Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 GPS1-208ENST00000578552 1874 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 ZXDC-202ENST00000389709 3405 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 VAV2-201ENST00000371850 4837 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 GPX3-209ENST00000614343 1478 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 FAM135A-205ENST00000418814 6415 ntTSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 GPR61-206ENST00000616874 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 PLAGL1-208ENST00000437412 2640 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 TRPC4AP-201ENST00000252015 3226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 MAP1LC3B-201ENST00000268607 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 NFE2-201ENST00000312156 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 KLK3-202ENST00000360617 1664 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 ATP2C1-218ENST00000510168 5067 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 TNFRSF10A-201ENST00000221132 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 CDCP2-201ENST00000371330 2723 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 TFAP2C-201ENST00000201031 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 PPP1R37-201ENST00000221462 3163 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 TMPO-203ENST00000343315 2465 ntTSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 HIST1H4J-201ENST00000355057 373 ntAPPRIS P1 BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 YY1AP1-210ENST00000368339 3073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 FAM19A5-204ENST00000406880 833 ntTSL 3 BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 WWOX-204ENST00000408984 1227 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 API5-202ENST00000420461 2009 ntTSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 LINC00996-201ENST00000477392 2043 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 BX890604.1-208ENST00000490920 726 ntTSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 AC093909.1-201ENST00000504731 1122 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 HGSNAT-207ENST00000521576 2332 ntTSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 AC136759.1-203ENST00000527477 2196 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 TMEM132D-AS2-201ENST00000542578 1568 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 IGFLR1-205ENST00000588992 730 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 LONP1-213ENST00000590729 2626 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 HMGN3-203ENST00000620514 1010 ntTSL 3 BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 AC004877.2-201ENST00000623941 599 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 TMEM114-205ENST00000624696 560 ntTSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 PPM1D-201ENST00000305921 4778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 MBD1-202ENST00000269471 2980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 GRAMD4-203ENST00000408031 2834 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 CETN1-201ENST00000327228 1758 ntAPPRIS P1 BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 ROCK2-209ENST00000616279 6401 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 RRP1-207ENST00000497547 3022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 COX10-201ENST00000261643 2873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 TRIM7-203ENST00000393315 2851 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 UROC1-202ENST00000383579 2735 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 NR1H3-204ENST00000407404 1330 ntTSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 SLC8A3-202ENST00000356921 5250 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 PARD6G-201ENST00000353265 3868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 SBNO2-202ENST00000438103 4537 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 IGF2-204ENST00000381406 5179 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 SUFU-202ENST00000369902 5001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 RASAL2-AS1-202ENST00000421505 2329 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 FUT3-209ENST00000589918 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 CD300LG-204ENST00000539718 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 GTPBP8-208ENST00000619116 1378 ntTSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 AL162457.1-201ENST00000317652 2000 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 CNKSR1-214ENST00000531191 2673 ntTSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 PDE4C-202ENST00000355502 5979 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 NUS1-201ENST00000368494 4676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 AP000866.1-201ENST00000499143 2886 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 LRFN1-201ENST00000248668 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 LRRFIP1P1-201ENST00000498774 2246 ntBASIC17.67■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 MALT1-202ENST00000348428 9368 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 NIPAL4-201ENST00000311946 3274 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 TMEM143-203ENST00000435956 2272 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 DCTN3-201ENST00000259632 808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 ISCA2-201ENST00000298818 851 ntTSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 AP2S1-202ENST00000352203 793 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 C6orf47-AS1-203ENST00000422049 673 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 AL451069.2-201ENST00000428814 297 ntTSL 3 BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 MOK-203ENST00000517966 1230 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 AP001107.2-202ENST00000528650 480 ntTSL 3 BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 MVB12A-211ENST00000529939 1091 ntTSL 3 BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 AP001005.1-201ENST00000571755 1248 ntBASIC17.67■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 AP2S1-204ENST00000597020 707 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 BCL2L12-206ENST00000598306 510 ntTSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 Z83851.2-201ENST00000609564 659 ntBASIC17.67■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 FOXP1-223ENST00000622151 429 ntTSL 3 BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 MX1-210ENST00000455164 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 MAP2K3-202ENST00000342679 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 KCNC2-207ENST00000548513 3026 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 BABAM1-201ENST00000359435 1472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 GPN1-212ENST00000616939 1832 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 LRP8-202ENST00000347547 2382 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 FAM83A-202ENST00000518448 5393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 DFNA5-202ENST00000409775 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 SHISA5-219ENST00000612611 1677 ntTSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 ETV2-205ENST00000479824 1342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 BCAR1-209ENST00000546196 1340 ntBASIC17.67■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 AK5-203ENST00000354567 3251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 CD68-201ENST00000250092 1878 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 LINC01660-203ENST00000618517 1859 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 ATP6V0A1-204ENST00000537728 2774 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 AC138035.3-201ENST00000622706 2791 ntBASIC17.67■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 TPPP-201ENST00000360578 6022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 METTL25-201ENST00000248306 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 SHISA5-210ENST00000444115 2081 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 GARS-201ENST00000389266 2634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 GLB1L2-201ENST00000339772 3152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 RNF25-201ENST00000295704 1914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 CGREF1-205ENST00000404694 1376 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 TCP10-202ENST00000397829 2141 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
LIMA1Q9UHB6 CLDN19-202ENST00000372539 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.3 ms