENST00000368919 1987 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 NSMCE3-201ENST00000332303 4838 ntAPPRIS P1 BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 SNRK-204ENST00000454177 2961 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 CELF3-201ENST00000290583 3246 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 CD8A-201ENST00000283635 2873 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 KRT27-201ENST00000301656 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 GLS2-201ENST00000311966 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 TCTN1-202ENST00000397655 1879 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 BTNL9-201ENST00000327705 3500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 MAPKAP1-206ENST00000373511 3252 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 ZBTB17-216ENST00000537142 2511 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 IL18BP-204ENST00000393703 1788 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 SPATA21-205ENST00000540400 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 ARFGAP1-210ENST00000519273 3176 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 IMPDH1P4-201ENST00000445028 1534 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 KDM4B-211ENST00000611640 5703 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 BACE1-211ENST00000528053 4083 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 GAS2L2-201ENST00000604063 2661 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 RPS19-201ENST00000221975 500 ntTSL 3 BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 TNNC2-201ENST00000372555 710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 FAM86GP-201ENST00000448322 971 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 INS-205ENST00000512523 297 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 AL079307.3-201ENST00000556114 283 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 COMMD4-207ENST00000562789 746 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 NDRG4-247ENST00000568640 1281 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 RPS19-202ENST00000593863 526 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 AL589739.1-201ENST00000607720 493 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 NELFA-203ENST00000411638 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 SFXN1-201ENST00000321442 4231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 C2orf54-202ENST00000388934 1911 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 CBWD2-204ENST00000433343 1411 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 KRT8P37-201ENST00000451609 1420 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 FAM104A-202ENST00000405159 2865 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 GPD2-201ENST00000310454 6041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 GFOD2-203ENST00000602377 1991 ntTSL 4 BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 SLC43A1-204ENST00000528450 2358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 AC005906.2-217ENST00000639573 1711 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 CNGA3-205ENST00000436404 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 ELFN1-202ENST00000561626 3742 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS54Q9P1Q0 MITF-204ENST00000352241 4814 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 TAGLN3-202ENST00000393917 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 MLXIP-201ENST00000319080 8427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 GPR61-206ENST00000616874 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 WDR45-240ENST00000635003 1376 ntTSL 3 BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 EPN1-203ENST00000411543 2621 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 PCDHB6-202ENST00000622991 2608 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 CLCNKB-204ENST00000619181 1544 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 SLAIN2-201ENST00000264313 6299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 ADAM9-206ENST00000481513 2387 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 SLC27A6-201ENST00000262462 3219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 ALOX15B-205ENST00000573359 1809 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 HSF5-201ENST00000323777 4094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 KRT23-201ENST00000209718 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 TRIM7-201ENST00000274773 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 CDH15-201ENST00000289746 2847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 PLPPR4-202ENST00000370185 5369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 PIP5KL1-201ENST00000300432 1104 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 PDSS2-201ENST00000369031 1236 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 LY6G6C-201ENST00000375819 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 CSHL1-204ENST00000392824 823 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 GGCT-205ENST00000409436 954 ntTSL 3 BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 HLA-DRB6-201ENST00000411500 1235 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 MIPEPP3-202ENST00000424756 347 ntTSL 3 BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 MUSTN1-201ENST00000446157 721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 CD28-203ENST00000458610 705 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 NRK-203ENST00000536164 908 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 NDUFA4L2-202ENST00000554503 1177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 DUX4L27-201ENST00000554796 1261 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 KLK3-204ENST00000593997 1035 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS54Q9P1Q0 AC106028.4-201ENST00000614509 607 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.7 ms