Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 AC021148.1-201ENST00000513652 1532 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 AC005622.1-202ENST00000637093 1543 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 AL357673.1-201ENST00000637610 2542 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 SWAP70-202ENST00000447399 3538 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 CCDC105-201ENST00000292574 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 CPVL-202ENST00000396276 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 SETD3-202ENST00000331768 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 CNTNAP3-205ENST00000377659 2649 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 INPP5J-202ENST00000400294 2393 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 LINC00847-201ENST00000501855 1871 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 PDE4A-201ENST00000293683 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 MED19-201ENST00000337672 1637 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 CTD-2194D22.4-201ENST00000514569 1635 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 OTUB1-206ENST00000535715 1391 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 AMFR-201ENST00000290649 3600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 SLC9A7-201ENST00000328306 3838 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 DPY19L2P4-202ENST00000497063 2018 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 PIGT-207ENST00000543458 2037 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 HNF1A-212ENST00000544413 2014 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 LARP6-201ENST00000299213 4469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 AKR7L-202ENST00000429712 1313 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 BEND4-203ENST00000611697 1348 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 TMC4-209ENST00000617472 2413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 RAB40C-205ENST00000539661 2609 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 CD24-201ENST00000606017 2180 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 FAM49B-224ENST00000522941 1700 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 LINC00668-205ENST00000581571 1748 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 SUSD2-201ENST00000358321 3404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 NBL1-201ENST00000289749 731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 VHLL-201ENST00000339922 676 ntAPPRIS P1 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 PDSS2-201ENST00000369031 1236 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 C11orf88-202ENST00000375618 712 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 IDH3B-202ENST00000380851 1230 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 C2orf76-202ENST00000409466 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 LINC00229-201ENST00000443783 500 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 SERBP1P3-201ENST00000459980 809 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 MEIS3P1-201ENST00000495167 958 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 IL32-234ENST00000552936 713 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 AC010336.2-201ENST00000564226 506 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 AL096870.2-201ENST00000565988 2108 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 AC061975.2-201ENST00000581722 295 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 AC027575.2-201ENST00000585258 1295 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 AC026979.3-201ENST00000607315 403 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 AL008721.1-201ENST00000609964 604 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 AC079328.2-201ENST00000561241 3354 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 GALNT18-201ENST00000227756 2504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 AC063926.3-201ENST00000624734 5658 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 CCDC183-201ENST00000338005 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 GGT3P-204ENST00000453783 1664 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 LINC01660-203ENST00000618517 1859 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 PLEKHJ1-211ENST00000589097 2251 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 AL731569.1-201ENST00000428940 3058 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 BORCS8-MEF2B-203ENST00000514819 1406 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 CERK-201ENST00000216264 4450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 PLEKHA8P1-201ENST00000256692 1839 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 P4HA2-201ENST00000166534 2230 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 FAM69B-201ENST00000371691 2410 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 DIP2A-204ENST00000457905 3044 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 MAPT-204ENST00000344290 6816 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 JPH4-202ENST00000397118 4386 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 DOLPP1-202ENST00000372546 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 ANKRD23-203ENST00000418232 2156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 CD300LG-204ENST00000539718 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 AC139530.2-201ENST00000571730 1922 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 TRIM27-201ENST00000377194 2686 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 AARSD1-202ENST00000427569 1322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 RHNO1-209ENST00000618250 2070 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 LETM2-202ENST00000379957 1873 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 MPL-202ENST00000413998 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 GLDC-201ENST00000321612 3900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 ZSCAN18-201ENST00000240727 2779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 CD1E-212ENST00000368167 1458 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 AC138969.3-201ENST00000546612 1459 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 AC138932.2-201ENST00000548268 1459 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 AC126755.4-201ENST00000549796 1459 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 ISPD-202ENST00000407010 5524 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 TTC24-201ENST00000368236 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 TUBGCP2-203ENST00000368563 4218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 PROSER1-211ENST00000625998 5102 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 LDLRAP1-201ENST00000374338 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 ARHGAP22-205ENST00000417912 2352 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 AC132872.2-201ENST00000581303 2368 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 NDUFA2-201ENST00000252102 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 YBEY-202ENST00000339195 890 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 YBEY-203ENST00000397691 764 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 DFFBP1-201ENST00000433250 979 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 AC044860.1-202ENST00000559481 777 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 NDRG4-247ENST00000568640 1281 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 LINC00207-204ENST00000605505 666 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 DUSP13-214ENST00000607131 1019 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 PER1-201ENST00000317276 4707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 KCP-208ENST00000620378 4515 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 SPOCK2-202ENST00000373109 5445 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 RDH10-201ENST00000240285 3949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 AC011676.5-201ENST00000624864 2660 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 PHF20L1-220ENST00000622263 3375 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 MEG3-206ENST00000423456 1771 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 GFOD2-201ENST00000268797 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 COL17A1-202ENST00000369733 5488 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 NF2-208ENST00000403435 2568 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.1 ms