Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 SLC25A2-201ENST00000239451 1417 ntAPPRIS P1 BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 TXNL4A-201ENST00000269601 3504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 OR10H1-201ENST00000334920 1124 ntAPPRIS P1 BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 STMN1-201ENST00000357865 1137 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 AL022323.1-201ENST00000366110 957 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 PHF1-202ENST00000374516 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 LETM2-202ENST00000379957 1873 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 AC007731.4-201ENST00000420225 652 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 AC134915.1-201ENST00000426461 574 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 AC128709.1-201ENST00000445908 600 ntTSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 HYAL1-208ENST00000457214 1084 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 KRT18P43-201ENST00000469825 1281 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 OVOL1-AS1-202ENST00000532454 494 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 AC008011.2-201ENST00000538113 792 ntTSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 AP001453.3-201ENST00000545800 853 ntTSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 ACYP1-206ENST00000555694 565 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 ACTG1P17-201ENST00000558391 1119 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 ZFP90-203ENST00000563169 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 LINC01569-202ENST00000573042 2093 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 HNRNPD-201ENST00000313899 3033 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 CD209-207ENST00000593660 1497 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 ADAM8-205ENST00000485491 2441 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 FAM222B-211ENST00000582266 2613 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 AL121723.1-201ENST00000445194 1519 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 ACAP1-201ENST00000158762 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 FKBP1C-201ENST00000370659 1579 ntAPPRIS P1 BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 C17orf100-201ENST00000542475 1756 ntAPPRIS P1 BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 POLD4-201ENST00000312419 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 AC006003.1-201ENST00000448541 613 ntTSL 4 BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 ZNF527-203ENST00000483919 1142 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 RNA5SP423-201ENST00000517127 109 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 AKIP1-210ENST00000534147 1022 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 AC012568.1-201ENST00000558463 472 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 DBNDD1-206ENST00000568838 993 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 AC103810.3-201ENST00000583567 96 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 RPS5-209ENST00000601521 1203 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 AC131235.3-202ENST00000608135 362 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 MALAT1-213ENST00000618227 593 ntTSL 3 BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 LINC00854-216ENST00000636331 718 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 CCDC184-201ENST00000316554 2343 ntAPPRIS P1 BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 MRTO4-201ENST00000330263 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 TBC1D12-201ENST00000225235 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 CHTOP-203ENST00000368690 2165 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 ZNF623-201ENST00000458270 2733 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 BAIAP2-219ENST00000575245 2229 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 FP565260.3-204ENST00000623795 2238 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 UBE2Q2-201ENST00000267938 3130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 SLC22A6-204ENST00000458333 1521 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 HGS-201ENST00000329138 2970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 TBCEL-205ENST00000529397 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 QPCTL-201ENST00000012049 2310 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 Z98749.3-201ENST00000400206 1770 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 ELAC2-202ENST00000395962 2924 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 DENND6A-201ENST00000311128 4655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 C12orf66-204ENST00000544871 2441 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 ZBTB12BP-201ENST00000314232 1122 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 SLURP2-201ENST00000317543 599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 TREML1-201ENST00000373127 1194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 BAATP1-201ENST00000412284 1225 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 AC006033.1-201ENST00000440505 426 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 AL157834.2-201ENST00000451737 663 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 AC093433.1-201ENST00000458048 571 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 LINC01248-201ENST00000458264 468 ntTSL 3 BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 PARP8-206ENST00000503665 572 ntTSL 4 BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 AC080188.2-201ENST00000508985 552 ntTSL 4 BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 AC009720.1-201ENST00000511867 586 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 GTF2H2C-215ENST00000514162 610 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 UEVLD-212ENST00000541984 755 ntTSL 3 BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 AC004803.1-204ENST00000543290 512 ntTSL 4 BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 AIPL1-204ENST00000570466 1196 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 ZNF790-AS1-204ENST00000589556 650 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 FBXL12-211ENST00000591009 1005 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 LINC00658-206ENST00000600157 901 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 C18orf21-207ENST00000610527 1059 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 C18orf21-208ENST00000618334 856 ntTSL 3 BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 PPA1-206ENST00000625364 644 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 SFTA2-203ENST00000634371 815 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 SAMM50-201ENST00000350028 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 MYOZ1-201ENST00000359322 1541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 ODF3-201ENST00000325113 1307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 AC099850.1-201ENST00000451775 1338 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 MAP3K3-201ENST00000361357 4818 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 TAF1B-201ENST00000263663 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 PI16-201ENST00000373674 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 ZNF619-205ENST00000456778 2192 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 SP140L-204ENST00000444636 1781 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 XAF1-201ENST00000346752 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 AL607033.1-201ENST00000623900 1599 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 PLCB2-204ENST00000557821 4517 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 CASD1-201ENST00000297273 3942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 DFNA5-207ENST00000419307 2265 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 GTF2IP1-210ENST00000622829 3605 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 PIKFYVE-204ENST00000407449 1898 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 PPP1R3B-202ENST00000519699 2334 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 SKOR1-202ENST00000380035 3675 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 ANKRD40-201ENST00000285243 4184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 PSEN2-203ENST00000422240 1947 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 FGFR3-210ENST00000613647 4438 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
COL4A3Q01955 DPP9-AS1-201ENST00000381796 3071 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 67.5 ms