Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

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Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 YRDCP1-201ENST00000621419 643 ntBASIC16.77■□□□□ 0.28
CHD9Q3L8U1 SOX14-201ENST00000306087 2055 ntAPPRIS P1 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CHD9Q3L8U1 TSNARE1-201ENST00000307180 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CHD9Q3L8U1 AC012313.1-201ENST00000593393 3059 ntBASIC16.77■□□□□ 0.28
CHD9Q3L8U1 AMT-233ENST00000636522 1620 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CHD9Q3L8U1 SPATS2L-202ENST00000360760 2119 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
CHD9Q3L8U1 UNC119-204ENST00000470125 2050 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
CHD9Q3L8U1 RWDD4-201ENST00000326397 2641 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CHD9Q3L8U1 INTS4P1-202ENST00000587624 2985 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CHD9Q3L8U1 HNRNPR-204ENST00000427764 1788 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 ANKRD23-203ENST00000418232 2156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 TCEA1-201ENST00000396401 2718 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 ASPH-211ENST00000518068 2744 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 PNRC1-203ENST00000369472 816 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 CSAG1-202ENST00000370287 875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 CRYBA2-202ENST00000392096 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 SNHG17-201ENST00000413755 648 ntTSL 3 BASIC16.77■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 KRTAP19-9P-201ENST00000421795 191 ntBASIC16.77■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 LINC01229-204ENST00000568751 720 ntTSL 3 BASIC16.77■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 AC007861.2-201ENST00000573819 571 ntTSL 4 BASIC16.77■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 AP000894.2-204ENST00000577358 473 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 TRA2A-201ENST00000297071 1845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 AJ239322.1-201ENST00000419362 2209 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 SLC39A4-201ENST00000276833 2297 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 AL023775.1-201ENST00000454907 1746 ntBASIC16.77■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 ZCWPW1-202ENST00000398027 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 NSFL1C-202ENST00000353088 2611 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 CBFA2T2-201ENST00000342704 2864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 TCTN1-202ENST00000397655 1879 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 NOS2P2-202ENST00000639528 1659 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 NFU1-201ENST00000303698 1034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 COL5A1-AS1-201ENST00000371813 336 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 LYPLA2-202ENST00000374502 1072 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 SMS-201ENST00000379404 1174 ntTSL 3 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 AC007952.2-201ENST00000399091 1176 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 HOMER2P2-201ENST00000451621 847 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 SLED1-202ENST00000512051 380 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 C14orf132-202ENST00000553782 536 ntTSL 4 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 L34079.1-201ENST00000594374 393 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 PPFIA1-202ENST00000389547 4133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 ZNF589-203ENST00000427617 1677 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 AC092171.3-201ENST00000610122 2651 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 HLA-DQB1-204ENST00000399084 1734 ntAPPRIS P1 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 ACSM2B-211ENST00000567001 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 POLI-207ENST00000579434 2705 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 SF3B5-201ENST00000367569 693 ntAPPRIS P1 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 NCBP2-203ENST00000422610 676 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 AC069218.1-201ENST00000435269 762 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 CNN2P10-201ENST00000443067 918 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 PENK-202ENST00000451791 1029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 ARL2-204ENST00000529384 830 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 TUBB6-210ENST00000590967 430 ntTSL 3 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 AL133499.1-201ENST00000596207 608 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 TESMIN-201ENST00000255087 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 SARDH-205ENST00000422262 2367 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 PILRB-208ENST00000452089 2099 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 PNLDC1-202ENST00000392167 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 CNBP-208ENST00000504813 1549 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 PYCR1-201ENST00000329875 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 LRRC14-205ENST00000529022 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 NUDT1-201ENST00000339737 698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 NUDT1-202ENST00000343985 771 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 C15orf48-202ENST00000396650 732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 ARL16-201ENST00000397498 1227 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 AC008267.1-201ENST00000474858 1069 ntBASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 AC126915.1-201ENST00000522847 1038 ntBASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 AC124301.1-201ENST00000524885 602 ntTSL 3 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 MSRB3-209ENST00000540804 884 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 RNF41-210ENST00000552244 716 ntTSL 3 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 DMAC2-208ENST00000589970 979 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 DMAC2-215ENST00000597457 492 ntTSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 ARL16-214ENST00000621051 1181 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 AC134407.2-201ENST00000625089 1978 ntBASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 DLG1-AS1-202ENST00000430666 1694 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 PARVG-205ENST00000422871 3462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 PRPF19-201ENST00000227524 2157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 RBFOX2-201ENST00000262829 1538 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 LINC00658-202ENST00000420529 1542 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 SPATA33-210ENST00000611218 1546 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 GALNT11-205ENST00000430044 2727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 LGALS3BP-218ENST00000591778 1961 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 DMPK-204ENST00000447742 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 QSOX1-201ENST00000367600 2519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 HOOK2-202ENST00000397668 2513 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 PON3-201ENST00000265627 1105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 RAB26-202ENST00000541451 944 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 AC025154.2-203ENST00000550214 1031 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 AL163636.2-201ENST00000553909 1498 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 AC018695.7-201ENST00000624587 2492 ntBASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 WT1-201ENST00000332351 3122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 ALDH3A1-205ENST00000444455 1771 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 APMAP-201ENST00000217456 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 LINC01121-201ENST00000378479 1095 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 BLVRA-202ENST00000402924 1161 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 TISP43-201ENST00000409793 538 ntTSL 4 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 AC245884.6-201ENST00000515672 1067 ntBASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 AP003419.4-201ENST00000616071 517 ntBASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 AP003397.1-201ENST00000525706 1387 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 CYP2AB1P-202ENST00000454440 1456 ntBASIC16.74■□□□□ 0.27
CHD9Q3L8U1 ZBTB45P2-201ENST00000452245 1531 ntBASIC16.74■□□□□ 0.27
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