Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 USB1-201ENST00000219281 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 LAPTM4B-201ENST00000445593 3173 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 SLC27A1-201ENST00000252595 3594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 KAT7-213ENST00000510819 1769 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 HNRNPD-201ENST00000313899 3033 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 GABARAPL1-205ENST00000539170 1700 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 ACSL6-201ENST00000296869 2561 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 CCDC182-201ENST00000299415 832 ntAPPRIS P1 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 TOMM5-201ENST00000321301 751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 IFNGR1-201ENST00000367739 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 C1QC-202ENST00000374639 1183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 MAP9-202ENST00000379248 1165 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 AL353779.1-201ENST00000434793 351 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 DLX2-AS1-201ENST00000448117 950 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 AP003068.1-201ENST00000528887 544 ntTSL 4 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 AC140912.1-201ENST00000577171 1054 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 MRPS23-202ENST00000578444 580 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 AC138474.1-201ENST00000586630 523 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 AP005482.2-201ENST00000587889 310 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 CREB3L2-208ENST00000620715 1053 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 EIF6-209ENST00000621148 1054 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 AC090164.4-201ENST00000632451 313 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 NFE2-201ENST00000312156 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 ACOT7-204ENST00000377855 1614 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 SFRP2-201ENST00000274063 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 PEA15-202ENST00000368076 2694 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 TEKT2-201ENST00000207457 1509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 GOLGA2P2Y-202ENST00000423852 1506 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 NFIX-214ENST00000592199 1509 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 CDH24-204ENST00000487137 3438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 JMJD1C-202ENST00000399262 8666 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 B3GNT8-201ENST00000321702 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 BTBD7P1-201ENST00000447253 1453 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 ZMIZ2-202ENST00000309315 5144 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 DPYSL3-201ENST00000343218 5476 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 NDUFA11-205ENST00000592634 2154 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 CDH24-201ENST00000267383 2873 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 GNB4-201ENST00000232564 6434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 WDR45-201ENST00000322995 1444 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 TOM1L2-209ENST00000540946 1420 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 AGPS-201ENST00000264167 7764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 RNF103-201ENST00000237455 3477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 KIF5B-201ENST00000302418 5877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 GGT4P-201ENST00000623672 1708 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 DUSP26-203ENST00000523956 1373 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 NHS-201ENST00000380060 8761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 IGHM-202ENST00000637539 1683 ntAPPRIS P5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 CTNND2-214ENST00000511377 4336 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 SNRPN-201ENST00000346403 1304 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 CD14-202ENST00000401743 1648 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 DFNA5-207ENST00000419307 2265 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 CLEC18C-201ENST00000314151 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 CLEC18A-208ENST00000568461 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 EBI3-201ENST00000221847 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 C12orf10-201ENST00000267103 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 OR8S1-201ENST00000310194 1080 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 FAM166B-201ENST00000399742 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 LINC00473-201ENST00000444465 798 ntTSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 PMF1-BGLAP-203ENST00000490491 1007 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 API5-211ENST00000534695 560 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 AC104794.3-201ENST00000566840 1248 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 C19orf70-206ENST00000590389 769 ntTSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 OPA1-201ENST00000361150 6330 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 RHCE-201ENST00000294413 1591 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 PGRMC2-208ENST00000613358 3783 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 TNN-201ENST00000239462 5008 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 PCGF3-213ENST00000620529 1899 ntBASIC15.77■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 WDFY4-202ENST00000360890 2193 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 ABLIM2-202ENST00000361581 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 CCM2-207ENST00000475551 2471 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 XKR6-203ENST00000416569 3382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 AL589702.1-201ENST00000641229 1509 ntBASIC15.77■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 SHROOM2-201ENST00000380913 7447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 PCGF1-201ENST00000233630 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 EIPR1-202ENST00000398659 1795 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 MRPS21-201ENST00000581066 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 ABCB9-207ENST00000442833 2587 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 TMEM30A-201ENST00000230461 4594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 UBR5-207ENST00000520539 10297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 TLE2-204ENST00000455444 2253 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 EIF4ENIF1-206ENST00000397525 3695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 ADAM22-202ENST00000398201 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 UBAP1L-201ENST00000502113 1381 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 AHRR-203ENST00000505113 2173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 MRGPRX3-201ENST00000396275 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 LINC01569-202ENST00000573042 2093 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 DNMT3A-205ENST00000402667 2300 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 MSI2-201ENST00000284073 6364 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 RTN4RL2-202ENST00000395120 582 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 MRPS6-201ENST00000399312 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 Z98749.2-201ENST00000428294 700 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 PTPA-220ENST00000436883 532 ntTSL 4 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 GNAQP1-201ENST00000444815 1067 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 NAA50-208ENST00000497255 789 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 AC008378.1-201ENST00000521251 496 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 ZNF890P-202ENST00000530367 1156 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 AL512361.1-201ENST00000554200 418 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 IFT20-215ENST00000585313 852 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 AL157392.3-207ENST00000601758 744 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 ZNF655-225ENST00000626122 705 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.2 ms