Protein–RNA interactions for Protein: P29074

PTPN4, Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4, humanhuman

Predictions only

Length 926 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPN4P29074 VANGL2-201ENST00000368061 5340 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 NORAD-201ENST00000565493 5339 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 AIFM2-202ENST00000373248 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 KCNMA1-251ENST00000639090 4319 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 CDIPT-209ENST00000569956 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 AP000487.1-202ENST00000500185 2602 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 APP-204ENST00000357903 3543 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 SPATA21-205ENST00000540400 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 MTG1-201ENST00000317502 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 TRH-202ENST00000507066 1580 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 AL353997.2-201ENST00000579352 4955 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 ALDH1A2-201ENST00000249750 4098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 CADPS2-205ENST00000449022 4073 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 MEN1-207ENST00000377326 3150 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 DYRK3-201ENST00000367106 2329 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 HLA-A-204ENST00000396634 1868 ntAPPRIS P1 BASIC16.37■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 RASA1-201ENST00000274376 3752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 BCL11B-202ENST00000357195 7559 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 MCHR2-201ENST00000281806 2368 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 C4A-243ENST00000428956 5460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 C4B-202ENST00000435363 5460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 C6orf223-201ENST00000336600 3581 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 BCAR1-202ENST00000393420 2667 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 MVK-207ENST00000539575 2747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 SLC25A34-201ENST00000294454 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 PLAA-205ENST00000520884 2041 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 DNAJC4-203ENST00000355040 759 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 TIMM17B-202ENST00000396779 1099 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 MCCD1P2-201ENST00000423228 335 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 AC027117.2-201ENST00000522768 510 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 MVB12A-211ENST00000529939 1091 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 CPSF1-207ENST00000531727 704 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 ZFPM1-204ENST00000563351 808 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 AC126696.3-201ENST00000563993 575 ntTSL 4 BASIC16.37■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 LYRM1-209ENST00000568663 857 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.37■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 COX5A-206ENST00000568783 571 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 AC008992.1-201ENST00000591132 446 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 LINC01666-201ENST00000623794 845 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 AC134684.3-201ENST00000641758 218 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 RGS19-202ENST00000395042 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 PPIL2-212ENST00000626352 2625 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 MAP1S-201ENST00000324096 3419 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 SCP2-201ENST00000371509 1889 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 AL953897.1-201ENST00000376620 1868 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 RHOC-201ENST00000285735 2199 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 GOLGA8DP-202ENST00000341390 2184 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 CACNA1A-238ENST00000637276 7135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 PIGF-201ENST00000281382 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 PDE4C-207ENST00000594617 4655 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 SSFA2-202ENST00000409001 4987 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 TIGAR-201ENST00000179259 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 AL135999.2-201ENST00000622438 1686 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 KRT73-201ENST00000305748 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 PC-204ENST00000524491 1714 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 CLCN2-202ENST00000344937 3187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 ZNF57-201ENST00000306908 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 ZNF57-205ENST00000614108 2002 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 CREB3L3-201ENST00000078445 2618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 INHA-201ENST00000243786 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 DUOXA2-201ENST00000323030 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 JAKMIP1-204ENST00000409831 2371 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 NFIX-214ENST00000592199 1509 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 PCSK5-205ENST00000545128 9538 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 CD9-203ENST00000382518 1556 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 AC009336.1-201ENST00000608941 1553 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 ALKBH6-201ENST00000252984 955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 C19orf70-201ENST00000309324 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 GUK1-203ENST00000366718 1275 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 PARK7-203ENST00000377491 977 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 JMJD7-203ENST00000408047 1192 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 AC131097.3-202ENST00000439270 331 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 MOGAT1-201ENST00000446656 1048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 URGCP-206ENST00000446958 365 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 AC002116.1-201ENST00000473572 1130 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 BX890604.1-208ENST00000490920 726 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 MOK-203ENST00000517966 1230 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 EEF1D-223ENST00000528610 923 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 AC116612.1-201ENST00000557144 562 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 TVP23A-210ENST00000612195 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 LINC00623-201ENST00000613486 486 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 NR4A3-202ENST00000338488 2588 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 GHRHR-201ENST00000326139 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 PPHLN1-204ENST00000358314 1643 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 C19orf68-203ENST00000614654 3588 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 NEO1-207ENST00000560262 4315 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 TRIM60-203ENST00000508504 1674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 KCNT1-206ENST00000486577 3760 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 IL12RB2-206ENST00000544434 3782 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 CLPTM1L-209ENST00000507807 1740 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 PUF60-208ENST00000526683 2412 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 GRAMD2B-217ENST00000515200 3109 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 LGMN-216ENST00000557434 1797 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 BMP1-201ENST00000306349 2626 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 PHGDH-202ENST00000369409 1882 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 SLC44A2-203ENST00000586078 3784 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 GPER1-204ENST00000401670 1542 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 WIPI2-211ENST00000484262 1504 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 TLE3-202ENST00000440567 2657 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 ZNF140-210ENST00000544426 2340 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
PTPN4P29074 PGAP2-205ENST00000396993 1566 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47 ms