Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUL7

DDX28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX28Q9NUL7 TMEM151B-202ENST00000451188 4895 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
DDX28Q9NUL7 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
DDX28Q9NUL7 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
DDX28Q9NUL7 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
DDX28Q9NUL7 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
DDX28Q9NUL7 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
DDX28Q9NUL7 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
DDX28Q9NUL7 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
DDX28Q9NUL7 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
DDX28Q9NUL7 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
DDX28Q9NUL7 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
DDX28Q9NUL7 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC21.3■■□□□ 1
DDX28Q9NUL7 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
DDX28Q9NUL7 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
DDX28Q9NUL7 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
DDX28Q9NUL7 ASAP2-202ENST00000315273 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
DDX28Q9NUL7 CARM1-201ENST00000327064 3330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
DDX28Q9NUL7 SPTBN4-201ENST00000338932 8686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
DDX28Q9NUL7 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
DDX28Q9NUL7 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
DDX28Q9NUL7 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
DDX28Q9NUL7 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
DDX28Q9NUL7 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
DDX28Q9NUL7 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
DDX28Q9NUL7 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
DDX28Q9NUL7 HOMEZ-201ENST00000357460 4971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
DDX28Q9NUL7 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
DDX28Q9NUL7 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
DDX28Q9NUL7 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
DDX28Q9NUL7 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
DDX28Q9NUL7 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
DDX28Q9NUL7 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
DDX28Q9NUL7 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
DDX28Q9NUL7 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
DDX28Q9NUL7 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC21.28■■□□□ 1
DDX28Q9NUL7 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
DDX28Q9NUL7 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
DDX28Q9NUL7 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC21.28■■□□□ 1
DDX28Q9NUL7 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
DDX28Q9NUL7 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
DDX28Q9NUL7 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
DDX28Q9NUL7 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
DDX28Q9NUL7 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
DDX28Q9NUL7 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
DDX28Q9NUL7 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
DDX28Q9NUL7 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
DDX28Q9NUL7 MYO1C-203ENST00000438665 4898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.27■□□□□ 0.99
DDX28Q9NUL7 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
DDX28Q9NUL7 SH3RF3-201ENST00000309415 5803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
DDX28Q9NUL7 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
DDX28Q9NUL7 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
DDX28Q9NUL7 FMR1-208ENST00000440235 4271 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
DDX28Q9NUL7 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
DDX28Q9NUL7 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
DDX28Q9NUL7 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
DDX28Q9NUL7 TBC1D12-201ENST00000225235 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
DDX28Q9NUL7 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
DDX28Q9NUL7 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
DDX28Q9NUL7 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
DDX28Q9NUL7 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
DDX28Q9NUL7 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
DDX28Q9NUL7 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
DDX28Q9NUL7 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
DDX28Q9NUL7 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
DDX28Q9NUL7 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
DDX28Q9NUL7 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
DDX28Q9NUL7 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
DDX28Q9NUL7 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.24■□□□□ 0.99
DDX28Q9NUL7 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
DDX28Q9NUL7 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
DDX28Q9NUL7 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.24■□□□□ 0.99
DDX28Q9NUL7 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
DDX28Q9NUL7 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
DDX28Q9NUL7 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
DDX28Q9NUL7 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
DDX28Q9NUL7 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
DDX28Q9NUL7 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
DDX28Q9NUL7 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
DDX28Q9NUL7 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
DDX28Q9NUL7 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
DDX28Q9NUL7 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
DDX28Q9NUL7 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
DDX28Q9NUL7 RASEF-202ENST00000376447 5576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
DDX28Q9NUL7 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
DDX28Q9NUL7 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
DDX28Q9NUL7 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
DDX28Q9NUL7 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
DDX28Q9NUL7 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
DDX28Q9NUL7 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
DDX28Q9NUL7 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
DDX28Q9NUL7 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
DDX28Q9NUL7 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
DDX28Q9NUL7 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
DDX28Q9NUL7 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
DDX28Q9NUL7 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
DDX28Q9NUL7 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
DDX28Q9NUL7 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC21.22■□□□□ 0.99
DDX28Q9NUL7 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
DDX28Q9NUL7 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
DDX28Q9NUL7 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 98.7 ms