Protein–RNA interactions for Protein: Q13286

CLN3, Battenin, humanhuman

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Length 438 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3Q13286 IGFBP2-204ENST00000456764 846 ntTSL 3 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 RN7SL399P-201ENST00000471648 279 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 DSCR3-207ENST00000476950 937 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 HAPLN1-206ENST00000514416 1145 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 APRT-204ENST00000563655 709 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 AC079336.2-201ENST00000578408 927 ntTSL 3 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 RAB34-222ENST00000625712 994 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 ABBA01031660.1-201ENST00000635219 756 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 SYT12-203ENST00000525457 1678 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 SLC2A4-202ENST00000424875 1852 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 AL391256.1-201ENST00000443260 1855 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 TCEA1-201ENST00000396401 2718 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 KDM5C-202ENST00000375379 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 ANTXR1-201ENST00000303714 5859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 CBX6-202ENST00000407418 6122 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 EIF4E1B-201ENST00000318682 1974 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 PCGF1-201ENST00000233630 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 MBOAT1-201ENST00000324607 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 COL4A3BP-204ENST00000405807 2843 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 EFCAB14-201ENST00000371933 5767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 RIC8A-201ENST00000325207 2702 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 DLG4-201ENST00000302955 3184 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 DLG4-202ENST00000399506 3185 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 TSPAN3-201ENST00000267970 6467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 TTLL8-201ENST00000266182 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 NOS3-210ENST00000484524 2537 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 PHGDH-202ENST00000369409 1882 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 LTBP2-205ENST00000556690 5614 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 LETM2-201ENST00000297720 1693 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 SPNS1-202ENST00000323081 2102 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 NOMO1-208ENST00000620755 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 CD300LG-206ENST00000588884 1459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 VAV2-202ENST00000371851 5101 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 JADE3-204ENST00000614628 4934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 FKBP8-201ENST00000222308 1710 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 MS4A13-201ENST00000378185 808 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 AC092933.1-201ENST00000393644 945 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 MDP1-202ENST00000396833 582 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 AC099336.1-201ENST00000417053 1171 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 Z82214.2-201ENST00000420269 531 ntTSL 4 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 AL139158.2-202ENST00000428151 573 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 HIST2H2BA-202ENST00000430394 752 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 AL355994.2-201ENST00000447882 704 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 AC084866.2-201ENST00000509956 449 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 CD74-212ENST00000524315 584 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 AC136475.5-202ENST00000524824 587 ntTSL 4 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 SUOX-214ENST00000551841 906 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 LINC01887-202ENST00000584734 860 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 LINC00237-203ENST00000593272 630 ntTSL 4 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 AXIN1-201ENST00000262320 3643 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 TMEM45B-201ENST00000281441 2234 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 GOLGA2P2Y-202ENST00000423852 1506 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 KANSL2-212ENST00000550347 2714 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 MPP1-202ENST00000369534 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 RMDN3-202ENST00000338376 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 LMNA-205ENST00000368299 2253 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 TEX264-204ENST00000415259 2290 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 PARVG-205ENST00000422871 3462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 TUBB1P2-201ENST00000422712 1306 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 TUBB1P1-201ENST00000503144 1300 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 KCNQ2-207ENST00000370224 3004 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 HOXC5-201ENST00000312492 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 MAP2K5-201ENST00000178640 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 LUC7L2-202ENST00000354926 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 SEPT6-209ENST00000489216 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 CALM3-212ENST00000599839 1355 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 BNIP2-212ENST00000607373 1851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 USP27X-AS1-201ENST00000437322 2175 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 PACS1-209ENST00000529757 1688 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 QRFP-202ENST00000623824 1658 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 RASL10B-201ENST00000603017 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 KRT8P22-201ENST00000562317 1415 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 C4orf50-202ENST00000531445 6860 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 SLC47A2-202ENST00000350657 2285 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 PIP5K1A-207ENST00000441902 2297 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 AP3D1-202ENST00000355272 5034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 SLC2A5-201ENST00000377414 2344 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 ABCF3-203ENST00000429586 2624 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 PTHLH-209ENST00000545234 1544 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 TRAF3IP1-202ENST00000391993 4003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 C9orf66-201ENST00000382387 2918 ntAPPRIS P1 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 TAOK2-202ENST00000308893 5169 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 TBC1D2B-201ENST00000300584 6067 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 VAPA-201ENST00000340541 1227 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 EDN2-201ENST00000372587 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 APOC3-202ENST00000375345 604 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 NUDT1-205ENST00000397048 783 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 BRWD1P1-201ENST00000401091 371 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 MORN2-204ENST00000409665 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 AC007405.2-202ENST00000418106 540 ntTSL 4 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 AL162726.2-201ENST00000438986 1017 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 AC147067.1-201ENST00000466692 579 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 AC103957.2-201ENST00000521218 510 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 CCKBR-202ENST00000525014 792 ntTSL 4 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 GCHFR-206ENST00000561160 572 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 IGHV3OR16-13-201ENST00000562905 353 ntAPPRIS P1 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 CMTM3-212ENST00000566121 572 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 AC087392.4-201ENST00000574560 486 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 MIR5189-201ENST00000577370 114 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
CLN3Q13286 C11orf53-203ENST00000637637 1049 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
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