Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

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Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 CEP164P1-201ENST00000455142 418 ntBASIC16.64■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 AC004803.1-204ENST00000543290 512 ntTSL 4 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 KLK3-207ENST00000595952 969 ntTSL 3 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 KMT5C-212ENST00000630497 2037 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 B3GALNT1-202ENST00000392779 3221 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 AP1M1-211ENST00000590756 1705 ntTSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 AC245123.1-202ENST00000612422 1719 ntTSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 TRIML1-201ENST00000332517 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 ATG10-203ENST00000458350 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 AC148477.4-201ENST00000613430 1793 ntBASIC16.64■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 URI1-202ENST00000392271 3444 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 TXNL4A-201ENST00000269601 3504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 CHRDL1-205ENST00000482160 1537 ntTSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 PLK3-201ENST00000372201 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 TMEM132A-201ENST00000005286 3480 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 CDK8-201ENST00000381527 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 PES1-202ENST00000354694 2295 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 ZNF772-202ENST00000356584 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 KCNQ1DN-201ENST00000441418 1093 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 PDCD6-202ENST00000505221 672 ntTSL 3 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 SDHD-202ENST00000525291 790 ntTSL 3 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 PSORS1C1-206ENST00000547221 655 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 MAP1LC3B2-202ENST00000556529 660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 NAT9-222ENST00000583476 583 ntTSL 3 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 AC008763.2-203ENST00000595866 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 CR589904.1-202ENST00000611154 660 ntTSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 FSD1L-206ENST00000481272 1804 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 CHRNA7-207ENST00000635884 1975 ntTSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 PKLR-201ENST00000342741 2083 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 CDKN1A-204ENST00000448526 2104 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 PPP1R15A-201ENST00000200453 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 C1orf115-201ENST00000294889 3413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 PRMT2-203ENST00000355680 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 TRA2A-212ENST00000621813 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 SUPT4H1P2-201ENST00000501248 353 ntBASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 MIR4750-201ENST00000584564 56 ntBASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 TPGS2-209ENST00000589049 1102 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 PYY-202ENST00000592796 580 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 NEDD1-213ENST00000557644 2367 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 MANSC1-201ENST00000396349 2220 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 DENND2A-201ENST00000275884 3735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 PGGT1BP2-201ENST00000398621 1028 ntBASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 RAC2-202ENST00000401529 569 ntTSL 4 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 LINC01237-201ENST00000415434 573 ntTSL 4 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 LY6E-208ENST00000520531 490 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 LCN10-206ENST00000527229 615 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 IGHV3OR16-8-201ENST00000565407 349 ntAPPRIS P1 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 AC136428.1-201ENST00000569103 349 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 WDR7-208ENST00000589935 544 ntTSL 4 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 AC011510.1-201ENST00000598541 286 ntTSL 3 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 PCDHGC3-204ENST00000617222 731 ntTSL 3 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 C7orf33-201ENST00000307003 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 LFNG-207ENST00000614382 1969 ntTSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 LRRFIP1P1-201ENST00000498774 2246 ntBASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 ACSM2A-213ENST00000575690 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 PLEKHF2-201ENST00000315367 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 ZNF74-201ENST00000357502 2788 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 NUTM2F-202ENST00000341207 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 NUTM2G-202ENST00000372322 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 TCP1-201ENST00000321394 2499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 PLA1A-201ENST00000273371 1786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 SHOX-202ENST00000381575 1351 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 C1orf43-205ENST00000368519 1163 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 FAM27C-201ENST00000377542 616 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 FAM177A1-202ENST00000382406 858 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 MYO16-AS1-201ENST00000439299 580 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 RN7SL181P-201ENST00000462921 277 ntBASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 AC011495.3-201ENST00000596472 427 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 AC073352.2-201ENST00000609385 439 ntBASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 AP001043.1-205ENST00000623098 1033 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 LRRTM1-202ENST00000409148 2126 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 TTLL3-213ENST00000430793 2097 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 LINC02370-201ENST00000428272 2009 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 TMEM138-201ENST00000278826 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 MYCN-202ENST00000638417 1693 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 PCK2-205ENST00000558096 2433 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 PHF20L1-201ENST00000220847 3297 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 RAB41-201ENST00000276066 1071 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 BATF-201ENST00000286639 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 ZDHHC4-201ENST00000335965 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 RAB41-202ENST00000374473 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 DMAC2-203ENST00000417807 1065 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 LINC02046-201ENST00000469812 378 ntTSL 3 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 SRSF10-211ENST00000484146 1089 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 CFL1-206ENST00000527344 962 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 GABARAPL1-217ENST00000545887 571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 LINC01475-201ENST00000548010 766 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 SLIRP-210ENST00000557431 725 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 DYRK1B-208ENST00000601972 772 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 AL031665.1-201ENST00000619766 572 ntTSL 4 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 PCTP-201ENST00000268896 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 RNF128-201ENST00000255499 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 ADCYAP1R1-203ENST00000409363 1889 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 BRSK2-204ENST00000526678 2091 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 BET1L-203ENST00000382762 2819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 SST-201ENST00000287641 618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 CNR1-201ENST00000362094 1252 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 MPV17-205ENST00000402310 906 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 AC097103.2-206ENST00000514729 588 ntTSL 4 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CHD9Q3L8U1 AC005262.2-201ENST00000587701 452 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
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