Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 HDAC8-208ENST00000373583 434 ntTSL 5 BASIC13.85□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 ARSEP1-201ENST00000420443 635 ntBASIC13.85□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 CDH23-AS1-201ENST00000428918 378 ntTSL 2 BASIC13.85□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 PRAP1-201ENST00000433452 971 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 LINC00229-201ENST00000443783 500 ntTSL 2 BASIC13.85□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 LINC02055-207ENST00000524346 706 ntTSL 3 BASIC13.85□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 AP003068.1-201ENST00000528887 544 ntTSL 4 BASIC13.85□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 MPI-209ENST00000564003 1195 ntTSL 2 BASIC13.85□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 AC079336.1-201ENST00000583156 420 ntTSL 3 BASIC13.85□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 AL133215.2-201ENST00000609242 977 ntBASIC13.85□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 TEX28P1-201ENST00000613479 1221 ntBASIC13.85□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 TEX28P2-201ENST00000617764 1221 ntBASIC13.85□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 ZNF655-225ENST00000626122 705 ntTSL 5 BASIC13.85□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 SCARB2-201ENST00000264896 4792 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 ZNF131-214ENST00000509634 3340 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.85□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 PLK2-215ENST00000617412 2792 ntTSL 5 BASIC13.85□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 PNCK-202ENST00000370142 1525 ntTSL 5 BASIC13.85□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 ZNF30-202ENST00000439785 2651 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC13.85□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 NKX3-1-201ENST00000380871 3271 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 DZIP1L-204ENST00000469243 2107 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.85□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 ST3GAL5-229ENST00000638986 2331 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.85□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 PLEKHG4-205ENST00000450733 4480 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 ANXA6-211ENST00000521512 1793 ntTSL 5 BASIC13.85□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 SHANK1-202ENST00000359082 6459 ntTSL 5 BASIC13.85□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 DAG1-221ENST00000541308 5676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.85□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 TMEM52-201ENST00000310991 929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 ITGA9-AS1-201ENST00000366441 895 ntTSL 3 BASIC13.85□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 TNFRSF14-202ENST00000409119 896 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC13.85□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 SAPCD1-209ENST00000425424 820 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.85□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 RPS2P32-201ENST00000439199 892 ntBASIC13.85□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 GIMAP3P-201ENST00000495150 836 ntBASIC13.85□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 AP001107.2-202ENST00000528650 480 ntTSL 3 BASIC13.85□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 AC023824.1-201ENST00000562945 2975 ntBASIC13.85□□□□□ -0.19
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CHD3Q12873 AC004233.3-201ENST00000607794 1269 ntBASIC13.85□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 CCDC116-203ENST00000607942 1913 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.85□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 MIER1-205ENST00000371014 1728 ntTSL 2 BASIC13.85□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 B3GNT4-206ENST00000546192 2749 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.84□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 TMEM53-203ENST00000372242 1846 ntTSL 3 BASIC13.84□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 DYNC1LI1-204ENST00000432458 1827 ntTSL 2 BASIC13.84□□□□□ -0.19
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CHD3Q12873 HIST1H2AC-202ENST00000377791 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.84□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 MARCH2-208ENST00000602117 1667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.84□□□□□ -0.19
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CHD3Q12873 CA10-203ENST00000451037 3189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.84□□□□□ -0.19
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CHD3Q12873 H2BFWT-201ENST00000217926 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.84□□□□□ -0.19
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CHD3Q12873 NSUN5-202ENST00000310326 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.84□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 C1orf43-201ENST00000350592 1610 ntTSL 1 (best) BASIC13.84□□□□□ -0.19
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CHD3Q12873 BMP4-201ENST00000245451 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.84□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 MBD1-210ENST00000457839 2473 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.84□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 NFE2-201ENST00000312156 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.84□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 ASAH1-223ENST00000636171 2283 ntTSL 5 BASIC13.84□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 FLAD1-203ENST00000315144 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.84□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 OAZ2-207ENST00000560258 1744 ntTSL 5 BASIC13.84□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 AP001781.3-201ENST00000622211 2939 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.84□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 GFAP-233ENST00000639277 1783 ntTSL 5 BASIC13.83□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 PGAP3-211ENST00000619169 2094 ntTSL 2 BASIC13.83□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 ASXL1-202ENST00000375687 7031 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.83□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 H2AFY-202ENST00000312469 1859 ntTSL 5 BASIC13.83□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 DCHS2-201ENST00000339452 5064 ntTSL 1 (best) BASIC13.83□□□□□ -0.19
CHD3Q12873 LINC00659-201ENST00000412500 540 ntTSL 1 (best) BASIC13.83□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 SPCS2P4-201ENST00000436160 681 ntBASIC13.83□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 PTPA-220ENST00000436883 532 ntTSL 4 BASIC13.83□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 TMEM120A-203ENST00000439537 1161 ntTSL 1 (best) BASIC13.83□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 AL034550.1-201ENST00000442179 986 ntTSL 1 (best) BASIC13.83□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 AC108047.1-201ENST00000457407 404 ntTSL 2 BASIC13.83□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 TPT1-AS1-219ENST00000523506 574 ntTSL 4 BASIC13.83□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 BCRP3-202ENST00000621462 1021 ntTSL 3 BASIC13.83□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 DBI-212ENST00000627305 620 ntTSL 1 (best) BASIC13.83□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 C5orf30-202ENST00000510890 2933 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.83□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 AC024909.3-201ENST00000611513 2257 ntBASIC13.83□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 RTN1-209ENST00000611068 2647 ntTSL 5 BASIC13.83□□□□□ -0.2
CHD3Q12873 ABCB6-201ENST00000265316 3016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.83□□□□□ -0.2
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