Protein–RNA interactions for Protein: Q8NDQ6

ZNF540, Zinc finger protein 540, humanhuman

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Length 660 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF540Q8NDQ6 BEGAIN-201ENST00000355173 2674 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 MBD1-210ENST00000457839 2473 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 CFLAR-204ENST00000341582 2056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 KRT35-201ENST00000246639 1778 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 DIS3-202ENST00000377780 5232 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 CAMK1D-201ENST00000378845 1578 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 LINC00271-201ENST00000421378 1580 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 IDH3G-201ENST00000217901 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 CHGA-202ENST00000334654 1474 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 CCDC188-201ENST00000439765 1475 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 SLC3A2-208ENST00000536981 1486 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 AQP8-201ENST00000219660 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 RSPH14-201ENST00000216036 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 CMTM2-202ENST00000379486 904 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 FAM3A-205ENST00000393572 1041 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 CLDN7-202ENST00000397317 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 LSM5-204ENST00000409909 740 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 UCHL1-204ENST00000503431 917 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 AC093909.1-201ENST00000504731 1122 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 AC096582.2-201ENST00000510860 516 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 NCAM1-AS1-202ENST00000533638 618 ntTSL 4 BASIC15.17■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 RDH5-202ENST00000547072 1054 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 AK2-210ENST00000548033 936 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 AP005901.3-202ENST00000581653 237 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 DEF8-228ENST00000610455 816 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 SCN5A-214ENST00000612060 714 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 HNRNPUL1-220ENST00000602130 2932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 NEURL1-201ENST00000369780 4314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 FOSL2-201ENST00000264716 6708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 SFRP4-201ENST00000436072 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 ARVCF-201ENST00000263207 4041 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 STPG3-AS1-201ENST00000612170 1701 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 BX276092.9-202ENST00000636096 1722 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 TLE4-204ENST00000376537 2793 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 FAM45BP-202ENST00000592932 1624 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 ANKMY2-201ENST00000306999 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 KCNC2-208ENST00000549446 5625 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 TMEM139-201ENST00000359333 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 SLC35A3-221ENST00000640600 3341 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 DENND5B-202ENST00000389082 9470 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 DUS2-202ENST00000432752 1864 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 REXO1L8P-201ENST00000604378 1897 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 AC007326.2-201ENST00000624224 7579 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 HARS-204ENST00000438307 1789 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 GOPC-203ENST00000535237 4460 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 SMARCA4-207ENST00000541122 5139 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 AC099508.1-201ENST00000499110 1666 ntTSL 4 BASIC15.16■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 SEMA4C-201ENST00000305476 3545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 AP000253.1-201ENST00000449339 2233 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 GJB6-202ENST00000356192 2131 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 SEMA5B-201ENST00000195173 4523 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 CISH-201ENST00000348721 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 TBC1D17-202ENST00000535102 2025 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 RAD51D-201ENST00000335858 1353 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 IMPDH1-202ENST00000348127 2479 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 FAM181A-201ENST00000267594 1816 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 MARCO-201ENST00000327097 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 RNASEH2A-201ENST00000221486 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 CACNG7-201ENST00000222212 1016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 RPS12-201ENST00000230050 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 ATG2A-201ENST00000377264 6357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 AL022314.1-201ENST00000414203 464 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 NKTR-203ENST00000442970 646 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 CT47A11-201ENST00000457020 1294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
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ZNF540Q8NDQ6 TUBA1A-203ENST00000546918 984 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 FAM220A-205ENST00000578372 207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 LCE1E-203ENST00000619588 267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
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ZNF540Q8NDQ6 CREB3L3-201ENST00000078445 2618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 SYT17-201ENST00000355377 3081 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 SPERT-201ENST00000310521 1613 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 SERPINB6-201ENST00000335686 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 RFX1-201ENST00000254325 4332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 VIPR1-204ENST00000438259 2427 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 ADAMTS14-202ENST00000373208 5269 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 HTR7-201ENST00000277874 3028 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 MARK4-202ENST00000300843 5209 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 SIN3B-202ENST00000379803 5129 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 OR2I1P-210ENST00000642037 4691 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 CEACAM21-203ENST00000407170 1691 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 ZNF280D-207ENST00000559237 4902 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 MVK-207ENST00000539575 2747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 PATZ1-202ENST00000266269 3781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 SLC4A2-202ENST00000413384 4142 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 CD1D-201ENST00000368171 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 PALLD-215ENST00000512127 2958 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 SYTL3-205ENST00000611299 2896 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 LIMS2-205ENST00000409455 2500 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 ALDOA-226ENST00000569798 1499 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 PRDM6-201ENST00000407847 9267 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 NRSN1-203ENST00000378478 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 INPP5D-201ENST00000359570 5274 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 LINC00937-207ENST00000544461 3033 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 LINC02381-201ENST00000508564 1369 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 DDX1-202ENST00000381341 2817 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 HBQ1-201ENST00000199708 536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
ZNF540Q8NDQ6 NDUFB9-201ENST00000276689 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
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