Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.74
LIMA1Q9UHB6 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.74
LIMA1Q9UHB6 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC25.89■■□□□ 1.74
LIMA1Q9UHB6 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
LIMA1Q9UHB6 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
LIMA1Q9UHB6 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
LIMA1Q9UHB6 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
LIMA1Q9UHB6 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC25.88■■□□□ 1.73
LIMA1Q9UHB6 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
LIMA1Q9UHB6 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC25.88■■□□□ 1.73
LIMA1Q9UHB6 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC25.88■■□□□ 1.73
LIMA1Q9UHB6 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
LIMA1Q9UHB6 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
LIMA1Q9UHB6 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
LIMA1Q9UHB6 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
LIMA1Q9UHB6 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
LIMA1Q9UHB6 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
LIMA1Q9UHB6 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
LIMA1Q9UHB6 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
LIMA1Q9UHB6 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
LIMA1Q9UHB6 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
LIMA1Q9UHB6 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
LIMA1Q9UHB6 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
LIMA1Q9UHB6 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
LIMA1Q9UHB6 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
LIMA1Q9UHB6 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
LIMA1Q9UHB6 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
LIMA1Q9UHB6 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
LIMA1Q9UHB6 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
LIMA1Q9UHB6 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
LIMA1Q9UHB6 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
LIMA1Q9UHB6 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
LIMA1Q9UHB6 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
LIMA1Q9UHB6 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
LIMA1Q9UHB6 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
LIMA1Q9UHB6 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC25.84■■□□□ 1.73
LIMA1Q9UHB6 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
LIMA1Q9UHB6 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
LIMA1Q9UHB6 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
LIMA1Q9UHB6 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
LIMA1Q9UHB6 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
LIMA1Q9UHB6 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC25.83■■□□□ 1.73
LIMA1Q9UHB6 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.72
LIMA1Q9UHB6 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.72
LIMA1Q9UHB6 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
LIMA1Q9UHB6 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
LIMA1Q9UHB6 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
LIMA1Q9UHB6 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
LIMA1Q9UHB6 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
LIMA1Q9UHB6 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
LIMA1Q9UHB6 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC25.82■■□□□ 1.72
LIMA1Q9UHB6 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
LIMA1Q9UHB6 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
LIMA1Q9UHB6 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
LIMA1Q9UHB6 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
LIMA1Q9UHB6 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
LIMA1Q9UHB6 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
LIMA1Q9UHB6 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
LIMA1Q9UHB6 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
LIMA1Q9UHB6 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC25.8■■□□□ 1.72
LIMA1Q9UHB6 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
LIMA1Q9UHB6 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
LIMA1Q9UHB6 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC25.8■■□□□ 1.72
LIMA1Q9UHB6 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC25.8■■□□□ 1.72
LIMA1Q9UHB6 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
LIMA1Q9UHB6 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
LIMA1Q9UHB6 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
LIMA1Q9UHB6 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
LIMA1Q9UHB6 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
LIMA1Q9UHB6 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.79■■□□□ 1.72
LIMA1Q9UHB6 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
LIMA1Q9UHB6 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC25.79■■□□□ 1.72
LIMA1Q9UHB6 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
LIMA1Q9UHB6 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC25.78■■□□□ 1.72
LIMA1Q9UHB6 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
LIMA1Q9UHB6 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
LIMA1Q9UHB6 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
LIMA1Q9UHB6 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
LIMA1Q9UHB6 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
LIMA1Q9UHB6 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
LIMA1Q9UHB6 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
LIMA1Q9UHB6 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC25.77■■□□□ 1.72
LIMA1Q9UHB6 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC25.77■■□□□ 1.72
LIMA1Q9UHB6 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
LIMA1Q9UHB6 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.72
LIMA1Q9UHB6 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
LIMA1Q9UHB6 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
LIMA1Q9UHB6 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
LIMA1Q9UHB6 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
LIMA1Q9UHB6 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
LIMA1Q9UHB6 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
LIMA1Q9UHB6 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
LIMA1Q9UHB6 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
LIMA1Q9UHB6 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
LIMA1Q9UHB6 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
LIMA1Q9UHB6 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
LIMA1Q9UHB6 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC25.75■■□□□ 1.71
LIMA1Q9UHB6 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
LIMA1Q9UHB6 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC25.74■■□□□ 1.71
LIMA1Q9UHB6 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.3 ms