Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 C18orf21-208ENST00000618334 856 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 AC015819.2-201ENST00000618730 555 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 AKIRIN1-202ENST00000432648 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 SLC12A4-201ENST00000316341 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 SPAG9-202ENST00000357122 4761 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 PRPF38B-202ENST00000370022 1591 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 SLC29A1-203ENST00000371724 2275 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 CAMK2B-208ENST00000395747 1557 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 RWDD4-205ENST00000510968 1551 ntTSL 4 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 SPRED3-201ENST00000338502 4778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 AGER-206ENST00000375070 1463 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 AGER-208ENST00000438221 1493 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 Z98749.3-201ENST00000400206 1770 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 SCARB2-223ENST00000640640 4608 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 ISLR2-201ENST00000361742 4817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 MAGEA2-202ENST00000598543 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 DNM1P34-201ENST00000567292 2276 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 PPP2R2B-206ENST00000453001 2569 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 KRT27-201ENST00000301656 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 ENO3-206ENST00000519584 1322 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 AHRR-203ENST00000505113 2173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 MAPKAP1-205ENST00000373503 3045 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 SPDYE7P-201ENST00000355920 1064 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 ZNF564-202ENST00000416136 255 ntTSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 AC127070.2-201ENST00000424075 555 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 AL121601.1-201ENST00000426367 326 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 DRGX-202ENST00000434016 955 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 LIMS3-201ENST00000437679 1220 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 AL691459.1-201ENST00000438589 407 ntTSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 GLYCTK-203ENST00000461183 889 ntTSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 PGAP2-209ENST00000464261 830 ntTSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 AC025183.2-201ENST00000503386 428 ntTSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 AC022137.2-201ENST00000503482 481 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 BTNL8-205ENST00000505126 1294 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 IFITM3-202ENST00000526811 543 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 RIT1-205ENST00000539040 919 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 DYNLRB2-205ENST00000568035 409 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 AC131235.3-202ENST00000608135 362 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 AC243829.4-204ENST00000616926 1115 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 UEVLD-203ENST00000379387 1848 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 NR4A1-203ENST00000394824 2639 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 PCTP-201ENST00000268896 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 PKN3-201ENST00000291906 3375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 MAPKAPK3-201ENST00000357955 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 MIER1-205ENST00000371014 1728 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 ABCC9-203ENST00000326684 1693 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 SLC35G1-202ENST00000427197 2402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 IGLON5-201ENST00000270642 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 MEIS3-210ENST00000561096 1883 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 CCDC142-201ENST00000290418 2835 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 VSIG10L2-202ENST00000638636 2304 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 MON1B-203ENST00000545553 1814 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 MIIP-201ENST00000235332 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 SLC35F3-201ENST00000366617 2762 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 GREB1-205ENST00000389825 1315 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 CHST10-203ENST00000409701 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 EHMT1-203ENST00000460843 5137 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 N4BP3-201ENST00000274605 6080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 LINC02370-201ENST00000428272 2009 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 ZNF12-204ENST00000405858 5051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 TMEM101-201ENST00000206380 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 AJ239322.1-201ENST00000419362 2209 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 BLOC1S5-202ENST00000397457 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 HIST1H2AJ-201ENST00000333151 387 ntAPPRIS P1 BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 TREML1-201ENST00000373127 1194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 TEX30-203ENST00000376022 828 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 CCDC107-204ENST00000378409 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 PPP1R14B-202ENST00000392210 600 ntTSL 3 BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 HSPC324-201ENST00000411904 557 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 RFPL4A-201ENST00000434937 1035 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 AP002992.1-201ENST00000527519 491 ntTSL 3 BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 RPL8-205ENST00000527914 551 ntTSL 3 BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 ST8SIA2-202ENST00000539113 1089 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 AC090502.1-201ENST00000549905 748 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 AC090502.1-204ENST00000551210 469 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 C2orf69P2-201ENST00000562032 1123 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 DUX4L45-201ENST00000566406 1057 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 RN7SL560P-201ENST00000577943 264 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 LINC01515-215ENST00000608678 854 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 AC091271.1-201ENST00000611877 1162 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 IL1RN-202ENST00000354115 1747 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 GGT7-201ENST00000336431 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 RAPSN-202ENST00000352508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 RMND1-205ENST00000622845 1484 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 NIM1K-201ENST00000326035 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 DRD5P1-201ENST00000456605 1438 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 CD2BP2-203ENST00000569466 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 AIFM1-201ENST00000287295 2260 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 TRIM13-201ENST00000356017 1637 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 FUT8-213ENST00000557164 2269 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 VWA1-203ENST00000476993 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 SNRPD3-201ENST00000215829 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 TSC22D4-201ENST00000300181 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 ECHDC2-203ENST00000371522 1509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 OCLN-202ENST00000396442 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 CLPTM1L-209ENST00000507807 1740 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 CRY2-211ENST00000616080 1936 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 WWTR1-201ENST00000360632 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 EML3-212ENST00000494176 2901 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
CCDC87Q9NVE4 EML3-216ENST00000529309 2909 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57 ms