Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 SLC12A2-208ENST00000628403 3617 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 CRMP1-202ENST00000397890 2911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 CCDC120-203ENST00000536628 2381 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 TMEM50B-210ENST00000542230 2375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 STAMBPL1-203ENST00000371926 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 HMGXB3-206ENST00000613459 5567 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 PTPN12-201ENST00000248594 3406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 PDCD1-201ENST00000334409 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 FAM178B-204ENST00000490605 2710 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 CCDC91-220ENST00000545336 2738 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 HEBP1-201ENST00000014930 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 TXNDC2-201ENST00000306084 1873 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 RANBP1-201ENST00000331821 837 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 SCGN-201ENST00000334979 704 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 CBX3-203ENST00000409747 1717 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 HARS-202ENST00000415192 1401 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 GTF2A1L-203ENST00000430487 1575 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 PDCD6-202ENST00000505221 672 ntTSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 AC104241.2-201ENST00000532748 789 ntTSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 AC106738.2-201ENST00000559802 557 ntTSL 4 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 AC110285.1-205ENST00000572301 559 ntTSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 PRCD-204ENST00000586148 630 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 AC008736.2-201ENST00000587554 516 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 PRCD-210ENST00000592014 462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 AC005523.1-201ENST00000598782 418 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 HEBP2-204ENST00000607197 10014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 ZNF804A-201ENST00000302277 4690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 INPP5J-205ENST00000404390 2215 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 PPP2R2B-203ENST00000394411 2071 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 SH3YL1-206ENST00000405430 2064 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 SERAC1-201ENST00000367101 1907 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 ALAS2-203ENST00000396198 1936 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 MFF-202ENST00000337110 1760 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 ASAH1-240ENST00000636997 1774 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 GLG1-202ENST00000422840 4748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 KLHDC3-203ENST00000332245 1494 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 TJP3-201ENST00000539908 2897 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 SMARCC2-202ENST00000347471 3839 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 PBK-201ENST00000301905 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 ADARB1-204ENST00000389863 3563 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 ZSCAN25-201ENST00000262941 1652 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 COPS3-212ENST00000539941 1699 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 SLC26A5-202ENST00000339444 2474 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 B4GALT4-216ENST00000483209 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 TEAD4-203ENST00000397122 1396 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 AL391256.1-201ENST00000443260 1855 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 BNIP2-212ENST00000607373 1851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 TMEM183A-201ENST00000367242 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 BANP-223ENST00000538234 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 ST7L-207ENST00000369669 1743 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 EHMT1-236ENST00000637161 5049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 WSCD1-208ENST00000573634 1573 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 MAP3K9-206ENST00000555993 4449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 HDAC10-222ENST00000626012 2607 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 HIST3H3-201ENST00000366696 481 ntAPPRIS P1 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 GOSR2-202ENST00000393456 788 ntTSL 3 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 AZGP1P1-201ENST00000411909 902 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 AC012506.3-201ENST00000415245 892 ntTSL 3 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 AL669970.3-201ENST00000435284 428 ntTSL 3 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 FGF13-204ENST00000436198 1165 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 AC009403.1-204ENST00000469539 597 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 MBP-227ENST00000526111 581 ntTSL 4 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 LYSMD2-204ENST00000560491 1026 ntTSL 3 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 SSTR5-AS1-201ENST00000565992 575 ntTSL 4 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 AC005695.3-201ENST00000614522 232 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 OR6D1P-203ENST00000641209 4860 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 WLS-205ENST00000370976 2332 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 SCNN1A-205ENST00000396966 2336 ntTSL 3 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 CHRNA5-201ENST00000299565 3623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 THEG-201ENST00000342640 1877 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 ESR2-209ENST00000555278 1883 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 MIEF2-204ENST00000395706 2441 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 ABHD14B-206ENST00000483233 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 AC003002.1-202ENST00000596755 1743 ntAPPRIS P1 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 MIIP-201ENST00000235332 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 UBE2D2-202ENST00000398733 2702 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 TTC24-202ENST00000368237 1969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 USP27X-AS1-201ENST00000437322 2175 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 GABRB3-202ENST00000311550 5781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 MZF1-206ENST00000599369 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 TPST2-201ENST00000338754 5697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 ING5-201ENST00000313552 5196 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 NAT8-201ENST00000272425 947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 RHCE-202ENST00000340849 1087 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 LMO4-201ENST00000370542 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 AL591846.1-201ENST00000451736 433 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 HIST2H2BC-201ENST00000498492 580 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 FANCA-204ENST00000534992 1088 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 HNRNPA1P48-202ENST00000565308 961 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 LITAF-218ENST00000576036 603 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 MIR5572-201ENST00000583188 137 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 KC6-205ENST00000599934 556 ntTSL 4 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 TUBB3-215ENST00000625617 570 ntTSL 4 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 AC128714.1-201ENST00000637035 887 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 EIF4E1B-203ENST00000504597 1676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 MRPS30-202ENST00000507110 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 STX3-201ENST00000337979 3299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 ADGRG2-208ENST00000379873 4698 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 CDH23-205ENST00000398809 4533 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC9Q9Y3X0 ACP5-202ENST00000412435 1527 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.6 ms