Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 ZBTB45P2-201ENST00000452245 1531 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 BANP-204ENST00000393208 2283 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
LHX3Q9UBR4 SUZ12-204ENST00000580398 3977 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 DCP1B-202ENST00000535873 2231 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 CDIP1-206ENST00000563507 1463 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 FAM227A-201ENST00000355830 2417 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 ZNF470-201ENST00000330619 7151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 TDRD7-201ENST00000355295 3834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 RWDD4-201ENST00000326397 2641 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 ZNF281-203ENST00000367353 3080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 GEM-202ENST00000396194 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 SLC10A3-203ENST00000393586 1893 ntTSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 PLCB2-201ENST00000260402 4616 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 BRSK1-202ENST00000326848 2095 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 NMRAL1-201ENST00000283429 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 ILF3-203ENST00000449870 6119 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 CELF6-201ENST00000287202 3345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 HNRNPH3-202ENST00000354695 1332 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 ATP6AP2-233ENST00000638153 1303 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 MYO1B-204ENST00000392318 5082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 TTC29-202ENST00000398886 1729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 SLC45A1-202ENST00000471889 2784 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 ACRV1-201ENST00000315608 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 DUPD1-201ENST00000338487 663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 WFDC3-204ENST00000372632 704 ntTSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 YWHAZ-204ENST00000395953 994 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 PDK1-203ENST00000410055 2990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 LINC01160-202ENST00000450155 894 ntTSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 ITGA9-AS1-209ENST00000450990 562 ntTSL 4 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 AC004890.2-204ENST00000481968 304 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 SNHG6-201ENST00000520348 648 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 TMSB15B-204ENST00000540220 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 AC027243.1-201ENST00000559539 758 ntTSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 TMSB15B-205ENST00000563257 590 ntTSL 4 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 GABARAP-205ENST00000573928 476 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 AC141424.1-203ENST00000599026 887 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 CLN3-229ENST00000567963 1452 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 ZFP90-203ENST00000563169 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 FBXO18-201ENST00000362091 3560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 ADGRB2-201ENST00000373655 5400 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 NUP58-201ENST00000381718 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 ZNF397-201ENST00000261333 1419 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 KRT8P37-201ENST00000451609 1420 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 SH2B1-203ENST00000359285 3033 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 ZNF672-201ENST00000306562 2989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 MINDY1-202ENST00000361738 1961 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 CAMK2B-208ENST00000395747 1557 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 GFY-202ENST00000610896 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 DGAT2-202ENST00000376262 2324 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 ZNF18-204ENST00000580306 2330 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 CLDND1-222ENST00000510545 2124 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 AL603832.2-201ENST00000566195 2125 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 GPR89B-201ENST00000314163 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 NGFR-201ENST00000172229 3417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 SPAST-202ENST00000345662 5116 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 FUT8-213ENST00000557164 2269 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 AC087499.5-201ENST00000452760 1342 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 SPTBN4-204ENST00000392025 8671 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 C16orf89-201ENST00000315997 1872 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 SLC25A35-202ENST00000577745 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 AL391005.1-201ENST00000623953 2435 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 LATS1-202ENST00000392273 2567 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 WASF1-206ENST00000392588 3122 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 CHIA-203ENST00000353665 1214 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 PSMB9-207ENST00000374859 782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 ZSCAN2-205ENST00000379358 906 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 PSMB9-208ENST00000395330 792 ntTSL 3 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 AZGP1P1-201ENST00000411909 902 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 LINC01160-201ENST00000441004 768 ntTSL 3 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 BCRP1-201ENST00000444246 691 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 AC091729.1-201ENST00000449721 869 ntTSL 3 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 AC137894.1-201ENST00000526431 547 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 SPCS2P1-201ENST00000561636 679 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 AC010336.2-201ENST00000564226 506 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 AC073263.1-201ENST00000616370 494 ntTSL 3 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 GRB7-205ENST00000445327 2197 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 HMGXB3-206ENST00000613459 5567 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 ASTN2-205ENST00000361209 4622 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 ASAH1-240ENST00000636997 1774 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 SCRIB-203ENST00000377533 5108 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 AP1M1-202ENST00000429941 1578 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 AC024909.3-201ENST00000611513 2257 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 LRRC56-201ENST00000270115 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 NR2C2-201ENST00000323373 2406 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 FADS2-202ENST00000278840 3630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 CDC14C-201ENST00000428251 1719 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 TXNRD2-214ENST00000491939 2238 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 AC025165.1-201ENST00000356672 2355 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 SLC9A5-201ENST00000299798 3736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 LMTK2-201ENST00000297293 8946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 LCK-201ENST00000333070 2166 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 EIF4ENIF1-206ENST00000397525 3695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 ATP5B-201ENST00000262030 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 TJP2-202ENST00000377245 4611 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 LAT2-204ENST00000398475 2453 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 INTS11-247ENST00000540437 2629 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 FDPS-201ENST00000356657 1478 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 PRRT3-202ENST00000411976 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 TRAPPC11-201ENST00000334690 4552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
LHX3Q9UBR4 SHISA5-208ENST00000442747 2250 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.6 ms