Protein–RNA interactions for Protein: Q9BUN5

CCDC28B, Coiled-coil domain-containing protein 28B, humanhuman

Predictions only

Length 200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC28BQ9BUN5 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC28BQ9BUN5 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC28BQ9BUN5 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC28BQ9BUN5 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC28BQ9BUN5 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC28BQ9BUN5 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC28BQ9BUN5 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC28BQ9BUN5 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC28BQ9BUN5 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC28BQ9BUN5 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC28BQ9BUN5 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC28BQ9BUN5 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC28BQ9BUN5 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC28BQ9BUN5 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC28BQ9BUN5 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC28BQ9BUN5 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC28BQ9BUN5 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC28BQ9BUN5 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC28BQ9BUN5 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC28BQ9BUN5 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC28BQ9BUN5 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC28BQ9BUN5 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC28BQ9BUN5 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC28BQ9BUN5 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC28BQ9BUN5 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC28BQ9BUN5 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC28BQ9BUN5 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC28BQ9BUN5 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
CCDC28BQ9BUN5 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
CCDC28BQ9BUN5 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC28BQ9BUN5 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC28BQ9BUN5 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC28BQ9BUN5 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC28BQ9BUN5 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC28BQ9BUN5 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC28BQ9BUN5 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC28BQ9BUN5 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC28BQ9BUN5 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC28BQ9BUN5 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC28BQ9BUN5 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC28BQ9BUN5 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC28BQ9BUN5 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC28BQ9BUN5 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC28BQ9BUN5 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC28BQ9BUN5 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC28BQ9BUN5 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC28BQ9BUN5 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC28BQ9BUN5 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC28BQ9BUN5 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC28BQ9BUN5 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC28BQ9BUN5 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC28BQ9BUN5 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC28BQ9BUN5 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC28BQ9BUN5 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC28BQ9BUN5 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC28BQ9BUN5 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC28BQ9BUN5 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC28BQ9BUN5 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC28BQ9BUN5 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC28BQ9BUN5 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC28BQ9BUN5 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC28BQ9BUN5 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC28BQ9BUN5 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC28BQ9BUN5 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC28BQ9BUN5 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC28BQ9BUN5 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC28BQ9BUN5 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC28BQ9BUN5 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC28BQ9BUN5 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC28BQ9BUN5 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC28BQ9BUN5 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC28BQ9BUN5 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC28BQ9BUN5 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC28BQ9BUN5 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC28BQ9BUN5 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC28BQ9BUN5 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC28BQ9BUN5 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
CCDC28BQ9BUN5 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC28BQ9BUN5 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC28BQ9BUN5 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC28BQ9BUN5 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC28BQ9BUN5 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC28BQ9BUN5 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC28BQ9BUN5 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC28BQ9BUN5 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC28BQ9BUN5 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC28BQ9BUN5 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC28BQ9BUN5 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC28BQ9BUN5 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC28BQ9BUN5 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC28BQ9BUN5 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC28BQ9BUN5 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC28BQ9BUN5 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC28BQ9BUN5 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC28BQ9BUN5 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC28BQ9BUN5 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC28BQ9BUN5 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC28BQ9BUN5 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC28BQ9BUN5 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC28BQ9BUN5 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.4 ms