Protein–RNA interactions for Protein: P49754

VPS41, Vacuolar protein sorting-associated protein 41 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 854 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS41P49754 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS41P49754 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS41P49754 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS41P49754 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS41P49754 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS41P49754 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS41P49754 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS41P49754 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
VPS41P49754 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
VPS41P49754 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
VPS41P49754 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
VPS41P49754 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
VPS41P49754 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.48
VPS41P49754 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
VPS41P49754 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
VPS41P49754 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS41P49754 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS41P49754 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS41P49754 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS41P49754 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS41P49754 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS41P49754 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS41P49754 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
VPS41P49754 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
VPS41P49754 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
VPS41P49754 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
VPS41P49754 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
VPS41P49754 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
VPS41P49754 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS41P49754 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS41P49754 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS41P49754 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS41P49754 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS41P49754 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS41P49754 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS41P49754 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS41P49754 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS41P49754 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS41P49754 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS41P49754 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS41P49754 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS41P49754 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS41P49754 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS41P49754 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS41P49754 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS41P49754 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS41P49754 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
VPS41P49754 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
VPS41P49754 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
VPS41P49754 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
VPS41P49754 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
VPS41P49754 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
VPS41P49754 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
VPS41P49754 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
VPS41P49754 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
VPS41P49754 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
VPS41P49754 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
VPS41P49754 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
VPS41P49754 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
VPS41P49754 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS41P49754 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS41P49754 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS41P49754 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS41P49754 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS41P49754 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS41P49754 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS41P49754 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS41P49754 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS41P49754 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS41P49754 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS41P49754 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS41P49754 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS41P49754 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS41P49754 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS41P49754 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS41P49754 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS41P49754 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS41P49754 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS41P49754 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS41P49754 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS41P49754 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS41P49754 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS41P49754 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS41P49754 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS41P49754 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS41P49754 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
VPS41P49754 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
VPS41P49754 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
VPS41P49754 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
VPS41P49754 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
VPS41P49754 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
VPS41P49754 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
VPS41P49754 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS41P49754 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS41P49754 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS41P49754 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS41P49754 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS41P49754 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS41P49754 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS41P49754 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 8.2 ms