Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 FAM177A1-207ENST00000554052 540 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SDC1P18827 AL359317.2-203ENST00000557409 538 ntTSL 4 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SDC1P18827 AC084125.4-201ENST00000580385 338 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SDC1P18827 KLK8-205ENST00000593490 267 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SDC1P18827 ZEB1-AS1-206ENST00000606250 573 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SDC1P18827 AC092865.6-201ENST00000642101 219 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
SDC1P18827 DGAT1-206ENST00000528718 3711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SDC1P18827 LMNB1-201ENST00000261366 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SDC1P18827 RTN4RL1-201ENST00000331238 3625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SDC1P18827 PBX3-204ENST00000373489 2775 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SDC1P18827 C2orf54-202ENST00000388934 1911 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SDC1P18827 AC092850.2-201ENST00000623821 2697 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
SDC1P18827 ATP6V0E2-212ENST00000611515 2565 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SDC1P18827 CHMP1A-201ENST00000397901 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SDC1P18827 TMC4-210ENST00000619895 2373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SDC1P18827 MED19-201ENST00000337672 1637 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SDC1P18827 IFRD1-202ENST00000403825 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SDC1P18827 PEX5-206ENST00000434354 2253 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SDC1P18827 MFSD2B-202ENST00000406420 1528 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SDC1P18827 PHTF1-201ENST00000357783 2747 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SDC1P18827 KCNT1-214ENST00000631073 3948 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SDC1P18827 KIAA0895-207ENST00000436884 1952 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SDC1P18827 TMPRSS13-203ENST00000524993 1950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SDC1P18827 C16orf58-211ENST00000570164 2783 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
SDC1P18827 ICMT-201ENST00000343813 4771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
SDC1P18827 LCK-206ENST00000373564 2137 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
SDC1P18827 SAP130-203ENST00000357702 4173 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
SDC1P18827 ISLR-201ENST00000249842 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
SDC1P18827 GOLGA2P9-201ENST00000596977 1937 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
SDC1P18827 AC103702.1-201ENST00000548801 2630 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
SDC1P18827 MCF2L-232ENST00000535094 3752 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
SDC1P18827 AC100803.3-201ENST00000606664 2961 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
SDC1P18827 AC007182.1-201ENST00000455232 2159 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
SDC1P18827 ZNF259P1-201ENST00000407656 1365 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
SDC1P18827 SNAP91-205ENST00000439399 4452 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
SDC1P18827 TACR2-203ENST00000619173 1713 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
SDC1P18827 CICP13-201ENST00000422015 2789 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
SDC1P18827 BEND4-202ENST00000504360 8692 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
SDC1P18827 PRLH-201ENST00000165524 264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
SDC1P18827 ART5-201ENST00000359918 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
SDC1P18827 GSTO1-202ENST00000369713 972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
SDC1P18827 AMACR-202ENST00000382068 862 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
SDC1P18827 C6orf47-AS1-203ENST00000422049 673 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
SDC1P18827 RNA5SP416-201ENST00000516838 111 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
SDC1P18827 AP001107.2-202ENST00000528650 480 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
SDC1P18827 AL138918.1-201ENST00000568306 659 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
SDC1P18827 AC073389.1-201ENST00000595595 795 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
SDC1P18827 CDK2AP1-207ENST00000618072 1144 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
SDC1P18827 MAGEF1-201ENST00000317897 1636 ntAPPRIS P1 BASIC15.41■□□□□ 0.06
SDC1P18827 SCLT1-205ENST00000503401 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
SDC1P18827 AC009802.1-201ENST00000637973 1609 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
SDC1P18827 TSPY26P-202ENST00000565928 3884 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
SDC1P18827 HDAC5-201ENST00000225983 5326 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
SDC1P18827 TRIML1-201ENST00000332517 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
SDC1P18827 DLX4-201ENST00000240306 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
SDC1P18827 BSG-215ENST00000618006 1329 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
SDC1P18827 NOX4-215ENST00000534731 2156 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
SDC1P18827 STXBP5-207ENST00000546097 2160 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
SDC1P18827 TRIM14-201ENST00000341469 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
SDC1P18827 SLC22A6-203ENST00000421062 1560 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
SDC1P18827 TLE3-202ENST00000440567 2657 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
SDC1P18827 C11orf24-201ENST00000304271 2063 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
SDC1P18827 HSPA12B-201ENST00000254963 3151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
SDC1P18827 GCLC-213ENST00000616923 3694 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
SDC1P18827 MMADHC-203ENST00000428879 1726 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
SDC1P18827 LONRF1-201ENST00000398246 3594 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
SDC1P18827 PIGT-201ENST00000279035 1880 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
SDC1P18827 DEPDC5-203ENST00000400242 2395 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
SDC1P18827 PBX1-215ENST00000559240 2866 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
SDC1P18827 RGS6-210ENST00000553530 5685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
SDC1P18827 SMIM5-201ENST00000375215 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
SDC1P18827 GML-201ENST00000220940 723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
SDC1P18827 CST3-201ENST00000376925 873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
SDC1P18827 HMGN4-201ENST00000377575 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
SDC1P18827 SH3TC1-202ENST00000382521 829 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
SDC1P18827 AC007834.1-201ENST00000446473 728 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
SDC1P18827 MDH2-205ENST00000461263 648 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
SDC1P18827 C8orf46-205ENST00000480005 865 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
SDC1P18827 AC034213.1-201ENST00000507681 806 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
SDC1P18827 C12orf76-202ENST00000546627 461 ntTSL 4 BASIC15.4■□□□□ 0.06
SDC1P18827 OTUB2-202ENST00000553723 708 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
SDC1P18827 PAX9-204ENST00000554201 1289 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
SDC1P18827 RARRES2P8-201ENST00000566335 367 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
SDC1P18827 C19orf33-202ENST00000588605 520 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
SDC1P18827 AC140113.2-201ENST00000604370 208 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
SDC1P18827 TBXAS1-201ENST00000336425 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
SDC1P18827 ICA1L-201ENST00000358299 3457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
SDC1P18827 P3H1-202ENST00000296388 2585 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
SDC1P18827 CCDC8-201ENST00000307522 3213 ntAPPRIS P1 BASIC15.4■□□□□ 0.06
SDC1P18827 ANAPC13-206ENST00000514612 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
SDC1P18827 PPP1R18-206ENST00000615892 1448 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
SDC1P18827 C1orf43-202ENST00000362076 1551 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
SDC1P18827 NR2C1-219ENST00000622476 1561 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
SDC1P18827 GDF2-201ENST00000581492 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
SDC1P18827 TAPBPL-201ENST00000266556 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
SDC1P18827 CBX6-202ENST00000407418 6122 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
SDC1P18827 LINC01270-201ENST00000371639 2281 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
SDC1P18827 FUT8-213ENST00000557164 2269 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
SDC1P18827 NRSN2-210ENST00000621012 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
SDC1P18827 SERPINF2-203ENST00000450523 1462 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.5 ms