Protein–RNA interactions for Protein: P31269

HOXA9, Homeobox protein Hox-A9, humanhuman

Predictions only

Length 272 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA9P31269 TMEM220-202ENST00000455996 1402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 MUL1-201ENST00000264198 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 ELL2-201ENST00000237853 6046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 ORMDL3-201ENST00000304046 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 TRPV4-207ENST00000541794 2475 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 ATP11A-AS1-201ENST00000446442 2192 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 CTNNAL1-204ENST00000374595 2522 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 MATN3-201ENST00000407540 2524 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 CNTNAP3-204ENST00000377656 4986 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 CAPZB-204ENST00000375144 1568 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 MALT1-202ENST00000348428 9368 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 PTDSS1-202ENST00000517309 5177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 CCDC40-201ENST00000269318 1970 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 RUNX1-203ENST00000358356 2720 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 FNDC5-201ENST00000373471 2732 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 GBGT1-202ENST00000372038 847 ntTSL 3 BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 OR5C1-201ENST00000373680 963 ntAPPRIS P1 BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 AL354761.2-202ENST00000430816 546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 KLF2P4-201ENST00000451959 1225 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 MTX3-202ENST00000512528 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 C8orf37-AS1-202ENST00000517655 562 ntTSL 4 BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 AC136475.2-201ENST00000526612 392 ntTSL 3 BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 TAPBPL-205ENST00000544021 772 ntTSL 3 BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 AL163974.1-201ENST00000554540 466 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 FAM192A-212ENST00000566077 1066 ntTSL 3 BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 ZNF180-204ENST00000586637 1023 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 AC247036.4-201ENST00000632099 353 ntAPPRIS P1 BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 SLC52A1-201ENST00000254853 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 CLMP-201ENST00000448775 5072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 ODF3-201ENST00000325113 1307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 SLC8B1-210ENST00000550047 2493 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 MIER1-205ENST00000371014 1728 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 LINC01185-202ENST00000452343 1705 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 TACR2-203ENST00000619173 1713 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 CDKN1A-204ENST00000448526 2104 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 SLC22A3-201ENST00000275300 3348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 FAM172A-204ENST00000505869 1387 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 CTSB-219ENST00000530640 1389 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 DUSP13-210ENST00000491677 1770 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 THOC5-202ENST00000397871 2560 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 PTPN21-208ENST00000556564 6166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 SP3-203ENST00000418194 3937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 TLE2-201ENST00000262953 2705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 F11R-202ENST00000368026 4835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 LSMEM2-201ENST00000316436 1494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 LINC01205-202ENST00000497996 1493 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 PPP1R1B-205ENST00000579000 1466 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 NEK3-206ENST00000611833 2345 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 SMC4-201ENST00000344722 5356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 SLC39A1-202ENST00000356205 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 AC226118.1-201ENST00000515213 2146 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 CPAMD8-203ENST00000443236 5992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 KLK3-202ENST00000360617 1664 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 PEA15-202ENST00000368076 2694 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 TBP-206ENST00000540980 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 C17orf100-201ENST00000542475 1756 ntAPPRIS P1 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 VAPA-201ENST00000340541 1227 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 MBP-203ENST00000359645 1255 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 ADAMTSL1-208ENST00000380570 931 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 GNB3-202ENST00000435982 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 METTL6-204ENST00000450816 1221 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 VCX3B-204ENST00000453306 868 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 BNIP3P42-201ENST00000454982 569 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 MFF-223ENST00000524634 647 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 AC068587.3-201ENST00000526613 355 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 LINC01089-209ENST00000542933 1220 ntTSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 AC004803.1-204ENST00000543290 512 ntTSL 4 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 HNRNPUP1-201ENST00000554987 333 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 DPF3-210ENST00000556509 1138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 AC120045.2-201ENST00000567334 178 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 SHBG-212ENST00000575314 1146 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 SPECC1-223ENST00000584527 940 ntTSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 ANKS3-227ENST00000592711 580 ntTSL 4 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 AC011497.1-201ENST00000596781 561 ntTSL 4 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 BNIP3P29-201ENST00000598302 571 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 AC000095.1-201ENST00000603208 874 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 AL450472.2-201ENST00000603663 1156 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 AC011447.5-201ENST00000616168 564 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 AC006449.3-201ENST00000620144 563 ntTSL 4 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 WNT11-204ENST00000621122 789 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 MFSD4A-207ENST00000536357 1841 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 NIPAL2-202ENST00000430223 4496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 SLC25A36-201ENST00000324194 1301 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 ARFIP1-202ENST00000356064 1302 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 LDLRAP1-201ENST00000374338 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 TCAF2-203ENST00000425618 2448 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 GBGT1-204ENST00000372043 1935 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 B9D1-209ENST00000477478 1353 ntTSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 AP003397.1-201ENST00000525706 1387 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 POTEE-204ENST00000613282 1926 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 POTEI-202ENST00000615053 1926 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 CRY2-211ENST00000616080 1936 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 CIART-203ENST00000369095 1433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 DLC1-203ENST00000358919 4392 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 PYCR3-201ENST00000220966 2678 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 CCT2-202ENST00000543146 2189 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 GAS2L3-201ENST00000266754 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 ATP2A3-201ENST00000309890 4826 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 REL-202ENST00000394479 2398 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
HOXA9P31269 OCLN-202ENST00000396442 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52 ms