Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 ARHGAP45-212ENST00000590577 3218 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 TRIM33-201ENST00000358465 8339 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 MYB-201ENST00000316528 3571 ntTSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 MYB-241ENST00000616088 3573 ntTSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 C22orf39-201ENST00000333059 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 SNURF-201ENST00000338327 331 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 SERF1B-202ENST00000380751 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 LBH-204ENST00000406087 559 ntTSL 4 BASIC19.13■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 AC007967.2-201ENST00000432613 625 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 RPL13AP23-201ENST00000480739 586 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 AL133375.1-201ENST00000500590 980 ntTSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 PRYP6-201ENST00000514804 343 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 AP006621.3-203ENST00000525941 610 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 AL161645.1-201ENST00000622716 1255 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 PMS2P7-201ENST00000506558 1336 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 FAHD2B-202ENST00000414820 1388 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 SIRT6-214ENST00000601488 1361 ntTSL 3 BASIC19.13■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 KIF25-202ENST00000354419 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 MRPS22-212ENST00000495075 1547 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 TEKT4P2-201ENST00000416067 1599 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 RNF32-204ENST00000392743 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF135-202ENST00000359978 2120 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 FAM135A-205ENST00000418814 6415 ntTSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 EXOC3L1-201ENST00000314586 2510 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 TRPV4-204ENST00000536838 2514 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 GLS2-201ENST00000311966 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 AC073347.1-201ENST00000421633 2643 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 ELF2-201ENST00000358635 3036 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 SYT6-201ENST00000369547 4369 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 BMP3-201ENST00000282701 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 ANKRD24-206ENST00000600132 4026 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 EML3-202ENST00000394773 3256 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 ATP2A3-206ENST00000397043 3197 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 HAUS3-204ENST00000506763 3166 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 RASA4B-202ENST00000465829 2931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 MAP4K4-205ENST00000350878 7640 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 ORAOV1-201ENST00000279147 2478 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 SLC1A7-204ENST00000611397 2499 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 TCF25-202ENST00000263347 2377 ntTSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 TBC1D22A-205ENST00000406733 2267 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 AHCY-201ENST00000217426 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 HSPB7-204ENST00000411503 2128 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 DEPDC7-202ENST00000311388 2012 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 TBC1D9B-201ENST00000355235 5119 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 FAM53C-202ENST00000434981 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 PIP4K2C-207ENST00000550465 1532 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 FBP1-201ENST00000375326 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 HMGN1-204ENST00000380749 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 GPRC5C-201ENST00000342648 1273 ntTSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 WWOX-201ENST00000355860 710 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 EXOSC3-202ENST00000396521 768 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 AC074386.1-202ENST00000463561 864 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 HOXD8-204ENST00000544999 1235 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 RPL18-208ENST00000549920 1004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 RPL18-209ENST00000550645 463 ntTSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 RPL18-214ENST00000552588 559 ntTSL 3 BASIC19.12■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 HEXA-210ENST00000567213 1000 ntTSL 3 BASIC19.12■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 AC005606.1-201ENST00000567515 504 ntTSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 AP002472.1-201ENST00000577490 586 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 ARMC7-203ENST00000581078 1002 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 AC055811.1-201ENST00000584203 1231 ntTSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC106-206ENST00000591241 1153 ntTSL 3 BASIC19.12■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 AL590999.1-203ENST00000606829 542 ntTSL 4 BASIC19.12■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 RHOT1-203ENST00000358365 3297 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 PTBP1-202ENST00000350092 3069 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 NKPD1-201ENST00000317951 4233 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 PPP1R15A-201ENST00000200453 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 AC091100.1-201ENST00000558424 2354 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 OGFOD2-202ENST00000397389 2308 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 IQCE-217ENST00000623361 6775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 MMP2-201ENST00000219070 3741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 SH3BP4-201ENST00000344528 5044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 DBNDD1-202ENST00000304733 2081 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 EIF2B3-210ENST00000620860 1923 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 LTBP2-205ENST00000556690 5614 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 AQP3-201ENST00000297991 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 MARK3-204ENST00000416682 2969 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 LGMN-211ENST00000555699 1728 ntTSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 WDR45-202ENST00000356463 1688 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 HIC2-201ENST00000407464 6798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 KIAA1755-206ENST00000496900 2557 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 SLIT1-204ENST00000371070 4564 ntTSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 TUBA4B-203ENST00000490341 1380 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 IFRD1-202ENST00000403825 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 SLC6A2-204ENST00000561820 2268 ntTSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 TCF25-201ENST00000263346 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 BEX4-202ENST00000372695 1328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 LIM2-201ENST00000221973 983 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 MYEF2-201ENST00000267836 2958 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 GPX1P2-201ENST00000429271 606 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 SMN2-210ENST00000511812 867 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 AC133550.1-201ENST00000563565 295 ntTSL 3 BASIC19.11■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 CDC42EP4-206ENST00000581014 737 ntTSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 BCL2L12-206ENST00000598306 510 ntTSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 AC068137.2-201ENST00000605408 478 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 UBE3D-208ENST00000626828 114 ntTSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 AC247036.6-201ENST00000632950 410 ntAPPRIS P1 BASIC19.11■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 TBC1D17-202ENST00000535102 2025 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 NOTO-201ENST00000398468 2749 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
LIMCH1Q9UPQ0 TRIM13-204ENST00000420995 2607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.3 ms