Protein–RNA interactions for Protein: Q96DZ5

CLIP3, CAP-Gly domain-containing linker protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 547 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLIP3Q96DZ5 CAMK1D-204ENST00000619168 8153 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 POP5-202ENST00000357500 801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 TCF20-203ENST00000404876 1058 ntTSL 3 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 FAM221A-202ENST00000409192 888 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 SAPCD1-209ENST00000425424 820 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 AC078942.1-201ENST00000448698 589 ntTSL 4 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 PSMB5-204ENST00000460922 729 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 PRICKLE2-AS1-203ENST00000476308 623 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 TATDN3-212ENST00000530441 492 ntTSL 3 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 AC004846.2-201ENST00000556578 777 ntTSL 3 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 NAA60-208ENST00000570819 833 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 PRODH-202ENST00000334029 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 SHOX-201ENST00000334060 1951 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 FRS2-206ENST00000549921 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 EPN2-203ENST00000395618 2216 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 DYNC1I1-212ENST00000630942 2249 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 NAP1L4-222ENST00000620138 2479 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 B4GALNT4-201ENST00000329962 3444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 MAGI1-202ENST00000402939 4389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 DEF6-201ENST00000316637 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 XRRA1-202ENST00000340360 5681 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 NIPAL4-201ENST00000311946 3274 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 DYRK1B-205ENST00000597639 1806 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 ACOT12-201ENST00000307624 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 RUNDC3B-202ENST00000338056 4099 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 PLXNB1-202ENST00000358536 7308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 PLPPR5-202ENST00000370188 4139 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 UNC13A-204ENST00000550896 5200 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 FBXO24-206ENST00000468962 1901 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 JRK-209ENST00000612905 9124 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 LEMD3-201ENST00000308330 4764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 BCL2L12-202ENST00000246785 1431 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 AC004943.2-201ENST00000563328 4842 ntTSL 3 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 TCP11L2-201ENST00000299045 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 CTNND2-214ENST00000511377 4336 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 GNS-201ENST00000258145 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 CDK2-204ENST00000553376 1725 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 PLTP-205ENST00000477313 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 ACTRT3-201ENST00000330368 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 SPATC1-201ENST00000377470 2007 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 ARHGEF10-201ENST00000349830 5590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 GPRIN1-201ENST00000303991 4211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 TVP23C-201ENST00000225576 1527 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 CALY-203ENST00000368558 825 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 SLC22A11-203ENST00000377585 2124 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 VCX3A-201ENST00000381089 995 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 COLEC11-205ENST00000402922 1134 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 TMEM37-202ENST00000409826 794 ntTSL 3 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 AL365255.1-202ENST00000413887 363 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 AL353705.2-201ENST00000428243 662 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 COMT-209ENST00000449653 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 PAEP-208ENST00000479141 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 AC097493.3-201ENST00000509725 367 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 AC106897.1-201ENST00000512874 394 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 RNA5SP410-201ENST00000516285 106 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 MZF1-202ENST00000594108 1110 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 AC020765.3-201ENST00000613051 740 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 RCAN3-211ENST00000630217 658 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 CFC1B-202ENST00000619050 1554 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 ING5-213ENST00000636051 4199 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 LARP6-201ENST00000299213 4469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 FAM189B-202ENST00000361361 3082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 AC100830.1-201ENST00000560387 1609 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 PTGES3-201ENST00000262033 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 CCT6A-202ENST00000335503 2529 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 RWDD1-202ENST00000466444 5522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 ARHGAP39-202ENST00000377307 4673 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 MTA2-204ENST00000527204 2265 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 PCBP3-204ENST00000400309 1986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 GRAMD4P3-201ENST00000621665 1669 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 PCDHA2-201ENST00000378132 2626 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 MAGEA2-208ENST00000623438 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 CCDC120-203ENST00000536628 2381 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 AC068587.6-202ENST00000641839 5619 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 F7-201ENST00000346342 2409 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 JRK-210ENST00000614134 8932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 CLN3-229ENST00000567963 1452 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 MICAL1-201ENST00000358577 3142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 POLR3E-202ENST00000359210 2469 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 UBE2I-201ENST00000325437 2832 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 DOC2GP-204ENST00000639052 2548 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 PNCK-202ENST00000370142 1525 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 CD68-201ENST00000250092 1878 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 WBP4-201ENST00000379487 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 FUT2-201ENST00000391876 1593 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 DFNA5-207ENST00000419307 2265 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 MARK3-205ENST00000429436 3371 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 PDE12-202ENST00000487257 3040 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 KCNC2-207ENST00000548513 3026 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 ARHGEF5-201ENST00000056217 5544 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 PANK4-201ENST00000378466 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 AC092171.3-201ENST00000610122 2651 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 ACSM2A-213ENST00000575690 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 DDT-201ENST00000350608 671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 CXCL12-206ENST00000395795 404 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 AL022316.1-201ENST00000428765 572 ntTSL 4 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 NAGK-205ENST00000443938 1221 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 PTPRVP-202ENST00000490575 953 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 AC098859.1-201ENST00000502915 1238 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
CLIP3Q96DZ5 AC027369.6-201ENST00000525520 931 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56 ms