Protein–RNA interactions for Protein: P35548

MSX2, Homeobox protein MSX-2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 267 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX2P35548 AC107918.2-201ENST00000530817 355 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
MSX2P35548 AC087641.1-201ENST00000557561 1021 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
MSX2P35548 AC217774.2-201ENST00000580347 560 ntTSL 4 BASIC15.46■□□□□ 0.07
MSX2P35548 REXO2-220ENST00000611665 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
MSX2P35548 PHOSPHO2-206ENST00000616481 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
MSX2P35548 AL022326.1-202ENST00000641533 845 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
MSX2P35548 NBPF9-207ENST00000615421 5835 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
MSX2P35548 NDRG2-206ENST00000397844 2096 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
MSX2P35548 HOXC11-202ENST00000546378 3261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
MSX2P35548 REEP3-201ENST00000373758 5205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
MSX2P35548 GOLGA5-201ENST00000163416 2969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
MSX2P35548 SHISA9-201ENST00000423335 4043 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
MSX2P35548 AGPAT2-205ENST00000538402 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
MSX2P35548 PCTP-201ENST00000268896 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
MSX2P35548 S1PR2-201ENST00000590320 3582 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.06
MSX2P35548 SEMA5B-206ENST00000451055 4579 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.06
MSX2P35548 NEK5-204ENST00000617045 2127 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.06
MSX2P35548 RUNX1-202ENST00000344691 7274 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
MSX2P35548 FOXRED2-201ENST00000216187 3933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
MSX2P35548 RB1CC1-202ENST00000435644 6614 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
MSX2P35548 RASA3-201ENST00000334062 4191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
MSX2P35548 PAPOLA-223ENST00000557320 3264 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
MSX2P35548 TSPAN12-202ENST00000415871 1495 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.06
MSX2P35548 AL353732.1-201ENST00000569618 1459 ntBASIC15.46■□□□□ 0.06
MSX2P35548 APH1A-203ENST00000369109 1713 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
MSX2P35548 AC068580.4-201ENST00000636615 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX2P35548 RHCE-201ENST00000294413 1591 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX2P35548 KRT15-201ENST00000254043 5237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX2P35548 TJAP1-207ENST00000436109 2572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX2P35548 UBE2I-201ENST00000325437 2832 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX2P35548 KLK3-202ENST00000360617 1664 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX2P35548 JPH4-201ENST00000356300 4278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX2P35548 AMIGO2-201ENST00000266581 3763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX2P35548 AGT-201ENST00000366667 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX2P35548 AC009090.5-201ENST00000624886 2285 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX2P35548 SFRP2-201ENST00000274063 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX2P35548 TNFSF13-202ENST00000349228 2036 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX2P35548 UNC5C-202ENST00000504962 1789 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX2P35548 DDX19B-207ENST00000563206 1765 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX2P35548 E2F6-211ENST00000542100 3450 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX2P35548 C6orf15-201ENST00000259870 1140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX2P35548 PLPP2-201ENST00000269812 1228 ntTSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX2P35548 MCL1-201ENST00000307940 1110 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX2P35548 UCP2-201ENST00000310473 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX2P35548 MRPL43-203ENST00000318364 1010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX2P35548 MEOX1-202ENST00000329168 2129 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX2P35548 MRPL43-204ENST00000342071 894 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX2P35548 NMRK1-202ENST00000376808 1121 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX2P35548 MIR1224-201ENST00000408193 85 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX2P35548 AC132008.2-207ENST00000454517 770 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX2P35548 AP000867.3-201ENST00000524675 377 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX2P35548 CSRP1-214ENST00000531916 890 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX2P35548 GSTO1-207ENST00000539281 1052 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX2P35548 LINC01238-205ENST00000567549 1107 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX2P35548 AC013565.3-202ENST00000570120 460 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX2P35548 TMEM220-203ENST00000578345 559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX2P35548 IL11-204ENST00000590625 1028 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX2P35548 AC016582.2-201ENST00000591908 446 ntTSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX2P35548 TMIGD2-202ENST00000595645 1212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX2P35548 AC099336.1-202ENST00000602961 463 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX2P35548 SMIM20-205ENST00000614775 1190 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX2P35548 C1QTNF8-202ENST00000621771 897 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX2P35548 CA12-202ENST00000344366 2744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX2P35548 KCNK4-TEX40-201ENST00000539086 2733 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX2P35548 C2orf48-201ENST00000381786 1897 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX2P35548 AC016757.1-205ENST00000470346 1888 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX2P35548 NDOR1-202ENST00000371521 2497 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX2P35548 CAMKK2-203ENST00000347034 5218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX2P35548 TMEM201-202ENST00000340381 3776 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX2P35548 SPPL2B-207ENST00000610743 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX2P35548 LRP10-201ENST00000359591 6886 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX2P35548 CYLD-202ENST00000398568 3536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX2P35548 GGT1-201ENST00000248923 2326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX2P35548 CACTIN-203ENST00000429344 3612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX2P35548 ZNF324-201ENST00000196482 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX2P35548 PML-208ENST00000436891 3010 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX2P35548 IL3RA-202ENST00000381469 1476 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX2P35548 WDR1-203ENST00000382452 3142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX2P35548 TMEM51-202ENST00000376014 1843 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX2P35548 CAP2-202ENST00000378990 1812 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX2P35548 PMP22-209ENST00000612492 1822 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX2P35548 PWWP2A-201ENST00000307063 3346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX2P35548 FXN-201ENST00000377270 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX2P35548 ARIH2-205ENST00000449376 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX2P35548 CEP131-203ENST00000450824 3543 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX2P35548 PRKRA-203ENST00000432031 1344 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX2P35548 NDRG2-202ENST00000298687 2122 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX2P35548 TIFA-201ENST00000361717 4157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX2P35548 CNDP1-201ENST00000358821 2215 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX2P35548 PNPLA3-203ENST00000423180 2222 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX2P35548 BCL11A-209ENST00000489516 1508 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX2P35548 AC112693.3-201ENST00000624819 1983 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX2P35548 EIF3J-AS1-201ENST00000313807 2863 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX2P35548 MSI2-204ENST00000442934 1624 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX2P35548 TMEM41B-204ENST00000528080 3968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX2P35548 ALDH1B1-201ENST00000377698 3066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX2P35548 KCNG4-202ENST00000568181 2199 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX2P35548 RUSC1-209ENST00000471876 1749 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX2P35548 NFKBIB-202ENST00000392079 991 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
MSX2P35548 AL031133.1-201ENST00000406807 723 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 76.4 ms