Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 FOXO3-202ENST00000406360 7341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 AC068880.1-201ENST00000507289 2297 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 EPS8L2-205ENST00000526198 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 DDX17-211ENST00000640332 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 DDX17-212ENST00000640668 2196 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 ALDH3B1-208ENST00000617288 2078 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 DPEP3-201ENST00000268793 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 CACNA1B-205ENST00000371363 9758 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 AR-207ENST00000612010 3896 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 SMTNL2-201ENST00000338859 1919 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 CHTOP-205ENST00000403433 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 CLIC6-201ENST00000349499 3806 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 SLC10A3-203ENST00000393586 1893 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 SUPT20H-202ENST00000356185 2681 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 ARHGAP22-206ENST00000435790 2595 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 UBFD1-201ENST00000395878 5110 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 RETREG1-201ENST00000306320 3268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 HLA-F-216ENST00000259951 1635 ntAPPRIS P4 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 HS3ST2-201ENST00000261374 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 CCDC157-203ENST00000405659 3052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 BCS1L-203ENST00000392110 1525 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 REPIN1-203ENST00000444957 2969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 STIM2-212ENST00000639640 2241 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 TAGLN3-202ENST00000393917 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 RNLS-201ENST00000331772 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 CFLAR-208ENST00000423241 2128 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 ENTPD6-202ENST00000360031 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 GDA-201ENST00000238018 2074 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 PRDM1-202ENST00000369091 2612 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 AGRP-201ENST00000290953 764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 CRABP1-201ENST00000299529 772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 TNFRSF12A-202ENST00000341627 881 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 DUSP13-202ENST00000372700 781 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 TPO-206ENST00000382269 1155 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 PMF1-BGLAP-203ENST00000490491 1007 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 RPL27A-202ENST00000524496 558 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 DUX4L45-201ENST00000566406 1057 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 LINC00237-203ENST00000593272 630 ntTSL 4 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 AC011497.1-201ENST00000596781 561 ntTSL 4 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 AC244452.3-201ENST00000636814 210 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 LINC00592-202ENST00000640420 768 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 NR2C2-206ENST00000425241 2494 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 KDSR-202ENST00000406396 5447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 ZNF205-206ENST00000620094 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 MUTYH-201ENST00000354383 1744 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 KCNJ2-202ENST00000535240 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 MFSD14A-201ENST00000370152 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 MXRA8-209ENST00000477278 2728 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 CAP2-208ENST00000611958 2686 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 TTLL10-201ENST00000379288 2114 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 FKBP1C-201ENST00000370659 1579 ntAPPRIS P1 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 HMBS-209ENST00000537841 1559 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 ZNF865-201ENST00000568956 4005 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 TMUB2-209ENST00000587989 1969 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 NOMO2-211ENST00000621364 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 GAL3ST1-203ENST00000402321 1908 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 AC012531.2-201ENST00000512206 1389 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 GPR137-212ENST00000539851 1843 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 RGS7-203ENST00000366564 2295 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 MSTO2P-201ENST00000314835 1709 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 APH1A-204ENST00000414276 1718 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 AC083949.1-201ENST00000422013 657 ntTSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 AL109811.2-201ENST00000447600 487 ntTSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 AC083949.1-202ENST00000458490 552 ntTSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 AC106760.1-201ENST00000508690 800 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 AC009720.1-201ENST00000511867 586 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 AP001360.1-202ENST00000526934 479 ntTSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 AC009486.1-201ENST00000569860 813 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 PAM16-215ENST00000577031 548 ntTSL 4 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 LINC01663-201ENST00000614596 535 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 AC015967.2-201ENST00000624092 234 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 AC006435.4-201ENST00000625037 234 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 AL356737.1-201ENST00000634391 234 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 ASB1-201ENST00000264607 6994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 C4orf50-202ENST00000531445 6860 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 AL607033.1-201ENST00000623900 1599 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 PIGZ-202ENST00000412723 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 AC005332.8-201ENST00000622750 2735 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 DVL2-209ENST00000575458 2659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 UNC13A-206ENST00000552293 5314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 DHRS1-201ENST00000288111 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 ZFP64-205ENST00000371518 1841 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 PPM1M-202ENST00000323588 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 CPEB3-203ENST00000614585 5789 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 C1orf159-204ENST00000379339 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 RERG-209ENST00000546331 1383 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 SLC30A2-202ENST00000374278 3097 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 XXYLT1-201ENST00000310380 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 SCNN1D-206ENST00000400928 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 INTS4P2-202ENST00000614726 2019 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 TMEM25-202ENST00000354064 1965 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 Z97205.2-201ENST00000564697 1639 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 B9D2-201ENST00000243578 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 SPDYE7P-201ENST00000355920 1064 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 TMEM52-203ENST00000378602 1118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 AC053503.1-201ENST00000429882 519 ntTSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 RPARP-AS1-201ENST00000473970 1297 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 RPL8-205ENST00000527914 551 ntTSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 AL021546.1-201ENST00000551806 552 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC9Q9Y3X0 AL390726.5-201ENST00000562942 871 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 59.5 ms