Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 UNC13A-206ENST00000552293 5314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 CBWD5-204ENST00000377392 2863 ntTSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 HDAC11-214ENST00000446613 2875 ntTSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 LINC01502-201ENST00000445997 2471 ntTSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 FOXP3-202ENST00000376199 2274 ntTSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 TMEM140-201ENST00000275767 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 MDFIC-201ENST00000257724 4598 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 SFRP1-201ENST00000220772 4492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 PAUPAR-201ENST00000630360 2965 ntBASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 MFF-202ENST00000337110 1760 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 ZMYND12-201ENST00000372565 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 AC132872.4-202ENST00000622924 2756 ntBASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 CICP6-201ENST00000457191 2729 ntBASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 TJP1-212ENST00000614355 6977 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 NR4A3-202ENST00000338488 2588 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 FHL2-201ENST00000322142 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 MINDY1-201ENST00000312210 2400 ntTSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 RNF183-203ENST00000441031 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 ADAMTS16-201ENST00000274181 4979 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 CYTH2-204ENST00000452733 4780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 TECR-201ENST00000215567 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 HNRNPFP1-201ENST00000391730 1133 ntBASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 AL445931.1-201ENST00000412181 2112 ntTSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 PRRT3-AS1-201ENST00000431558 614 ntTSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 AC124067.2-201ENST00000521989 510 ntTSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 AKIP1-211ENST00000534506 576 ntTSL 3 BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 NAA38-207ENST00000576861 556 ntTSL 3 BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 ALKBH7-203ENST00000599849 556 ntTSL 3 BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 ACYP2-209ENST00000607452 831 ntTSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 AC243773.2-203ENST00000612281 640 ntTSL 3 BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 AC244153.1-203ENST00000622796 419 ntTSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 Z92544.3-201ENST00000624747 417 ntBASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 PKP4-AS1-203ENST00000629904 1951 ntTSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 APP-204ENST00000357903 3543 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 HPCAL1-207ENST00000620771 1941 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 TSKU-205ENST00000612930 2666 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 TSSK2-201ENST00000399635 1816 ntAPPRIS P1 BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 HIBCH-202ENST00000392332 2463 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 ZNF84-201ENST00000327668 7162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 FAM131B-206ENST00000443739 4382 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 SUFU-202ENST00000369902 5001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 NFATC2-206ENST00000609943 5690 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 RIC8B-213ENST00000638198 1611 ntTSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 FHL2-205ENST00000393353 1531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 TIMM44-201ENST00000270538 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 CAMKV-217ENST00000620470 1485 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 PMS1-213ENST00000441310 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 MMP2-201ENST00000219070 3741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 KREMEN1-203ENST00000407188 1422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 AL691432.1-201ENST00000596308 1422 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 TRPC3-202ENST00000379645 3548 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 PRRG3-205ENST00000538575 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 DHRS4L2-205ENST00000543805 1334 ntTSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 TPPP-201ENST00000360578 6022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 ANKRD24-202ENST00000318934 3906 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 ZNF707-223ENST00000532205 2865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 FBXL5-201ENST00000341285 3385 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 RWDD3-201ENST00000263893 1078 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 SPEM1-201ENST00000323675 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 BLOC1S2-202ENST00000370372 1249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 SNRPB-201ENST00000381342 1154 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 PQLC3-202ENST00000402361 696 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 LBH-203ENST00000404397 543 ntTSL 4 BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 AL353705.2-201ENST00000428243 662 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 SNRPB-202ENST00000438552 1008 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 METTL21AP1-201ENST00000438852 635 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 IQCF3-204ENST00000446775 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 SLBP-205ENST00000488267 987 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 CCDC74BP1-201ENST00000508880 1123 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 RAB1B-202ENST00000527397 991 ntTSL 3 BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 FXYD6-209ENST00000530956 579 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 VPS29-207ENST00000549970 818 ntTSL 3 BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 RNASEK-207ENST00000552842 595 ntTSL 3 BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 AC020978.5-201ENST00000564147 533 ntTSL 4 BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 AC020558.1-201ENST00000583662 425 ntTSL 3 BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 DUSP13-203ENST00000372702 1778 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 Z98749.3-201ENST00000400206 1770 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 CCNA2-201ENST00000274026 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 SLC5A6-203ENST00000408041 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 CXCL6-201ENST00000226317 1718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 ADSL-220ENST00000636714 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 PCDHGA12-202ENST00000613314 2634 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 FUK-207ENST00000571514 3054 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 CLDN19-202ENST00000372539 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 NCAPH2-205ENST00000420993 2037 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 AP1M1-202ENST00000429941 1578 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 COQ8B-202ENST00000324464 2443 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 LOH12CR2-201ENST00000381800 1540 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 PTHLH-209ENST00000545234 1544 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 LTBR-201ENST00000228918 2260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 AC131160.1-201ENST00000639401 3058 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 GPR152-201ENST00000312457 1429 ntAPPRIS P1 BASIC18.58■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 PRSS50-201ENST00000460241 2960 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 DUOXA1-202ENST00000430224 1317 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 KRT18P28-201ENST00000453838 1332 ntBASIC18.58■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 DIRC2-201ENST00000261038 3596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
VPS54Q9P1Q0 PPP1R15A-201ENST00000200453 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 ETNK1-202ENST00000335148 1083 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 HRCT1-201ENST00000354323 950 ntAPPRIS P1 BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS54Q9P1Q0 EFNA4-202ENST00000368409 1263 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 64.6 ms