Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 CHMP5-201ENST00000223500 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
USP39Q53GS9 GIMAP1-201ENST00000307194 4420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
USP39Q53GS9 VASH1-203ENST00000554237 1462 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
USP39Q53GS9 PRDM1-203ENST00000369096 5164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
USP39Q53GS9 TRIM7-204ENST00000393319 2320 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
USP39Q53GS9 NEIL2-204ENST00000455213 2323 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
USP39Q53GS9 RGS20-201ENST00000276500 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
USP39Q53GS9 TPM1-219ENST00000559397 1655 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
USP39Q53GS9 DNAH14-206ENST00000400952 1984 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 ATXN2-219ENST00000550104 4648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 ETV2-205ENST00000479824 1342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 MAPT-215ENST00000574436 1326 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 TMEM132D-202ENST00000422113 5776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 RBM6-210ENST00000442092 2260 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 INPP4A-204ENST00000409540 3231 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 PRRG2-201ENST00000246794 1404 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 KREMEN1-203ENST00000407188 1422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 BORCS8-MEF2B-203ENST00000514819 1406 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 ZNF385A-212ENST00000551109 2369 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 TTC8-216ENST00000614125 2377 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 AC005622.1-202ENST00000637093 1543 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 GGT6-203ENST00000573591 1730 ntTSL 4 BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 TSPOAP1-202ENST00000343736 5947 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 CNTNAP3B-201ENST00000276974 3240 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 LCN15-201ENST00000316144 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 SPDYE19P-201ENST00000338590 713 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 NAA10-201ENST00000370009 837 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 NAA10-203ENST00000370015 1002 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 FBLN7-204ENST00000409667 1124 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 AL357497.1-201ENST00000436249 666 ntTSL 3 BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 LINC00229-201ENST00000443783 500 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 AC006001.2-201ENST00000448096 393 ntTSL 3 BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 SERBP1P3-201ENST00000459980 809 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 TMEM161B-AS1-212ENST00000513011 833 ntTSL 3 BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 DOC2GP-202ENST00000514950 1163 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 CLNS1A-210ENST00000528364 953 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 AP001107.3-201ENST00000534065 544 ntTSL 4 BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 HILS1-202ENST00000545329 423 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 ATF7-204ENST00000548118 774 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 AC087386.1-201ENST00000553658 572 ntTSL 4 BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 BANF1P1-201ENST00000553684 263 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 POLE2-203ENST00000553805 496 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 AL161757.4-201ENST00000554149 621 ntTSL 3 BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 AC005520.2-201ENST00000556194 573 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 AC009133.1-203ENST00000569039 589 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 OTUB1-206ENST00000535715 1391 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 PRRT3-202ENST00000411976 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 CNPPD1-201ENST00000360507 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 GALNT18-201ENST00000227756 2504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 CDK11B-201ENST00000340677 2534 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 GOLGA2-213ENST00000610329 2212 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 RNF165-204ENST00000587853 2011 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 ATP5B-201ENST00000262030 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 LINC00963-208ENST00000454968 1403 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 TTBK1-201ENST00000259750 6932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 KLHL42-201ENST00000381271 6703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 AKR7L-202ENST00000429712 1313 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 BEND4-203ENST00000611697 1348 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 HLF-201ENST00000226067 5547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 BTBD1-201ENST00000261721 3297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 KDM6B-202ENST00000448097 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 CLIC5-202ENST00000339561 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 TSPAN17-209ENST00000515708 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 SMO-201ENST00000249373 3738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 AL603756.1-201ENST00000606511 2163 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 ETV3L-201ENST00000454449 1976 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 LAT2-201ENST00000275635 1869 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 ZNF496-201ENST00000294753 5336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 RAB3IP-207ENST00000483530 1755 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 FAM129B-201ENST00000373312 3957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 TCP1-203ENST00000420894 1671 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 SACS-AS1-201ENST00000443092 2234 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 LRRC14-205ENST00000529022 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 ATP6V0B-201ENST00000236067 944 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 TEX12-201ENST00000280358 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 PXMP4-202ENST00000344022 989 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 KIAA0907-201ENST00000368319 1155 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 DPM2-202ENST00000373110 738 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 HOPX-203ENST00000381255 1164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 MAGEC1-202ENST00000406005 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 ARL6IP4-207ENST00000426960 910 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 ABHD18-203ENST00000444616 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 ELFN1-AS1-202ENST00000453348 637 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 AL354710.2-201ENST00000468244 550 ntTSL 4 BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 ATP6V0B-211ENST00000498664 825 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 IFITM2-204ENST00000533141 588 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 OBP2A-206ENST00000539850 914 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 HOPX-210ENST00000553379 1001 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 HOPX-212ENST00000555760 1139 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 HOPX-213ENST00000556376 1064 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 TMEM205-208ENST00000587948 688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 TMEM205-211ENST00000589555 788 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 ALKBH7-203ENST00000599849 556 ntTSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 AL162274.1-201ENST00000617191 1098 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 SLC35F3-202ENST00000366618 2891 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 HOXC5-201ENST00000312492 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 STC2-201ENST00000265087 5353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 CXCL6-201ENST00000226317 1718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 C3orf58-201ENST00000315691 4346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 PHRF1-201ENST00000264555 5523 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.1 ms